艙房切腹自殺。最後命令一艘驅逐艦發射魚雷擊沉“飛龍號”，但在黎明時分，它還在漂浮，艦上的七十名水兵仍然活著，他們在這艘燒壞了的航空母艦於正午最後沉沒之前被救走了。

連續的打擊擊沉了南雲的攻擊艦隊的最後一艘航空母艦，標誌著他的慘敗。“這一仗完了，”這是山本海軍大將的文書軍士在那天下午五時三十分，將“長良號”巡洋艦剛剛發來的不幸的電報遞給總司令官時的反應。電報說：“‘飛龍號’遭炸彈襲擊起火。”參謀部的成員緊閉著嘴巴，圍著海圖磋商了一個多小時，核查剩下的海軍部隊的部署。角田覺治海軍少將率領的兩艘航空母艦和一批重型巡洋艦，對荷蘭港進行了第二次空襲後，正從北太平洋火速南下。近藤海軍中將率領的一艘輕型航空母艦，兩艘戰列艦和四艘重型巡洋艦正從西面駛向中途島；慄田海軍中將率領的四艘重型巡洋艦和三艘水上飛機供應船從西北面全速駛往該島，斷後的是主力部隊——巨型戰列艦“大和號”、兩艘較小的戰列艦和一艘輕型航空母艦。如果這幾支可怕的力量能夠同南雲剩下的兩艘戰列艦和三艘巡洋艦會合，山本就會看到仍然有希望贏得一場“海上決戰”。為了集合他的分散的艦隊，山本總司令官當晚發出樂觀的訊號：“敵人艦隊幾乎被消滅，正往東撒退。”山本下令按計劃在第二天佔領中途島。

最後一個回合

南雲接到山本下午七時發出的命令：所有部隊“立即接觸敵人並將它們殲滅”，對他來說，這道命令是很不切合實際的，在遭到最後襲擊之前離開“飛龍號”的那架飛機發回的最後情報表明，敵人在海上還有更多的航空母艦。

“敵人的全部實力是五艘航空母艦、六艘重型巡洋艦和十五艘驅逐艦。它們正向西行駛。我們保護著‘飛龍號’向西北撤退，速度每小時十八海里。”山本的參謀長宇垣海軍少將認為，南雲這樣斷然違抗山本的命令，說明他“不想進行夜間戰鬥”。宇垣知道，美國人不論在太平洋的什麼地方都不可能有五艘航空母艦：他估計最多隻能有兩艘在活動。山本希望將埋伏在中途島北面的所有艦隊投入夜戰，屆時他將擁有足夠的戰列艦和巡洋艦來贏得一次勝利，彌補帝國海軍在白天遭到的失敗。因此，他命令近藤海軍中將接管作戰指揮權，部署他的戰列艦和巡洋艦。南雲的艦隊奉命立即改變航向，“參加夜間戰鬥。”

山本的計劃又一次寄希望於敵人將會就範。但是，只有當美國艦隊繼續東進，才有可能在中途島附近發生夜戰。實際上，斯普魯恩斯非常清楚繼續帶領第十六特遣艦隊西進是危險的。對日本無線電情報所作的分析提供了明顯的跡象：另一支大艦隊正從西北方向駛來，曾經襲擊荷蘭港的航空母艦顯然正從北面壓過來，以便切斷他同夏威夷之間的聯絡。此外，在黃昏時襲擊過“飛龍號”的B—17轟炸機報告它們正在受到“零式”戰鬥機的攻擊。這些戰鬥機可能來自那艘燃燒的航空母艦，也可能來自附近的另一艘航空母艦。即使雷達使他的艦船佔有戰術優勢，斯普魯恩斯還是斷定：在夜間追逐南雲的遭到打擊的艦隊，有可能使他和弗萊徹在白天贏得的勝利前功盡棄。“我認為冒險同可能佔優勢的敵人進行夜戰是不應當的，”這是他謹慎小心的理由。“但在另一方面，我不想在明天上午離中途島太遠。我想佔有這麼一個位置，從這個位置上，既可追擊潰逃的敵人，也可瓦解敵人在中途島登陸的企圖。”當他的最後一批轟炸機返回航空母艦的時候，這支美國特遣艦隊就往東撤退，直至午夜方才改變航向，在黎明時回到面臨威脅的中途島的攻擊距離之內。

雖然斯普魯恩斯由於放棄追擊又在後來受到批評，但他作出的戰術判斷是絕對正確的。假如他繼續西進，他肯定會陷入山本設定的圈套，由於他的航空母艦不能在夜間出動飛機，很容易成為近藤的戰列艦和慄田的重型巡洋艦炮火的犧牲品。

山本焦急地等候同敵人接觸的訊息，一直等到午夜，他的引誘美國人進行夜戰的計劃有破產的危險。他和他的參謀部現在不得不擔心，如果黎明時他們離中途島的岸基飛機，或者離返回的敵人航空母艦的艦載機太近，他們就會遭到屠殺。參謀部有人建議轟炸並佔領中途島，以便保全面子；但宇垣海軍少將拒絕了這個方案。“我們的戰列艦，儘管火力很強，將會在靠近中途島使用我們的大炮之前就被敵人的空中和潛艇的襲擊所消滅。”佔領中途島不得不推遲。“但是，即使不可能佔領中途島，即使我們不得不承認這次戰鬥的失敗，我們還沒有輸掉戰爭。我們的艦隊還有八艘航空母艦，包括即將沉沒的幾艘在內。打仗如同下棋，