人死難，叛軍虜獲居民男女數萬，男丁都被殺死，女子都被作為壓寨夫人犒賞軍士，以籠絡人心，不少女子不堪侮辱或投繯或投井而死，亦有一烈女馮氏半夜手持剪刀力殺兩賊兵，後不敵圍攻而戰死。叛軍在屠城後將屍首扔出東門外，城外壕塹皆被填平。

此後，孔等三賊氣焰更加囂張，孔有德設官置屬，自號都元帥，李九成為副元帥，耿仲明、陳有時、毛承祿等任命為總兵官，開始攻伐附近黃縣、平度諸城。吳橋兵變發展成登萊大亂，作為三方佈置之一方的登萊方面土崩瓦解，反成朝廷肘腋之患。孔李耿此舉嚴重影響了明朝的戰略部署，又形成了對後金事實上的巨大戰略支援。

作為一個高度中央集權的龐大帝國，軍隊是國家安全的最重要支柱，軍弱則國弱，軍亂則國亂，軍亡則國亡。而軍隊亂必先亂于軍制，大明自中葉起，衛所兵漸已腐朽不堪，眾將不得已募兵而戰，可從此軍隊逐漸淪為私家之兵，並不自知實為國家所養，遂成只知有家主，不知有朝廷之私兵。如有忠誠如戚繼光俞大遒者，尚可依為國之干城；如有明裡為國暗裡為家族牟利者如李成梁祖大壽，用的好則為國之柱石，用不好則為邊防黑洞；一旦將領視大節如無物，只知以兵權趨利避害，如孔耿李之流，則其掌握的軍隊必將成為國家之禍，且其軍越強，為害越大。

是以凡以為國家計者，兵必為國家所養，將必為國家所御，此歷史反覆驗證之真理也，可惜明廷因登萊變亂才明白此理。其不惜重金所打造驕兵在權衡明金壓力後竟然掉頭反噬自己，且愈加難制。明廷不得不將撫寧遷安整訓的關寧軍抽調萬人南下，旅順總兵黃龍、廣鹿島副將尚可喜也受命停止進攻復州，南下參與平叛。盧象升之前已派出楊國柱部由陸路南下，探知金兵撤退到三岔河以東後，盧再調吳開先部從海路南下助攻，意圖早日平定叛亂。

吳開先一直派徐海龍對海州蓋州復州金州一帶進行偵察，瞭解到各地往牛莊送糧的情況，得盧象升的南下將令後先摟草打兔子，解決部分糧草問題和解救了千餘難民，之後便劍指登州而來。