滿洲軍出塞後，秦良玉率石柱兵回家鄉。由於當時流賊張獻忠、羅汝才等九路人馬自湖廣進攻四川，明廷詔令秦良玉不用再出兵援剿，“專辦蜀賊”，負責守禦川地。

崇禎七年（1634年），張獻忠賊軍破夔州（今重慶奉節），進圍太平，秦良玉提兵趕至，賊寇懾於秦良玉及其手下“白桿兵”威名，倉皇逃走，川東大定。

崇禎十三年（1640年），羅汝才賊部進入巫山，為秦良玉阻遏。於是，這位綽號“曹操”的黠賊突然進攻夔州，又被秦良玉率兵擊走。

不久，秦良玉率兵在馬家寨邀擊賊軍，殺其驍將“東山虎”，斬首六百餘級。然後，秦良玉乘勝，與明軍在譚家坪、仙寺嶺連敗賊寇，奪得羅汝才主帥大纛，並生擒其副手“塌天”。

數役下來，秦良玉部斬賊兵近萬，獲甲仗馬騾無算，賊屍橫陳遍山谷。

羅汝才率殘部遁走大寧（今重慶巫溪），與張獻忠在巫巴山區合軍後，賊勢復熾，逾過巴靂河（今重慶巫山縣雙龍鎮大寧河），拼死攻擊秦良玉侄子等人統領的石柱兵。接著，賊兵四處紮營，嚴重威脅到川地大部分地區。

明朝湖廣襄陽督帥楊嗣昌本人乃湖廣人（今湖南常德），他的初始戰略就是想盡驅張獻忠等部賊軍入川。這位楊督帥的如意算盤是：以蜀地險遠，極邊之地乃松潘蠻部，賊兵入蜀後，蜀地官軍守則守之，不能守自可棄涪州、萬州、雅州、松州大部分地區，誘敵深入。然後，陝西官軍斷棧道，臨白水制敵；雲南官軍屯曲靖，扼守白石江。而他楊督帥本人則可率明軍主力掩擊賊軍，把他們馳至松潘諸蠻部落的地盤，聽任當地土人剿殺。

楊嗣昌此計，即愚昧又陰險。愚昧的是，他紙上談兵，以為川地崎嶇險峻，必能困住賊軍；陰險的是，他驅張獻忠等賊部入四川，自己沒有喪地的責任，四川巡撫是邵捷春，丟地喪兵，責任皆由他負。楊嗣昌本人自可坐觀成敗，時刻準備去摘熟落的“桃子”。

由於耽心四川當地官軍扼守險隘會導致張獻忠急紅眼反撲湖廣，楊嗣昌又使陰招，依仗自己的威權，把大批蜀地精兵調出，只留二萬弱疲士卒給川撫邵捷春守重慶。

秦良玉一心為國，率三萬石柱精兵抵至夔州。邵捷春令她把部分士兵移近重慶，與附近守將張令相倚為聲援。不久，劭捷春抽調一萬五千石柱兵，進入重慶與官軍共同把守堅城。秦良玉深知邵捷春之策甚愚，但她又不敢違背命令，就對路過自己軍營的綿州知州陸遜之表示：“邵公不知兵，其移我部兵自近，而派張令守黃泥窪一帶，甚失地利。賊軍盤踞歸、巫眾山之巔，俯瞰吾軍營壘。倘若他們自上而下，乘勢使氣攻擊官軍，張令部必敗。張令一敗，次必及我部軍。我部軍一敗，誰又能救重慶之急？”

陸遜之大驚，問策之所出。

秦良玉言：“邵公此時，絕不能坐防堅城，應先發制人，與賊軍爭山奪險。”

陸遜之立即把訊息轉告給邵捷春。邵巡撫倒是知錯就改。可惜晚了一步。張獻忠賊軍於十月五日在土地嶺（今重慶奉節草堂鎮）率先向窩裡斗的明朝官軍發動進攻，一天內即殺明軍五千多人。

次日，張獻忠手下白袍小將張玉兒當陣射殺號稱“神弩將”的明軍老將張令，乘勝把明軍殺得一敗塗地。不僅張令一軍盡覆，秦良玉手下三萬多“白桿兵”也全軍覆沒，致使最後秦良玉僅單騎逃返重慶，遭遇其平生未有之慘敗。

此役過後，楊嗣昌圍來賊軍於川地的“圓盤戰略”完全破產，川鄂交界地帶三十二隘口盡陷於賊，蜀中大亂。

損失如此慘重，秦良玉並未灰心喪氣，她對川撫邵捷春說：“事態危急，可以盡發溪峒兵卒，人數可達三萬，我本人出資出糧可供餉其中的一萬人，朝廷供餉另外一萬人。如果佈置妥當，應該還能與賊寇周旋。”

邵捷春低頭，良久不言。時勢至此，這位文人守撫已全然死心。從他自己角度考慮問題，喪兵失地不說，官倉中已無糧養兵，而溪峒兵卒又屬土蠻，反覆不測，如果這些人再趁亂鬧兵變，他邵捷春三族不保。飽讀史書的他，自然知道元末“官軍”中紀律最壞的就是楊完者所帶領的“苗兵”，他們那些蠻兵不僅剿賊無力，平時對百姓比寇賊還要兇惡淫毒。所以，溪峒兵卒，難保他們不像“苗兵”那樣。

讀書多，顧慮就多。顧慮多，定議就少。

劭捷春最終婉言拒絕秦良玉提出的計劃。

秦良玉嘆息而歸。其計不用，自然全川潰爛不可收拾。

張獻忠賊人蹂躪各處，殺人無算，四川