傻爪才讓自己不顧一切地魯莽行事。”

並不是所有的參謀部成員都準備接受宇垣的嚴肅的分析的。有人問：“我們如何就這次失敗向天皇陛下謝罪？”一直沉默不語的總司令現在表明他將吞下最苦的藥丸——“交給我，”山本插話。“我是唯一應當向陛下清罪的人。”

聯合艦隊旗艦在午夜發出“取消中途島戰役”的訊號。山本放棄這個計劃，不僅承認了失敗，而且不得不屈從這樣的現實：現在要在海上打贏美國更困難了。

運送入侵部隊的艦船折回駛向塞班。近藤海軍中將和慄田海軍中將奉命與南雲會合，然後在西北面同主力集合後一起返回日本。只有北面的幾支部隊奉命前進，按計劃佔領阿留申群島中的兩個小島。一艘挑釁性地但卻無害地闖入中途島環礁湖的日本潛艇打了幾發炮彈，使人們想起聯合艦隊可怕的炮火火力，其實這個艦隊已被美國太平洋艦隊的艦載機打敗，從未得到一次齊射的機會。絕望的夜晚已經過去，山本迅速回到自己的艙房，再次經受著胃痛的折磨。中途島戰役的失敗玷汙了帝國海軍的紀錄，後來，慄田的巡洋艦隊中兩艘艦在中途島西北約九十英里的海面上相撞，使帝國海軍的第一次失敗蒙受更大的恥辱。

接到撤退的訊號之後，佔領部隊的支援艦隊的四艘重型巡洋艦，正以每小時二十八海里的速度在太平洋上行駛，突然一名瞭望哨發現一艘潛艇。前面的兩艘左舵急轉彎，可是斷後的“最上號”收到訊號時為時已晚，和它前面的“三限號”撞上了。“塔姆博號”潛艇艇長雖然沒有得到發射魚雷的機會，但在潛艇為了躲避迅猛衝來的驅逐艦而急速潛沒之前，他高興地看到一艘巡洋艦的艦首起火了。世界上速度最快火力最猛的巡洋艦之一“最上號”艦首被撞壞，“三限號”受重刨。迅速用斜撐撐住被撞壞的艙壁，使它們得以在嚴密護衛下以每小時十二海里的速室緩慢費力地開走。

對於珍珠港的尼米茲海軍上將和他的參謀部來說，六月四日夜晚並非是無憂無慮的。他們的特遣艦隊襲擊了四艘日本航空母艦並使之起火的訊息，表明他們勝利在握——除非斯普魯恩斯貿然夜戰。尼米茲在當晚發出一封電報的時候，他確信自己無須提醒這位指揮官注意這樣一場戰鬥所帶來的風險。他在電報中說：“你們這些參加了今天的中途島戰鬥的將士，在我們的歷史上寫下了光輝的一頁。我為我是你們的同事而感到自豪。我估計你們再奮戰一天，將完全擊敗敵人。”太平洋艦隊總司令的作戰日誌寫道：六月四日已經看到“可能是日德蘭大海戰之後最大的海戰的開始。其結果，按照目前看來日本人不利的處境，實際上將制止他們的擴張。”

在華盛頓，海軍部被謹慎地守衛起來了。他們在六月五日上午向記者釋出的新聞表明，太平洋正在進行一場大規模海戰，形勢似乎對美國有利。“要說這是日本的一次慘敗為時太早。。。敵人仍在撤退，但我們仍在戰鬥。”記者從公文體的字裡行問之中，領會到海軍部越來越相信這場海戰的結局將會成為珍珠港以來最引人注意的頭號新聞。

斯普魯恩斯同太平洋艦隊司令部一樣，完全意料到第二天上午將重新開始戰鬥。黎明時分，PBY　飛機從中途島的環礁湖起飛，偵察敵人部隊。密雲和低能見度妨礙了它們的偵察活動，同時，第十六特遣艦隊在該島東北面的一個安全距離內行駛，斯普魯恩斯則在等候艦載機應該襲擊哪一支日本艦隊的訊息。對於美國航空母艦上的飛行員來說，這是一個漫長的等待的上午，是他們預料之中的戰鬥前的平靜。黎明後不久，海軍陸戰隊剩下的“無畏式”和“復仇者式”飛機起飛襲擊“塔姆博號”滋艇所發現的兩艘受重傷的巡洋艦。日本炮手發射猛烈的炮火，擊落一架美國飛機，“最上號”和“三限號”都沒有受到進一步的損害。當天下午晚些時候，斯普魯恩斯從上午的偵察結果斷定敵人所有的大艦隊都在向四撤退，他就出動轟炸機群襲擊這兩艘巡洋艦。美國飛機沒有找到它們，於是亂丟炸彈，派去救援“最上號”的一艘驅逐艦沒有受到損害。

美國海軍在這個平靜的一天中的主要活動是搶救“約克城號”。聽到炮聲前來調查的“休斯號”驅逐艦在黎明時發現它仍在漂浮。放炮的是從艦上病房裡爬上來的兩個傷員，他們是在頭一天被留在病房等死的。“休斯號”艦長髮現火已熄滅，便派一個搶救隊上去，並用無線電呼救這艘漂浮的航空母艦。“捕蠅鳥號”掃雷艇米到之後，這兩艘小艦艇整個下午都在設法拖走龐大的“約克城號”，海上的風浪妨礙了它們的努力。黃昏時，巴克邁斯特艦長和從他的水手中挑選的一個志願