是學習古代經典的儒學機構，實際上是他的智囊團，高階幹部學校。他就以此為核心，招攬四方之士，其中有“十八學士”，輪流在秦王府中值宿。從而形成了以房玄齡、杜如晦等為首的文士隊伍和以尉遲敬德、秦叔寶等為首的武將集團，這樣構成的文武政治集團十分精幹，施雲播雨，奇謀迭出。對高祖不合理的詔敕，李世民有時也置之不理，李淵為此大發牢騷，又無可奈何，說：“此兒典兵既久，在外專制，為讀書人所教，非復我昔日子也。”

雖然李世民威望超過李建成，完全可以和李建成分庭抗禮，但由於李淵堅持嫡長子繼承製，偏向太子，因此對李世民多方打壓。加之李淵昏庸不明，皂白不分，偏聽偏信。這樣，李建成逐漸開始佔據優勢，對秦王的排擠日甚，致使諸子之間的關係到了劍拔弩張的地步。

為保萬全，武德九年（626年）5月，李世民收買了李建成的一些下層僚屬，隨時掌握其動態。同時，他開始注意經營洛陽，作為萬一有變的退路。遂派手下干將溫大雅、張亮鎮守。李建成也沒有睡大覺，也積極策反李世民的心腹尉遲敬德、程咬金等反水，沒有得逞。

李淵為了緩和兄弟矛盾，想支走李世民，就對他說：“首建大謀，削平海內，你都功勞居首。現在你們兄弟不容，同處京邑，必有紛爭，你不如去洛陽建行臺，自陝以東都歸你節制，也可以建天子旌旗。”李世民聽了，也想離開京都這是非之地，保守洛陽，便答應了。李建成、李元吉知道後，暗忖：“秦王若至洛陽，有土地甲兵，不可複製；不如留他在長安，他沒有了甲兵，不過一匹夫，取他易如反掌。”於是把利害關係密奏李淵，李淵看了密奏，就自毀前諾。

李建成兄弟日夜到李淵處聒噪，挑動李淵的怨氣，要他對秦王採取斷然措施。

但李淵猶豫不決。

見父親猶豫，李建成決定先下手為強。武德九年6月初，李世民被夜召到東宮飲酒，李建成在酒中下了毒。李世民飲後回府，突感胸口絞痛，吐血數升。虧得搶救及時，才倖免於難。

正在這時，李世民安插在太子府的臥底、率更丞王晊密告，太子準備以李元吉統兵去討突厥為名，等秦王去為齊王餞行時行刺，並把尉遲敬德等秦王屬將統統活埋！

風暴已經形成，長孫無忌等人聽說後，說：“今嫌隙已成，不如先下手為強，否則就晚了。”其他謀士武將也極力勸說李世民先動手。在這種形格勢禁的局勢之下，李世民決心先發制人，發動兵變。但當時唐高祖為了削弱李世民的力量，早已把以“房謀杜斷”著稱的房玄齡和杜如晦調離了秦王府。李世民遂派人緊急召見房玄齡杜如晦，房玄齡回答說：“皇上不許我們再追隨秦王了，如果私自去見秦王，肯定會被處死。”

李世民惱怒之極，懷疑房玄齡等人可能已背叛了自己，就解下佩刀交給尉遲敬德說：“公往觀之，若無來心，可斷其首來。”

尉遲敬德和長孫無忌一起去見房玄齡和杜如晦，說：秦王決心已下，請你們去籌劃有關事宜。房玄齡、杜如晦拊掌說：“我們等待這一天，真是太久了！”於是，兩人化妝成道士，悄悄地去了秦王府。

秦王集團定下行動計劃之後，為了爭取主動，6月3日，李世民向高祖李淵報告了太子與元吉的陰謀，以及李建成和李元吉淫亂後宮的醜聞。李淵一聽，驚愕不已，就讓李世民第二天早點進宮，他要親自過問此事。

4日凌晨，李世民率長孫無忌等人伏兵於玄武門內，並調撥尉遲敬德接應，張公瑾等則伏於玄武門側。早晨，太子與齊王率衛隊上朝，自恃玄武門守將乃自己部下，遂將衛隊留在門外，便騎馬大搖大擺地進入玄武門，哪知玄武門守將早已被李世民買通。走到臨湖殿時，兩人始發覺氣氛有些異樣，立即撥馬回奔。李世民見狀，大喊著衝出。元吉連忙張弓射殺李世民，但慌亂中連射不中，而李世民一箭就把李建成射死。這時，尉遲敬德也率70騎精兵趕到，把李元吉刺落馬下。李世民的馬匹受驚狂奔，人也被低矮的樹枝掛倒。李元吉跑過來，奪下弓箭欲用弓弦勒死他。尉遲敬德過來相救，李元吉只得起身奔向武德殿，向李淵求救，尉遲敬德怒發一箭，將其射死。這就是歷史上著名的“玄武門之變”。

“玄武門之變”後，為斬草除根，李世民隨後將李建成的5個兒子和李元吉的5個兒子也一併處死。李淵沒想到，事情最終會演變成骨肉相殘的一步，受驚暈倒。

之後，李淵不得不以李世民為太子，並把軍國大事悉委他處理。兩個月後，全國局勢大定，李淵被迫傳位給李世民