攻玉，有些事情不能只看表面，再說三人行必有我師，淮軍雖然在近代化軍隊程序上不如人意，但是其作戰模式還是有些可取之道的。

淮軍於剿捻初期也十分不順，究其原因主要是由於山東巡撫丁寶楨不願其轄境變為戰場，對李鴻章的方案虛應故事甚至蓄意破壞。剛開始李鴻章調魯軍三十一個營佈防膠萊河，丁寶楨只答應給十一個營。

李鴻章意在嚴防膠萊河西岸，而丁寶楨卻率軍深入膠東蓄意驅捻出魯；同時丁寶楨還對淮軍進行糧草封鎖，淮軍所到之處，“城寨俱閉”，“辦糧不出”。

膠萊防潰後，李鴻章和丁寶楨為了推卸責任，“騰章相詆”，朝廷一面進行調解，一面切責李鴻章“詢私諉咎，倒置是非”，“意存忌刻，縱賊誤事”，飭令交部議處。

是時言路糾彈，朝廷惑於群議，認為“河防不可恃”，曾國藩也勸李鴻章“早思變計”。凡此種種，使李鴻章陷於頗為困窘的境地。

在這種情況下，李鴻章一面主動致書丁寶楨“講好”，一面堅持既定方略。他特別加固運防，親自駐守臺兒莊就近督導，並先後設立四支由淮軍精銳組成的“遊擊”之師，計有戰馬八千匹，以騎敵騎追擊捻軍。

這樣，就使東捻軍陷入危殆的處境：它雖然突破了膠萊防線，但仍被困於黃河、運河、六塘河、大海之間的狹窄地帶，“以走制敵”的特長無法施展行動屢屢受挫。

十一月任化邦在蘇北贛榆戰敗被殺，十二月東捻軍在壽光海濱一戰折損三萬餘人，精銳幾乎喪失殆盡。1868年1月賴文光雖然率餘部突過六塘河，但孤危之中受傷被俘，在揚州被殺。東捻軍終於被李鴻章鎮壓下去。這一結局表明，李鴻章的戰略指導是基本正確的。

李鴻章督師剿捻第三階段是1868年上半年在直東戰場與西捻軍作最後決戰。

東捻軍在危厄之際，曾向在陝西與左宗棠部對戰的西捻軍緊急求接，西捻軍聞訊即決定離陝東進。張宗禹等原擬率部南出潼關，由豫入魯，後來又考慮到清軍聚集山東，河北空虛，遂決定進軍直隸，威脅京畿，逼迫清軍回救根本，從而達到解救東捻軍