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根據上述原則所制定的《陸軍作戰指導綱要》中做了如下規定：

在武漢地區配備一個強大的作戰軍，以壓制洞庭湖、長沙方面敵軍主力，對集中之敵及時予以反擊，以挫敗其抗戰意圖，但應力求避免擴大戰局。

這樣，駐在武漢地區的日軍第11軍根據大本營陸軍部第241號命令：要協同海軍確保自岳陽至長沙下游的交通，以武漢三鎮及九江為根據地，打擊敵主力部隊，摧毀敵之抗戰意圖；作戰地區大體上限定於安慶、信陽、岳陽及南昌之間。

此後，該軍“即作為配置於重慶軍主力部隊四周的惟一純野戰軍，承擔摧毀中國主力部隊的作戰任務”。

武漢會戰後，日軍華中派遣軍戰線進一步拉長，一部分北起合肥，中經蕪湖、宣城，南至杭州的連線以東地區；一部分以武漢為中心，北至信陽，西至安陸、應城，南至岳陽，東至九江附近地區。

為鞏固對武漢地區的佔領，在撤銷第2軍時，華中派遣軍將其所屬的第13、第16師團及派遣軍直轄的第3、第9師團，均轉隸第11軍，使第11軍兵力擴大到7個師團（即第3、第6、第9、第13、第l6、第101、第106師團）。至1939年7月中旬，第9、第16師團先後調回日本，而在此期間，第11軍又增加了獨立混成第14旅團、第33、第34師團。這樣，第11軍仍有7個師團又1個獨立混成旅團。

1939年9月下旬，中國派遣軍總司令部在南京成立。前教育總監西尾壽造任總司令，前陸相板垣徵四郎為參謀長。第11軍改隸中國派遣軍總司令部指揮，但仍然配置在武漢地區，任務不變。其兵力部署情況是，江南為第6、第101、第106、第33等4個師團及獨立混成第14旅團，江北為第3、第13、第34等3個師團。大致配置如下：

江南方面：第6師團接替第9師團守備岳陽地區，並將警備第一線推進到新牆河北岸；第106師團以奉新為基地，向箬溪、武寧、高安、上高方向警戒；第l01師團警備南昌（南昌、豐城、進賢之間地區）；獨立混成第14旅團警備九江、德安、瑞昌地區；第33師團接替第6師團警備武昌及崇陽——通山——陽新連線線以北地區。

這樣，日軍第11軍在江南佔領地區大概為岳陽——通城——通山——德安——奉新——豐城——進賢連線線以北、以東地區。

江北方面：第3師團的司令部位於應山，擔任應山與信陽之間地域的警備；第13師團的司令部設在雲夢，該師團主要守備平漢路以西、安陸以南地區；第34師團司令部設於黃陂，主要守備宣化店、麻城、宋埠之間地域。

到1941年夏，日軍第11軍的組成又有些變化。第33、第101、第106師團先後調出第11軍的序列，第39、第40、第4師團又先後加入到該軍的序列，另外第11軍又增加了獨立混成第18、第20旅團。這樣，第11軍便有7個師團（即第3、第4、第6、第13、第34、第39、第40師團）又3個獨立混成旅團（獨立混成第14、第18、第20旅團）。

其主要兵力部署情況大致為：第3師團仍擔任應山一帶的警備任務；第4師團擔任應城、安陸地區的警備任務（第三次長沙會戰前調歸大本營直轄，其防區由第18獨立混成旅團接替）；第6師團擔任岳陽至崇陽一帶的警備任務；第13師團擔任宜昌及其附近的警備任務；第34師團擔任南昌地區的警備任務；第39師團擔任荊門、沙東、當陽一帶的警備任務；第40師團擔任咸寧、通山、大冶地區的警備任務。

日軍中國派遣軍由於確保佔領區安全和扶植傀儡政權的需要，對華中地區極為重視。當時，武漢外圍的中國守軍，長江以南是陳誠、薛嶽指揮的第9戰區，長江以北為李宗仁指揮的第5戰區，這兩個戰區的兵力加起來近100個師，並對日軍第11軍形成了一種包圍態勢。

為了打破這種不利態勢，中國派遣軍指示第11軍不斷地對周圍的國民黨軍隊進行打擊，以動搖國民黨軍的抗戰意志，迫使蔣介石早日妥協屈服，並推進汪精衛偽政權的出籠。

日軍第11軍針對當時的情況，將打擊的重點放在以長沙為指揮中心的第9戰區。因為長沙是