大明自太祖興兵誅暴元以來，至今已有二百六十餘年，離中原王朝的三百年大限已所去不遠，王朝處處顯露出耄耋之相，危機病灶接二連三湧現：東北有建虜跳梁自不必說，西南又有奢安之亂未曾平定，甘陝流民久撫不平，降而復叛，還有永不落幕的廣西瑤變。好不容易山東的白蓮教徐鴻儒變亂剛消停下去，山東原堂堂政府軍--登州軍孔有德李九成耿仲明部，這支被登萊巡撫孫元化寄予厚望，請來葡萄牙人教習銃炮，由朝廷重金打造的西式火器部隊--居然也反叛了！

孔有德等原為毛文龍部曲，毛死後在東江諸將爭權鬥爭中失利，幸有孫元化收留不至於淪為喪家之犬，後因孫元化升任登萊巡撫，這支部隊得以駐屯登州，在丁卯胡亂1中被嚇破膽的孔等彈冠相慶終能遠離戰鬥力強悍的後金。

孫元化師從徐光啟，欽慕泰西之學，也認為火器是改變明軍戰場頹勢的必由之道。他上任登萊巡撫後親自前往澳門請來葡籍教習，鑄造新式銃炮，意圖將孔有德部打造成為一支西式新軍。

可孫元化乃文士出身，文人掌兵多如慈母教敗兒，遷就有餘，威嚴不足，只有菩薩心腸，全無霹靂手段，麾下不是萎軍，便為驕兵，無事糜餉尚可，上了戰場就會成為大麻煩。可惜孫仍如墜五雲霧中，尚不自知，以為將糧餉供給充足，孔部兵將便會為國為民奮勇殺敵......當大淩河被圍的訊息傳來，孫元化產生和吳開先類似的想法，命孔部三千二百人乘登州船隻由海路襲擊耀州，孔哪裡敢去，託言海上風急浪高，不可成行；孫只好命其轉由陸路支援關寧前線，孔等陽奉陰違，故意一路推諉遷延緩慢而行，大淩河關寧前線交戰了多少天，他們就在路上逗留了多少天，一心盼著戰時結束，歷經三十日仍未走出山東地界。

孫元化一直敦促，孔等稱馬匹羸弱難以驅馳，孫趕緊從登州商戶處借得兩千兩買馬銀送來，可旋即就被李九成孔有德賭博揮霍一空；孫又派人敦促，可孔有德等一直以行糧耗盡，市場故意抬價牟利，費用不足等理由來搪塞，再次請糧請餉，孫哪裡還能湊得出？行至吳橋，孔竟然要求回登州請糧再圖進止，為此他不惜使出詐計將士兵逼反！孫元化此刻方知，他請得朝廷厚祿養之，寄予厚望的東江軍竟是一群聽封不聽調的驕悍不法桀驁不馴食人民供給不肯為國而戰的蠹兵！

時人有詩諷道：

一個痴心人，幾條破膽漢

受命赴遼東，畏死行得慢

孫手中明明有尚方寶劍，完全可以於孔有德遷延之際縱馬馳入孔營，斬掉孔之頭以正軍紀國法，可他尚且不如袁崇煥，哪有此膽！又兼心存幻想，只是一味寫信催促，曉以大義。孔有德已知退兵不能，於是乾脆撕破面皮，召李九成耿精忠等眾將言道：上戰場與後金廝殺必死，就地造反猶可活，不如干脆反了。眾將官本已無心往戰，欣然響應。於是孔有德等藉口地方有意抬高物價，士兵無奈偷雞被執，往前線赴死之士遭地方豪強欺壓為藉口起兵，僅用十日即殺回了登州，在此期間還一路摧城拔寨，連續攻克臨邑、商河、齊東、德平、青城、新城等大小城鎮，真正做到了其行如風侵掠如火，與出發時上司有令其徐如林，友軍有難不動如山形成鮮明對比。

孔有德部至此已然是明擺著寧可造反也不去抗金了，孫元化仍心存僥倖，他鼓起平生最大勇氣親自進入登州城招撫，孔有德假意奉孫為王，要割據一方。孫當然不從，並以自殺相威脅。孔想其一介書生文臣，殺之反會落下手刃恩主之惡名，放之卻能矇蔽愚氓之眼，博得有情有義的假象，於是偽作恭敬將其送出城外。孫元化出城放聲大哭，事畢整頓衣冠，從容投案而去。可此時赴死已然於事無補，有此勇氣還不如當時赴軍營冒死斬孔。“東山礦徒趨利則有，應兵則無！”，這句話就寫在熊廷弼的奏章裡，抄寫於塘報中，孫元化若是稍加留意，又何曾會弄得這樣一個身敗名裂的下場呢？

孔有德部兵臨登州之際，其東江舊相識耿仲明率部於城內響應，裡應外合輕易拿下登州，總兵張大可力戰不敵，回府自縊身亡。此時叛軍已擁兵七千，馬三千匹，又奪庫銀十萬兩，還擁有紅夷大炮二十餘門，其它各式西洋炮三百餘門，又將朝廷安置於登萊等地的遼民挾裹入軍，一時聲勢煊赫，與孔李耿交好的旅順副將陳有時，廣鹿島副將毛承祿也叛明來投。叛軍實力大增，開始猛攻萊州，本該成為穩定後方的山東此時居然成為了叛軍肆虐形勢危急的戰場。

至於被叛軍佔據作為根據地的登州更是悽慘。南京右軍都督府張可大、登州知府吳維成、原開封府推官在鄉士紳張瑤等數千