鴻章也不以為然，致書襄辦曾國藩軍務並建河防之策的劉秉璋諷刺說：“古有萬里長城，今有萬里長牆，不知秦始皇千年後遇公等知音。”

然而，當他掛帥剿捻後，揆情度勢，才體察到曾國藩戰略部署的深意，然後便毫不猶豫效仿之。

因為這事，李鴻章得罪的湘軍干將不是一位兩位，特別是其效仿曾某人的做法，在短短兩年時間內清楚捻匪之亂，就更是惹湘軍中人不爽了。

合著不是你剿匪時便站著說話不覺腰疼，等到丫的負責剿匪之時，便又厚著臉皮使用之前奚落過的手段，還它馬給辦成了……

縱觀李鴻章剿捻戰略的實施，大致經歷了三個階段。

第一階段從1866年12月至次年5月間實施“臼口之圍”，主戰場在湖北。

李鴻章掛帥剿捻之初，只是提出了“用謀設間，徐圖制賊”的原則性設想。而當時東捻軍在突破曾國藩的賈魯河、沙河防線後，迅速進入湖北，企圖“長驅西上，一入四川，居已蜀之利，一上紫荊關，合張宗禹攻陝西”。

東捻軍集給在湖北鍾祥臼口一帶，擁眾10餘萬。李鴻章認定這是聚殲捻軍的好機會，於是調動湘淮軍7萬餘人“分路並進”，其中包括湖北巡撫曾國荃的新湘軍。

1867年1月捻軍先在安陸府羅家集擊敗松字營，重傷統領郭松林。半個月後又在德安府楊家河殲滅樹字營，陣斬淮軍悍將羅定樹。2月雙方主力在安陸府尹隆河進行決戰。清軍主力一是淮軍主力人馬，一是鮑超所部霆字湘軍。

本來，鮑與淮軍約定2月19日（正月十五）辰刻兩軍發起會攻。但兩軍向存嫌隙，鮑輕淮軍乃後起之輩，淮軍將領賤鮑無謀匹夫。

出戰淮軍將領為了搶奪頭功，違約於卯時單獨發起進攻。捻軍先用流動戰術與之周旋，繼而在尹隆河設伏敗之。淮軍將領“衣冠失落”，與各營官幕僚被困待死。鮑超部按預定時間從捻軍背後發動突然襲擊，捻軍轉勝為敗折損兩萬餘人。

鮑超救了貿然出戰之淮軍將領，但被救淮軍將領卻以怨報德，反誣鮑超部誤期致敗。李鴻章一味迴護己軍不顧事實，按貿然出戰之淮軍將領口徑上奏，鮑超被嚴旨斥責虛冒戰功，應負淮軍致敗之咎。

而湘系大員因鮑超並非曾國藩嫡系，不但不為其開脫，反而迎合李鴻章落井下石。曾國荃奏稱接戰捻軍為南北兩隊，北強南弱，而貿然出戰之淮軍敵北，霆軍敵南故戰績不同。

鮑超哪受得了這個憂憤成疾，執意告退所部三十二營以遣散了之。霆軍重要將領唐仁廉挑其精壯，由李鴻章“酌立營制，重整規模”，立仁字營，成為淮軍的一支，從而削弱了湘軍增強了淮軍的實力。

三月東捻軍又在蘄水殲滅湘軍彭毓橘所部，陣斬彭毓橘，至此曾國荃新湘軍主力全部覆沒。這一階段李鴻章實行的主要是陸路蹙圍，但並未能有效地扼制住捻軍的流動。

同時，他也成功的將配合作戰之湘軍瓦解，淮軍一家獨大引來不少湘軍大佬不滿和眼紅，為以後的湘淮之爭埋下伏筆。

第二階段從1867年6月至1868年1月部署實施運河、膠萊河之防，主戰場在魯東地區。

東捻軍乘湘淮軍齊集湖北之際，依靠強大的機動能力跳出包圍圈進入河南，因鑑於陝西就食困難四川路途遙遠，遂放棄原定西進川陝的計劃改向山東挺進，於六月在魯軍防守的戴廟附近突破運河防線，直趨膠東半島。

山東巡撫丁寶楨疏於運防，奉旨交部嚴加議處。一時言路洶洶。曾國藩認定“大局日壞”，擔心言路不僅糾彈丁寶楨，也可能波及李鴻章，致書勸其忍辱負重徐徐圖之，叮囑其“若遇棘手之際，請從耐煩二字痛下功夫”。

其實，在吳可這等打老了仗的優秀統帥看來，東捻軍進入運東正是一大戰略失策，給了李鴻章利用河防蹙之於絕地以良機。

李鴻章所部淮軍將領一致提出“倒守運河”（即由原來自東岸設防移至西岸設防）之策，李鴻章經過慎重研究決定採納。

鑑於捻軍深入膠萊一帶，他不但部署倒守運河，而且又在膠萊河兩岸增設了內層防線，縮小兜剿圈企圖把捻軍聚殲於膠萊海隅，萬一捻軍突破膠萊防線，還有運河防線以資保障。

在膠萊河防線上，他安置了沈宏富、董鳳高几軍四十六個營和魯軍三十一個營分段防守，每營防地三里多長。另外還設有機動的後援部隊，全部兵力近五萬人。運河防線則由淮軍劉秉璋、楊鼎勳、李昭慶等部和豫軍張曜部、皖軍黃秉鈞、程文炳部負責。