，他理所當然地擔任殿後掩護。一路上，他帶兵留在最危險的地方，掩護龐大的內閣隊伍撤退。一有機會，在能夠見到戴維斯的時候，他還是指望戴維斯能傾聽他和李將軍的意見，立即同北軍展開投降談判。可惜的是，戴維斯非常固執，始終沒有改變抵抗到底的決定。

當布萊肯利奇的馬隊到達華盛頓小鎮的時候，戴維斯一行在前一天已經離去。這就是布萊肯利奇缺席最後一次內閣會議的原因，他也因此而失去了最後一次說服戴維斯的機會。

這個時候，兵荒馬亂，鎮上到處是南軍的敗兵，像沒頭蒼蠅一樣亂竄。人心一亂，軍紀開始渙散。布萊肯利奇在華盛頓鎮停留期間，依然履行他戰爭部長的職責。他要處理戴維斯留下的大量錢幣和檔案。他命令給南軍士兵發餉。對那些隊伍已經散了計程車兵，他下令告訴他們，南軍司令已經投降，他們可以在北軍到來的時候，向北軍要求籤發證明檔案，然後平安回家。對那些隊伍建制依然存在計程車兵，他下令士兵們要服從命令，保持紀律，不得騷擾民間。

他安排了一大筆錢，交給鎮上同南北雙方都有良好關係的民間賢達，要他們在北軍來到以後將這筆錢交給聯邦政府，並且說明，這筆錢將用於將來戴維斯總統在法庭上的辯護費用，因為他預料，他們的總統被控以叛亂罪而上法庭的命運是不可避免的了。他還把一些重要的檔案留了下來，要求妥善移交給聯邦政府。

在這些檔案裡，有他調查的這樣一個案子。

戰爭後期，有不少黑人加入北軍。1864年10月，在一次戰鬥結束以後，一個來自德克薩斯州叫做羅伯森的南軍軍官，縱容手下計程車兵，在戰場上搜尋受傷的北軍士兵，找到黑人傷兵就當場殺害，一共殺害了一百多個北軍的黑人傷員。這一事件後來洩露了出來。差不多同時，布萊肯利奇被任命為戰爭部長。布萊肯利奇一上任就下令調查這一事件，傳訊證人、收集證據。他認為，殺害對方傷員和俘虜，這是一種決不可饒恕的謀殺罪，必須受到法律懲罰。而調查和起訴這一罪行，是他這個戰爭部長的責任。以後的半年裡，雖然南方邦聯已經到了分崩離析的最後階段，他一直沒有忘記要起訴這項罪行。可惜的是，儘管羅伯森一直追隨在戴維斯周圍，布萊肯利奇在掩護戴維斯撤退的一路上，卻一直沒有機會逮捕羅伯森。現在，他知道南方已經瓦解，他沒有機會親自把羅伯森送上南方政府的法庭了。他把有關這個案件的調查檔案和證據都留下，要求把它們轉交給北軍，將來由北軍來把罪犯繩之以法。

在安排了所有一切以後，布萊肯利奇給隨行人員下令，凡願意回家的，都可以領一份薪水後回家。最後，他帶領幾個願意追隨他的人，繼續逃亡。在他的概念裡，只要總統還在逃亡，他就還是內閣成員，還有職責在身。

在往南逃亡的路上，他一面打聽總統的行跡，一面放慢自己的行軍速度，或者故意暴露自己的行蹤，把追擊的北軍吸引過來，以保護總統。最後，他得到了戴維斯已經被北軍逮捕的訊息。他和隨從逃到美國的最南端，弗羅裡達州的海邊。他自己花錢買了一條小船，取名“無名號”，渡海逃到了古巴。那時候，古巴是在西班牙的統治之下。

就這樣，歷史在這兒創造了一點幽默。1865年的春末，北軍抓住了南方邦聯政府從總統戴維斯開始的所有官員，惟一出逃成功的是布萊肯利奇，而他恰恰是在戰爭一開始就認為南方必然失敗，在戰爭臨結束前還力主投降的人。

所幸的是，戰後的美國渴望和解、恢復並迅速回到原來的法治狀態。聯邦並沒有踏上向“叛亂”的南方報復的道路，沒有像人們原來預料的那樣，把南方政府的官員控以叛亂罪，送上法庭。布萊肯利奇在古巴用賣掉“無名號”的錢遣散了追隨他到最後的人，讓他們回家。他給他們每個人一份他的親筆證明書，證明這些人只是聽從他的命令，所有法律責任應該由他來負。其中包括一位黑人僕人，這位僕人是一個朋友“借”給他的奴隸。他為這位黑人寫了證明信，宣佈這是一個自由的黑人，並藉助自己在南方的威望，用自己個人的名義要求沿途的南方人善待這位黑人。

這個時候，他為自己拍了一張照片，託人帶回家報平安。據說，他的夫人見到照片後久久無法辨認：才44歲的他，已經蒼老衰弱得無法相認了。

戰後三年多，他在英國和加拿大流亡。雖然他在聯邦政府裡的朋友紛紛勸說他回國，雖然他也知道，他回國是安全的，沒有任何危險，但是他沒有回來。他居住在尼亞加拉大瀑布的加拿大一側，在那兒他可以看到邊境另一邊的