哥倫比亞大學的最後一年，摩爾根畫出了加州理工學院生物學大樓的藍圖。1928年夏末，一支人數不多的教員隊伍、六七個研究生和一大批果蠅經由伍茲霍爾來到加州時，大樓才建好一部分。他們把能用上的房屋都用上了，又在別人的辦公室和教室裡擠著住了幾個月。摩爾根的工作是監督建房工程及時完工，安排圖書館和實驗室的裝置。

像他這樣一個著名的使用公款錙銖必較的人，一下要買那麼多裝置真是不容易。為了避免添置檔案櫃，摩爾根自己的檔案每五年銷燬一次。加州理工學院的這個現代化的綜合的生物學部，每層樓只裝一部電話，整個大樓只設一個秘書。有一次，一位科技人員向摩爾根再要一盒裝果蠅用的小玻璃瓶、每隻的價格還不到一分錢，但他花了兩個鐘頭與這位“遺傳學之父”一同在實驗室裡東尋西找，因為摩爾根確信可以找到足夠的舊瓶子充數。喬治·比德爾回憶他當年經過周密安排，看準一個星期天摩爾根獨自在海濱的胚胎學實驗室工作的時機找上門去，這正是摩爾根心境最愉快的時候，比德爾提出要90美元買一個新的顯微鏡物鏡，出乎眾人之所料，他居然要到了。

在加州理工學院展開的一系