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營救“約克城號”的戰鬥仍在進行的時候，斯普魯恩斯計劃利用極好的飛行天氣再追蹤敵人，因為很明顯：日本人放棄了入侵中途島的活動，正在全面撤退。海軍的老格言“窮追費時間”是千真萬確的。山本還沒有完全放棄希望，他認為如果美國艦隊貿然西迸到很遠的地方，使日本艦隊得以和威克島出動的轟炸機群發動聯合進攻，那麼他仍能贏得勝利。但是斯普魯恩斯又一次猜透了他的意圖，在當天上午派出一隊俯衝轟炸機拄西搜尋那兩艘受傷的巡洋艦，他知道這兩艘艦試圖進入威克島基地飛機的保護圈之內。他們在半上午的時候找到了這兩艘癱瘓的艦隻。它們成了毫無防備能力的襲擊目標，“容易得象射擊水桶裡的鴨子，”當“三限號”象一團火球似地沉向海裡的時候，“企業號”上的一名飛行員激動地報告著。“最上號”受到重創後起火，費力地回到特魯克港口。

這兩艘被打壞的巡洋艦的照片，被打壞的炮塔上升起的火焰和黑煙，將是向美國公眾顯示他們的太平洋艦隊在中途島附近海面上贏得巨大勝利的明證。這次勝利只因下面的訊息而蒙受些微陰影：日本人沒有遇到抵抗就在阿留申群島最西邊的島嶼阿圖島登陸，俘虜了一小批阿留申的愛斯基摩人和氣象站的十名工作人員。日軍同時佔領了無人居住的基斯卡島，這使敵人的宣傳機器有機會吹噓太陽旗在美國大陸上飄揚了。原來打算作為太平洋中部環形防線的北部前哨的地方，在沒有佔領中途島的情況下，將成為戰略上的累贅。日本人堅守他們已經佔領的島嶼。尼米茲意識到，敵人名義上已經登上了美國海岸的訊息將會使公眾感到不安，於是在登陸的第二天，命令第十六特遣艦隊北上，出動轟炸機群襲擊被佔領的島嶼，企圖取消這個令人尷尬的日本的新前哨站。第二天，斯普魯恩斯從召他回到珍珠港的電報中高興地獲悉：太平洋艦隊總司令認為最好允許他的航空母艦冒一次險，儘管他們有可能在霧濛濛的北部海域遭到戰列艦和潛艇的伏擊。

山本失去了挽救這次失敗的最後機會，這次失敗對日本的災難性的影響很快就要顯示出來。返回塞班的五千人的軍隊很想知道什麼災準降臨到“不可戰勝的”帝國海軍的頭上。中途島陰近的海戰，標誌著日本帝國末日的開始，這次戰鬥不僅破除了帝國海軍從未失敗的記錄，而且使它損失了四艘航空母艦、一艘重型巡洋艦、兩千二百名水兵的生命、二百三十四架飛機和最好的海軍飛行員。“我想罵人，”字垣海軍少將就這次失敗寫道。這次失敗對他的總司令官的壓力更大。山本宣佈“他要承擔全部責任，他們不要去批評南雲的艦隊，”說完走進自己的艙房，經受著胃痛的折磨，一連三天拒絕會見部下。在“長門號”上，南雲嚴厲自責自己造成了這次慘敗，被他的部下勸住沒有自殺。

六月十日，東京的海軍參謀本部努力掩蓋他們的失敗的慘重程度，他們害怕公眾的反應，害怕丟臉。廣播電臺廣播了海軍進行曲的響亮樂曲之後，廣播員宣讀了一份公報：日本已“成為太平洋上的最強國”，“一次戰鬥決定了”這場戰爭的勝敗，在這次戰鬥中，帝國海軍的一艘航空母艦被擊沉，美國海軍則損失了兩艘和一百二十架飛機。四天之後，當聯合艦隊返回柱島錨地的時候，東京舉行了燈籠遊行，慶祝這次新的”勝利”，聯合艦隊是不宣而歸的，沒有說明為何少了四艘航空母艦，因為自從戰爭開始以來它們一直在海上，這次沒有回來也沒有人惦念。“赤城號“、“加賀號”、“蒼龍號”和“飛龍號”上的倖存者沒有休假，就被匆匆派到日本和太平洋上的前哨基地；傷員是在夜間上岸的，然後被送往與外界隔絕的醫院病房，不準和近親會面。

美國海軍最初對它的勝利反應謹慎。六月六日，當日本人撤退的訊息已經確定無疑的時候，尼米茲發出賀電，確信太平洋艦隊將“繼續使敵人認識到戰爭是可怕的”。他的參謀部用一大瓶香檳酒來慶祝這次勝利，用海軍將領的肩章裝飾起來的這瓶香檳酒，是埃蒙斯將軍送給太平洋艦隊總司令的，他不僅表示祝賀，而且保證今後永遠不再懷疑海軍的情報。尼米茲寬宏大量地派自己的車去接羅徹福特海軍中校參加慶祝會，但是羅徹福特換制服的時間太長，他趕到時香檳酒已經喝完了。尼米茲還是當著整個參謀部的面誇獎他：“中途島勝利的主要功勞應該歸於這位軍官。”六月七日，