是的，他自己顯然是願意單幹，或是在蠅室那種小團體的環境中工作，他對動輒興師動眾的做法的厭惡是眾所周知的。他的女兒伊莎貝爾（也就是後來從事微生物學研究、在全國小兒麻痺症基金會工作的那個女兒）有時同他爭辯，說現在時代不同了，靠個人單幹很難做出有價值的研究，他總是嗤之以鼻，說那隻不過是“洛克菲勒研究院的心理”。不過，在加州理工學院任職，也意味著他有機會按照自己的計劃去組織一個生物學部。重點的重點將是科研，而不是教學；而科研也將是“純”科學的，不必和直接的實際應用綁在一起。這個部的教員和招收的研究生要符合摩爾根的理想，他們知道自己要幹什麼，而且不用過多指點，無需什麼監督就自己動手去幹。再說，在一個管理有方的物理科學研究機構裡來實現這一計劃，這本身就意味著研究工作將是嚴密的、分析性的，生物學的研究將按照與物理學和化學一樣的標準進行。

摩爾根按這些要求擬定計劃，略去形態學和其他一些內容，道理是加州理工學院不想重複其他院校（如霍普金斯大學和哥倫比亞大學）已經在做的工作，而是要走在前面探索科研與教學的新方向。他正在做的工作是建立一個他長期夢寐以求的兼有蠅室和那不勒斯試驗站的特點的工作集體。但更加突出的一個重點是要建立起生物學與諸如物理學、化學等其它學科的協作——雖然他自己在研究工作中並不特別喜歡這麼做。在加州理工學院，甚至生物學部大樓也被設計成與化學大樓連在一起，以便使兩個學科有實際的接觸，鼓勵生物科學與其他基礎學科相結合。植物學、動物學和遺傳學合併為生物學部，但摩爾根反對建立一所醫院的想法。正如他在初步方案中所述，“（生物學部）將力求把那些對發現活體生物中各種現象的統一性具有共同興趣的人們集合在一起，形成一個單一的組織。”他本人的數理化基礎很有限，對這點他心中有數，但他的方案具有遠見卓識，他的協作計劃，透過他即將招聘來的新教員的共同努力，最後圓滿地實現了。關於可以用物理學和化學的原理解釋生物學現象的見解，在19世紀即已提出了。達西·湯普森表述得很生動：“細胞與組織，甲殼與骨骼，葉片與花朵，凡此物質的各部分，它們的粒子之移動、構造、成形，無不遵從物理學的定律。”摩爾根歷來贊成這種觀點。他說：“我們明白，只有當我們確切瞭解生物發育過程中的理化變化的時候，我們才有希望把對生物發育的研究提高到嚴格的科學的水平。”顯而易見，當時他心目中井沒有一個具體的辦法，只是對已為物理學和化學贏得了那麼大的成就的實驗方法稱讚不已。

人們不會指望摩爾根放棄他的透過實驗學習的信條而去同施羅丁格、波林這樣的大物理學家、大化學家搞理論推導。關於他們在方法上的歧異，萊納斯·波林有過精闢的表述。他說，“那時（1937年），我發現蘭茨泰納同我的治學方法很不相同：蘭茨泰納會問，‘關於世界的性質問題，實驗中觀察到的這些結果會促使我們相信什麼樣的理論？’而我提的問題是，‘關於這個世界，我們要怎樣勾畫出個最簡單、最普通、最有道理的圖景，使其符合這些觀察結果，而不與之相悖。’”摩爾根完全倒向蘭茨泰納一邊，他相信真理只能來自實驗。然而，在摩爾根正在組建的加州理工學院生物學部，這兩種方法將會殊途同歸。

摩爾根對於新的生物學部應包括哪些學科有相當堅定的意見：遺傳學與進化論；實驗胚胎學：普通生理學；生物物理學；生物化學。至於心理學這類學科以後再增補。但生物學部及其所屬的系的具體形式和方向將取決於招聘到的教師。摩爾根決不搞濫芋充數，而是按客觀需要從容地蒐集人材，把最優秀的人物招來，讓他們根據各自的興趣和能力開展工作。正因為如此，他雖然在就這些學科徵詢意見，但第一學年（1928…1929年）真正辦起來的只有一個遺傳學系。他從哥倫比亞大學動物學系聘來布里奇斯、斯特蒂文特、傑克·舒爾茨、艾怕特·泰勒。他還從哥倫比亞大學招來了西奧多修斯·多布詹斯基，第一年他的身分是國際研究員，翌年改為助理教授。到1931年，除了哥倫比亞大學來的一批人以外，還有歐內斯特·G·安德森、亨利·傅蘇克、赫爾曼·多爾克、羅伯特·埃默森、斯特林·埃默森、休·赫夫曼、卡吉·林德斯特龍蘭、亨利·西姆斯以及肯尼思·V·西曼。詹姆斯·邦納和赫爾曼·肖特是研究生，喬治·韋爾斯·比德爾在讀博士後研究生。傑弗裡·凱利是亨利·博蘇克的助手，沃爾特·拉默茨是安德森門下的博士後研究生。

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