於長江流域之時，黃淮之間、運河以西地區又爆發了捻軍起義。蘇、魯、豫、皖一帶原有白蓮教的餘黨，這時發展成為鹽嫋“捻子”（幫）。他們活動的範圍即所謂“九省通衙之地”，雖無名都大邑，但出人方便，不過時有鹽嫋出沒，村民械鬥不絕，並且常常還與回民發生衝突，此外水患、饑荒不斷，人民顛沛流離。1853　年各地捻黨大致形成了統一的組織，勢力之大，許多地區都是隻知捻軍，不知官府朝廷。捻軍不斷擴充武備、馬匹，並向當地徵收賦稅，很快發展起騎兵隊伍劫掠鄰近地區。1855　年，捻軍形成黃、紅、藍、白、黑五旗軍制。他們使用暗號手勢、獻血結盟，人夥時還有一套複雜的人會手續，並且效仿太平軍蓄留長髮。捻軍與太平軍先後多次合作，但內部一直各自為政，活動範圍主要侷限在鄉村，也未建立起自己的政權。不過，捻軍首領漸漸建立起曉勇的隊伍（尤其是騎兵部隊），並在大約10　萬平方英里的土地上先後牢牢控制了當地的兵勇、平民百姓和糧食供應。到了18　的年，捻軍與太平軍隱隱然已對清政府形成合圍之勢。

雲南回民起義持續的時間更長。穆斯林自元朝之後在中國西北、西南地區一直很有勢力。雲南的回民自成團體並時常與外界發生衝突，在爭奪銅、錫、鉛及金銀礦源時尤其如此。當地的清朝官員人數不多，也很難行使政府的權威，如一名從麥加朝聖回國的阿旬，因發現孺家思想不合伊斯蘭教教義而聚眾鬧事時，官府兒乎無力治理，於1861　年才用招安的方法將之勉強平定下去。不過，雲南西部的回民起義在杜文秀的率領下又堅持了十一二年。1856　年杜文秀定都大理，自立為新建伊斯蘭國的蘇丹。他從緬甸（後者將穆斯林稱為Parthay　）　獲得軍火補給，甚至還於1872　年遣使至倫敦謀求合作，但未獲得什麼結果。同時，1862　年中國西南地區又爆發了一場回民起義，而貴州的苗民自1854　年以來也紛紛生事作亂。

這幾場起義雖然規模不及太平天國起義，但都不同程度地動搖了清朝的統治（清王朝身處內憂外患之中，一時岌岌可危。不過，內地的這些起義仍然無法產生足以取代傳統社會的新型制度，相形之下，通商口岸的西方人倒是趁機在沿海地區大力建立起一套新的秩序。

七、條約體系的完成

這場起義造成了幾百萬人的傷亡，極大地破壞了農業生產，成批的城池為之夷滅，與之相比，傷亡僅僅數千人的鴉片戰爭不過是小巫見大巫罷了：同樣，早期的鴉片生意、傳教活動以及第一批通商口岸也未形成多大氣候。它們並未直接觸及普通中國人的日常生活，只是使人們對舊的生活秩序產生了疑問，並潛移默化地衝擊著舊有的社會制度。不過短期看來，不平等的外交關係並不總是起到革命性的作用，相反，中國近現代史上的一個現象就是西方列強於1860　年後在某種程度上延緩了滿清的滅亡與中國政治的變革。從1851　年到1860　年，正當中國人民起義風起雲湧之時，西方一列強一反談判做法，轉而向清廷發動了第二次鴉片戰爭，在簽訂了一系列條約之後轉而又與清政府合作鎮壓國內的起義。19　世紀50　年代，清政府對地方（包括諸通商［上岸與內地省份）的統治遭到削弱，地方勢力逐漸抬頭。但在諸通商日岸，西方各國的領事建立了西式的統治機關。當時上海擠滿了躲避太平軍的難民。1853　年，小刀會發動起義佔領了上海，清朝的海關陷於癱瘓，自道臺以下的官員盡數被驅逐出上海。上海洋行中的外商為求自保組織了“上海志願軍團”。1854　年7　月，英、美、法3　國領事聯名要求上海道臺准許他們自治並獲得准許，此後在上海便逐漸形成“公共租界”及“法租界”，各租界均有自己的武裝與警察。這樣，外國人在治外法權的庇護下透過租界在長江流域牢牢地攫取了一席之地，為上海日後成為中國的現代化中心打下了基礎。

同時，由於當時上海未設海關，由英國領事負責租界關稅事宜並把持了內地的洋貨進「上關稅。租界的關稅本應一視同仁，但由於中方海關官員的作梗與各國外商之間的競爭，條約中有關關稅的種種規定實際上無法實行。但如果關稅不統一，自由貿易及合法的貿易發展勢必受到威脅。因此，英、美、法3　國領事於1854　年7　月做出決定，由其向上海道臺指派海關稅收人員，以此保證各國外商利益一致，同時也確保關稅能夠交到道臺本人手中。這即是中國海關外國監督制度的濫筋。自1855　年起，中國政府聘用英人李泰國（Horati　。Nelson　場）出任上海的江