派遣守護地頭權以及軍事委任權。

鎌倉幕府是獨立於朝廷之外的政權，它透過守護地頭掌握了全國的軍事警察權，朝廷透過國司掌握了全國的一般行政，二者形成了分別執政的關係，日本進入公武兩家統治時代。

鎌倉幕府的勢力範圍是以東國為中心的地區。將武士政權的首都設在遠離京都的關東的鎌倉，一方面是因為關東是源氏的根據地，有所依託；另一方面是可以不受貴族的影響，保持武人的本色。鎌倉幕府不僅擁有獨立的中樞機構，還有自成系統的地方機構。源賴朝之所以這樣做是他不想混於公卿之間，像平清盛那樣毫無顧忌地出入宮廷，干涉朝政。

實際上，這樣獨立的行政體系不但可以不受朝廷的牽制和干涉，獨立地行使對全國的指揮權，控制分佈於全國的御家人，還可以避免因佔有公家官職而引起朝廷公家的不滿，造成像平氏那樣的慘敗。

幕府勢力的擴張，讓在東國的守護逐漸可以指揮國衙的在廳官人，幕府的統治也逐漸滲透到了行政中。另外，被補任地頭職的東國御家人也大量移居西國，並與當地的農民頻繁地發生糾紛。在西國的東國御家人將領地之外的農民當作下人一樣對待，這引起了當地農民的反抗。這種武士和農民發生的小規模摩擦，發展到農民勢力擴大了的中世紀末期，在畿內周邊的武士和農民發生了大規模的衝突。

由於地頭代官的強硬統治，鎌倉時代的西國各地都有農民向京都的六波羅探題提出控訴，代官被罷免的事件發生。但是這樣的事件在東國幾乎看不到，這也是東國和西國的不同之處。東國社會的基礎就是以領主的家統治為中心，農民和領主之間的關係是父系家長性質很強的主從關係。但是西國社會的基礎是以農民小家為主的橫向聯合的村落，處於平等、互助的關係。鎌倉幕府和京都朝廷就是以東國和西國這兩種不同的社會為基礎的。

鎌倉幕府以御家人制的主從關係為基礎，率領一族、郎黨及其所屬的武士團總領直接對將軍負責，和將軍結成主從關係。那些不可能和將軍見面的西國武士採用的是“交名注進”這種隨從侍奉天皇時的方法。御家人是將軍的直屬武士，也有非直屬武士，即非御家人。非御家人和將軍之間不存在御家人透過補任地頭職而被批准繼承父輩留下來的領地的情況，他們透過鎌倉番役和京都大番役的軍役服務於將軍。鎌倉幕府也是建立在莊園公領制之上的，所以透過地頭職掌握的不僅是土地的警衛、管理和收供，還有對土地的所有權。

將軍下有輔政的“執權”，由權臣北條氏世襲，還有管理行政、軍事、司法的官吏，也由固定的幾家武士世襲。這種御家人制的幕府體制，在源賴朝活著的時候建立，但是穩定下來的時間則是以北條氏為中心的執權政治實行的階段以後。源賴朝死後，鎌倉幕府的實權落入他的岳父北條時政手中。他的長子第二代將軍源賴家，源賴家的弟弟、第三代將軍實朝先後被刺殺，正統源氏至此絕嗣，不久鎌倉源氏血脈徹底斷絕。

北條氏大權在握，先後擁立公卿藤原氏和皇族親王擔任傀儡將軍。幕府內部爭權奪利，十分混亂，給本來就對武家政權不滿的朝廷提供了恢復公家權力的好機會。後鳥羽上皇積極採取加強朝廷經濟實力的措施，並透過恩賜土地的方式吸引畿內地區地武士和對北條家族不滿的御家人，向各國武士釋出了追討北條義時的院宣。於是京都朝廷和鎌倉幕府的戰爭全面爆發。但是響應朝廷的武士並不多，而且在北條政子的鼓動下，大多數御家人重新集結在幕府旗下，開始了向京都進軍。面對19萬之多的幕府軍隊，萬餘名的朝廷軍隊一觸即潰，不到一個月，幕府軍就打敗了朝廷軍，並佔領了鎌倉幕府。因這場戰爭發生在承久三年，被稱為“承久之亂”。

承久之亂的勝利不僅是幕府內將軍勢力對執權勢力的勝利，還是東國對西國的勝利，武士對貴族的勝利。承久之亂以後，朝廷喪失了擁有軍隊的權力，皇位的繼承和朝廷政治也由幕府決定，國家權力嚴重傾向武家。

幕府內，源氏一族以及其御家人擁有很強的特權，源氏的這種特權確立了東國武士團的權威。但是無論幕府的力量有多麼強大，源賴朝從來沒有否定朝廷的意思，在鎌倉創設幕府與東國土著家臣團的大力推動分不開。源賴朝和純粹的東國人的父親義朝不同，他在被流放到伊豆以前一直生活在京都，對京都朝廷有著特殊的感情。源實朝的心中對天皇也存有效忠、希望升官的想法。但是在和京都朝廷戰鬥中，支援京都的將軍幾乎全被消滅，幕府才走上了否定朝廷、支配朝廷的道路。

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