。明朝的宗室滋生太繁，成為國家底大害。嘉靖四十四年，纂定《宗藩條例》，對於宗室，大加裁損，減少國家支出，當然是一種補偏救弊的方策。但是減削太甚，立法太嚴，出乎情理之外的條例，徒然增加執行的困難，於事實無所裨益。居正列舉九條未妥的地方，他說：

夫令所以布信，數易則疑，法所以防奸，二、三則玩。現今該部處置宗藩事情，悉用此為準，因時救弊，似亦未為大害，但欲勒成簡冊，昭示將來，則必考求國體，審察人情，上不虧展親睦族之仁，下不失酌盈劑虛之術，使情法允協，裒益適宜，乃足為經常可久之規，垂萬世不刊之典。（奏疏八《請裁定宗藩事例疏》）

萬曆七年正月詔毀天下書院，自應天府已下，凡六十四處，明朝講學的風氣甚盛，上自達官貴人，下至諸生布衣，到處召集徒眾，號稱講學。所講的最初是聖經賢傳，以後轉到明心見性，這還是好的；有的成為一鬨之市，書院講學只增加號召徒眾的機會；最下的甚至藉此斂財，斯文掃地。居正在萬曆六年就說：“若今之談學者，則利而已矣，烏足道哉？”（書牘十《答鄭藩伯》）這裡已經透露他鄙視講學的意見。次年他又說起：

吾所惡者，惡紫之奪朱也，莠之亂苗也，鄭聲之亂雅也，作偽之亂學也。夫學乃吾人本分內事，不可須臾離者。言喜道學者妄也；言不喜者亦妄也；於中橫計去取，言不宜有不喜道學者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以馬喻馬之非馬，不若以非馬喻馬之非馬也。言不宜不喜道學之為學，不若離是非，絕取捨，而直認本真之為學也。孔子自言，人不如己之好學。三千之徒，日聞其論說，而獨以好學歸之顏子。今不穀亦妄自稱曰，凡今之人，不如正之實好學者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鑑亮。（書牘十一《答憲長周友山講學》）

同卷居正又有《與友山論學書》自稱“不穀生平，於學未有聞，惟是信心任真，求本元一念，則誠自信而不疑者。”居正論學，直認本真，這是在陽明學派的空氣中所得的認識，但是居正不愛空談，欲求實際。他說：“今人妄謂孤不喜講學者，實為大誣。孤今所以上佐明主者，何有一語一事，背於堯、舜、周、孔之道？但孤所為，皆欲身體力行，以是虛談者無容耳。”（書牘十《答憲長周友山明講學》）在這個情形之下，居正對於講學，當然只覺得空言無補，徒資叫囂。萬曆七年罷天下書院，是從這一點出發的。

萬曆六、七年間，藏僧鎖南堅錯致書居正，居正答謝；在對藏交通上，是一件有興趣的檔案。此事的關節，卻在俺答。萬曆六年，俺答糾合青把都一部，大隊西行，當時盛傳土蠻部下，同時出發，聲勢浩大。北邊頓時感覺緊張。居正一面吩咐宣大總督吳兌勸導俺答，早日回巢，一面吩咐三邊總督郜光先，甘肅巡撫侯東萊，妥為佈置。俺答到了甘肅境外，遇到瓦刺部下，吃了一個敗仗，但是依然直到青海，見過活佛。在這次遇面以後，俺答上書，請求中國代為建寺供佛，御賜名額；同時又代西藏僧人，請求補貢。“補貢”二宇，當然只是譯文底好看，其實是請求增加對藏貿易額，俾西藏得到需要的資源。時間已經是萬曆七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量許可，但是決不給他要挾的機會。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能資助物料，談不到代為興建。居正對於韃靼的控制，始終不曾疏忽。

六年十二月，甘肅巡撫侯東萊，差人把鎖南堅錯底書信寄來了，原書是西藏文，譯文如次：

釋迦摩尼比丘鎖南堅錯賢吉祥，合掌頂禮朝廷欽封幹大國事閣下張：知道你的名顯如日月。天下皆知有你，身體甚好。我保祐循皇上，晝夜唸經。有甘州二堂地方上，我到城中，為地方事，先與朝廷進本。馬匹物件到了，我和闡化王執事賞賜，乞照以前好例與我。與皇上和大臣晝夜唸經，祝讚天下太平，是我的好心。壓書禮物：四臂觀世音一尊、氆氌二段、金剛結子一方。有閣下分付順義王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初頭寫。（見奏疏八《番夷求貢疏》）

這封書到達以後，居正具奏，已經是萬曆七年了。他說：

臣看得烏思藏僧人鎖南堅錯，即虜酋俺答所稱活佛者也。去年虜酋西行，以迎見活佛為名，實欲西搶瓦刺。比時臣竊料虜酋此行必致敗衄，待其既敗而後撫之，則彼之感德愈深，而款貢乃可堅久，乃授策邊臣，使之隨宜操縱，因機勸誘，陰修內治，以待其變。今聞套虜連遭喪敗，俺答部下番夷悉皆離叛，勢甚窮蹙，遂託言活佛教以作善戒殺，阻其西掠，勸之回巢；又因而連合西僧向