廣大地區人民陷入了地獄般的苦難。而邵捷春本人，自然難逃罪責，不久被逮入詔獄，仰藥自殺（與陷害他的楊嗣昌一個死法）。

三年多後，公元1644年，李自成攻入北京，崇禎帝上吊自殺。訊息傳來，深受明恩的秦良玉服孝痛哭，幾次昏絕，哀動左右。

張獻忠流賊，此時盡陷楚地，又向四川殺來。秦良玉向當時的四川巡撫陳士奇呈獻《全蜀形勢圖》，希望官軍能增兵堅守蜀地十三處險隘。陳士奇不予採納。秦良玉不死心，又推心泣血地向四川巡按劉之勃建議，劉巡按倒是同意她的計策，但他本人手中無兵可發。

張獻忠巨賊數十萬長驅直犯夔州。秦良玉馳援，由於眾寡太懸殊，兵敗而去。她的失敗，標誌著蜀地的淪陷。

張獻忠相繼攻克萬縣、重慶、成都，並在當年年底稱帝，建立“大西”偽政權。

張獻忠佔領蜀地，只有遵義、黎州及秦良玉的石柱地區未歸於“大西”。懾於秦良玉威名，張獻忠部無一兵一將敢於入犯石柱。投降張獻忠的明朝官員屁顛顛向各地土司送去偽政權印信，各地土司大多畏懼接受。秦良玉接到印信，馬上當眾毀之，慷慨言道：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱婦蒙國恩二十年，今不幸至此地步，怎能以殘餘之年以事逆賊！石柱一地有敢從賊者，族誅之！”

不久，又有噩耗傳來，秦良玉獨子馬祥麟先前被明廷徵調到湖廣禦敵，戰死於襄陽。死前，他給母親寫信：“兒誓與襄陽共存亡，願大人勿以兒安危為念！”

見兒子絕筆血書，秦良玉淚下如雨，心如刀割，但她乃大義婦人，提筆在信紙上寫道：“好！好！真吾兒！”

秦氏、馬氏二族，可稱上是二門忠烈，數年之間，死於國事者甚眾。

滿清佔據北京後，殘餘的南明政權相繼有弘光、隆武、永曆數帝，秦良玉皆與之保持聯絡。但山長水遠，秦良玉本人年逾古稀，不可能再有較大作為。

1648年，在西南顛沛流離的南明永曆帝派人加秦良玉太子太傅，授“四川招討使”。久臥病床的一代女豪傑，聞之瞿然而起，拜伏受詔，感泣道：“老婦人朽骨餘生，實先皇帝（崇禎）恩賜，定當負弩前驅，以報皇恩！”

可惜的是，幾日之後，秦良玉就因病重抱恨而終。其孫馬萬年把奶奶葬於回龍山，墓碑題文可彰示這位女中丈夫不屈的民族氣節和赫赫功勳：

明上柱國光祿大夫鎮守四川等處地方提督漢土官兵總兵官持鎮東將軍印中軍都督府左都督太子太保忠貞侯貞素秦太君墓

可嘆的是，如此忠貞女豪傑，文革中墓地也不能倖免，被“紅衛兵”砸墓挖棺，幹出如此令人髮指之事。而這些革命小將的毀墓原因，無外乎兩點：其一，秦良玉是“土司婆娘”，出身“反動”；其二，她膽敢抵抗張獻忠“農民起義軍”，十惡不赦。

“土司”婆娘自不必說，生活時代無法選擇。而張獻忠狂賊的軍隊，絕非“人民”的隊伍，他幾乎把川人殺絕、吃絕。對於他的種種暴行，“文革”中的“御用”史家也不敢隱諱，指稱他在“反擊地主階級瘋狂反撲”之餘，“枉殺”了一些普通民眾。其實，張獻忠所殺的人絕對不止是“一些”，他也不是“枉殺”，而是故意屠殺了上百萬的四川人民，這位巨寇，才真是“雙手沾滿人民鮮血的大劊子手！”

道德標準，因時代嬗變總會有所不同。但忠孝義三個字，亙久長新。

秦良玉一漢族婦女，數十年在地區自治間安鄉護土，心向中央政府，忠貞不貳，破家為國，數赴國難，最終為大明錚錚直臣，至死不叛國，不降清，大義凜然。這樣的奇女子，連封建文人也嘆息稱絕，題詠連連。

清代詞人錢枚又有《金縷曲》一首，他因見這位女英雄小像而發慨嘆，持筆濡墨，寫詞褒讚，高度藝術性概括了秦良玉卓爾不凡的傳奇人生：

明季西川禍，自秦中飛來天狗，毒流兵火。石跓天生奇女子，賊膽聞風先墮，早料埋夔巫平妥。應念軍門無將略，念家山只怕荊襄破。妄男耳，妾之可。

蠻中遺像誰傳播。想沙場弓刀列隊，指揮高座。一領錦袍殷戰血，襯得雲鬟婀娜。更飛馬桃花一朵，展卷英姿添颯爽，論題名愧殺寧南左。軍國恨，尚眉鎖。

而歌頌秦良玉最讓人感動的詩篇，當出自清末女英雄秋瑾。二人同為巾幗女兒身，惺惺相惜，自然別有一番真味在詩中：

古今爭傳女狀頭，誰說紅顏不封侯。

馬家婦共沈家女，曾有威名振九州。

搘撐乾坤女土司，將軍才