滿洲北部各族紛紛向京師告急求援。不過，清朝在與俄國的對峙中起初並不佔據優勢，清朝直到1681　年才真正完全統一了中國，但此時又發生了準噶爾部的叛亂，而西蒙古諸部與西伯利亞地區的俄國人已有接觸往來，東蒙古諸部也在涅爾青斯克與俄人進行貿易活動。因此，康熙皇帝的目標不僅僅是要把俄國人驅逐出阿穆爾河流域，而且還要防止他們與蒙古人的進一步勾結。中俄雙方的非正式外交關係早在1619　年就已形成。1654　俄國沙皇遣使致信清朝皇帝，目的是在否認中國為宗主國的條件下發展兩國貿易。俄使拒絕向清帝磕頭，而負責接待的官員又對貿易不感興趣，俄使堅持按歐洲各國平等交往的慣例行事更觸動了“天朝上國”的意識形態基礎，於是未得數見便被遣返出境了，當時來華的另一名俄使即為頗富傳奇色彩的N　。　G　．斯巴塔一麥萊斯庫，其人出身於希臘一知識分子家庭，曾在康斯坦丁堡接受教育，後廣泛遊歷歐洲各地。他於1676　年到達北京，首次帶來用拉丁文寫的國書，並請耶穌會會士為他做翻譯。他在接受清帝賞賜給沙皇的禮物時拒絕下跪，因此也同樣遭到遣返出境的命運。

康熙於17世紀80　年代早期鞏固了國內統治之後，開始有條不紊地從滿洲南部向阿穆爾河流域修築水陸驟道、哨所、糧庫和屯墾駐軍，並且建立了一支水軍在滿洲進行操練。清兵很快就將俄國人趕出了阿穆爾河下游一帶。清兵以優勢兵力圍攻俄軍在阿爾巴金的最後一個據點，在這種情況下俄皇決定與清朝進行談判，並派遣了一名大使趕到涅爾青斯克。這正是談判的好時機，因為此時清朝正需對付西蒙古各部的內患。仿效斯巴塔一麥爾斯庫的先例，康熙指定2　名耶穌會會士擔任翻譯兼顧問，派他們與俄國人進行談判。耶穌會會士穿梭往來於雙方大營之間，經過無數次的反覆和討價還價之後終於達成了協議，並由耶穌會會士用拉丁文謄寫一份條約，另以滿文、漢文、蒙文和俄文各寫一份以存照備考。這是一份平等條約，它將俄國的勢力限制在阿穆爾河以北，但允許俄國在此建立穩固的基地並透過商隊與北京進行貿易活動。俄國人亦同意拆除阿爾巴金的軍事設定並撤出阿穆爾河流域。條約劃定了滿洲北部的界線，但對蒙古與西伯利亞之間的界線則語焉不詳。透過簽訂《　尼布楚條約》　，康熙阻止了俄國向東蒙古各部進行援助。在此之後的10　年中，他最終擊潰了葛爾丹並鞏固了他在西蒙古的統治。此時俄國的商隊亦經烏蘭巴托從蒙古源源來到北京。這些商隊都持有官方護照，隨行的使節介於官商之間，統一接受理藩院的管理，與朝貢兒無二致。使團人數通常限定在2000人以下，入華需憑一套編號的符信行事。在北京他們與貢使一樣下榻於俄羅斯會館，四周有衛兵把守，使臣靴見皇帝時照樣得叩頭如儀。

在當時清朝為控制亞洲腹地而採取的戰略中，中俄關系一直古據著重要的地位。彼得大帝在位時逐步向西進行擴張，與準噶爾部不斷進行戰爭、貿易和談判。俄國人希望能擺脫耶穌會會士而直接與北京建立永久性的商業和外交關係。結果，一支俄國東正教傳教團以解決在京俄國人的精神需要為藉口進入了中國，17　世紀60　年代俄國政府即以此為口實不斷隨商隊向中國派遣傳教團。雍正帝為了限制耶穌會在中國的影響，於1722　年後對俄國東正教的傳教團表示了歡迎。另外他還希望阻止俄羅斯與準噶爾部結盟並消除俄羅斯在東蒙古諸部中的影響。

俄羅斯的經濟利益和滿洲人的戰略計劃相結合，促使兩國於1727　年達成了另一項重要協議。俄羅斯大使率軍1500人及100　名隨員到北京與清政府進行談判，經過半年的磋商後，他撤回到烏蘭巴托以北、蒙古與西伯利亞邊界上的加塔（kiakhta）　，並在那裡簽訂了條約。這項條約規定了中俄兩國的邊界，俄國被明確排除在蒙古事務之外，作為回報，俄羅斯在加塔與中國定期進行貿易。俄國人獲准每3　年一次向北京派遣商隊，並且在北京派駐東正教傳教一外交使團。他們可以在北京建造東正教教堂並派遣“留學生”進修漢語。不過，1730　年之前到達北京的俄羅斯使團有20　個，但在接下來的100　年中只有6　個使團來到中國。清政府對商業不感興趣，政治的穩定才是他們關注的目標，而最好的對策就是與世隔絕。清政府曾兩次向俄派遣使團（分別於1731　年、17　犯年向莫斯科、聖彼得堡派遣使節）以確保俄羅斯不介人西蒙古諸部的事務。清使覷見沙皇時，一如俄使在北京參見清帝，照樣一跪三拜行禮如儀。清朝的這種務實性外交取得了成功