為何桂清罪無可逭，救亦無用，而在廷議中默無一言者，此時紛紛上疏論救，總計有１７人之多。

一馬當先的是大學士管部的祁雋藻，他的行輩甚高，在當時已列入耆宿之列，山西壽陽人，所以多稱他為“壽陽相國”。此人還存著清初貳臣的觀念，當曾國藩辦團練，出師有功時，他居然以為漢人一呼而集萬千眾，非朝廷之福。此時上疏救何桂清，首先就引用嘉慶的諭旨：刑部議獄，不得有加重字樣。認為餘光倬所擬，不合祖制。此外如工部尚書萬青藜、御史高延祜，都是聲名不佳的人物，而薛煥感恩知遇，又以重金替何桂清在京裡走門路，所以初夏被逮，到深秋還拖在那裡。

慈禧太后為了籠絡大臣，倒不一定想殺何桂清，但正人君子饒不過他。首先是最早參劾何桂清的御史卞寶第，抗章駁祁雋藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的聖諭，這頂帽子太大，本難指駁，而卞寶第駁得十分痛快，他說仁宗上諭，只就承平時期尋常罪名而言。輕輕一語，就把他那頂大帽子卸掉，然後又說：道光年間浙江提督餘步雲失定海，咸豐年間湖北巡撫青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其時祁雋藻當軍機大臣，沒有聽見他說什麼話，“何獨於何桂清護惜若此？”這個奏摺一發抄，時論大快。

不過，何桂清生死之機，最後決於一個人，就是曾國藩。

當時京卿中有個李棠階，河南人，跟倭仁、曾國藩都是當年做京官時講理學的朋友，慈安太后聽文宗生前提到過這個人，所以特旨內召，任用為太常寺正卿，當浮議囂張時，李棠階上一個密摺，說是：“刑賞大政，不可為謬悠之議所撓，今欲平賊，而先庇逃帥，何以作中興將士之氣？”這是撇開刑律及何桂清個人的禍福，以大局軍務為著眼點，東南軍事在著著進展之時，自然不能做出打擊士氣的事情來，所以，連慈禧太后看了這個奏摺以後，態度也迅速地轉變了。

何桂清這一案的關鍵，本在他為何由常州脫逃？如果這一點能有所辯解，則可以不死，所以刑部審問時，他提出一份薛煥等人所具的公稟，請他退到蘇州，以保餉源重地，證明他本心並不打算棄地。事過境遷，當時是否有必要退至蘇州？是非無從判斷，同時這張公稟，究竟真的出於當時，還是事後補具，以為卸責的餘地，亦無從查究，因而朝廷特意降旨，命現任兩江總督曾國藩查核具奏。

曾國藩身在兩江，瘡痍遍地，目擊心傷，而且他帶著兵負破敵的全責，亦不能不為士氣著想，因此，一向不大肯說題外之話的他，覆奏措詞，如老吏斷獄，犀利無比。

曾國藩的覆奏是這樣說：“督撫權尊，由來已久，司道以下，承迎風旨，不敢違拒，若此類者，無庸深究，疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公稟有無為權衡。”

這幾句話精警絕倫，無人可駁。而在曾國藩覆奏未到以前，救何桂清的祁雋藻等人，費盡九牛二虎之力，已搞出一絲生機，至此又復斷送。

祁雋藻他們所想的辦法，就是將何桂清的罪名，弄成斬監候。為達成此一目的，分兩方面迂迴進行，一方面在廷議中格於公論，仍照刑部所擬“從重擬以斬立決”；一方面由祁雋藻領銜上奏，說“遍察刑律如臨陣而退、棄城先逃等條，罪至斬監候而止”。加重罪名至斬決，“是為擬加非律”，也就是說超乎律法以外，非臣下所得擅請。然後由軍機面奏，擬發上諭：此案既疊經廷臣等會同刑部定擬罪名，自應按律科斷，即不必於法外施刑，以昭公允，何桂清著仍照本律，定為斬監候，歸入“朝審”“情實”，秋後處決。此後為定照定律，詳慎用刑之意起見，非為何桂清情有可原，將來可從末減，致蹈輕縱也。

這道上諭，看起來合法、合理，一秉大公，毫無可議，其實是軍機上欺兩宮太后問政未幾，不諳制度，用的是瞞天過海的手法，因為這年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等慶典，照例“停勾”，所謂“歸入‘朝審’‘情實’，秋後處決”，根本是空話。

所謂“朝審”，起於明朝英宗復辟以後的天順三年，將待決之囚，在霜降以後處決以前，作一次最後的審判。對各省的死囚＇奇書網整理提供＇而言，此一程式稱為“秋審”，而刑部獄中的死囚，則稱為“朝審”，由刑部特選精幹的司官人員，組織秋審處，主辦其事。朝審或秋審的結果，分為五類：情實、緩決、矜疑、留養、承祀，最後兩類多為獨子以承宗祧，奉養父母，可以不死，緩決、矜疑則尚待進一步審訊，惟有情實一類，則在勾決之列，須另繕黃冊呈覽。不過，這年雖然停勾、招審冊，仍應照呈，