舉行正式的“登基禮”，追尊自己老李家七代皆為帝后（估計他只記得上兩代）。然後他頭戴冠冕，受“百官”朝賀。（李自成先前在西安已經稱帝，在進京路上一直稱“朕”）。

為了便於逃跑，他草草結束典禮，然後派人在城外加緊準備，當夜把北京城內宮殿及九門城樓盡數焚燬。

然後，他以郊天為名，第二天一大早就匆忙離京，向西奔逃。逃之前，農民軍把皇宮宮內金器和金錠皆融鑄成大餅，每餅重千金，騾載數萬餅，隨軍而走。

混亂逃亡途中，崇禎三個兒子均於亂中走散，但李自成始終未加害他們。

北京居民見農民軍敗走，個個振奮，在城內搜出腳慢未走的農民軍或傷兵數千，盡數殺死。

李自成聞之，大怒，立遣數千鐵騎往回奔，準備入城內遍屠居民後再把城內燒成白地。恰巧，一家被殺三十四口的吳三桂率部報仇心切，率軍已經殺至城南，農民軍士兵不敢攖鋒，即刻掉轉馬頭奔逃，北京由此躲過大劫。

自入城到離京，“大順”政權僅存在了四十二天。

五月二日，多爾袞率清軍抵至北京。士民大喜，以為是吳三桂擁太子而至，紛紛出城擺香案迎接。結果，看見一大群清軍，大家驚愕異常，但最終不得不接受殘酷的現實。

至於京內昔日的明官們，看見清兵反而大都鬆下一口氣。何者，如果是吳三桂率明軍回來，肯定會清算他們“降賊”的罪名。“大清”來了，就無此憂。所以，日後勸多爾袞南下消滅殘明，出謀劃策的數這幫人居多，純屬民族敗類。

多爾袞當然吸收李自成的失敗教訓，四處張榜，表示說無論是誰，只要降順大清，官復原職不說，還要加官晉爵，新有封賞。這一來前明官員大悅，個個彈冠相慶。

李自成自北京敗逃。訊息傳出後，各地官民知道他大勢已去，紛紛起來殺掉、趕走“大順”在當地任命的官員，靠近北京的就歸順清朝，南方地區則大多打出恢復“大明”的旗號。

此時各地的李自成部隊，仍舊有數十萬之多。他本人率殘兵一路經太原、平陽，返掠西安，把大部隊留守于山西、河南一帶抵禦明清聯軍。

回西安途中，李自成由敗生恨，猙獰面目頓顯，大肆殺人，只要遇士民憑城拒守，攻克後立刻屠城，雞犬不留。

回到西安後，李自成精神萎靡，沒見出他有什麼宏圖大略，半年時間內基本沒什麼大動作。

清軍步步逼近。他們先在山西招降了大同的姜環，然後用大炮轟毀太原堅城。先前降李自成的這位明朝總兵再降清朝，山西差不多皆為清軍所有。但在河南方面，清軍在懷慶被農民軍打敗，使得本來正要進取南京的主力清軍不得不掉頭回河南。此時，如果南明小朝廷趁機攻取山東、河北，日後會大有作為。

南明諸將和朝臣短視，想坐視“賊”“虜”互攻消耗，喪失了拓地發展的大好機會。

由於主力清軍殺至河南，農民軍很快在靈寶被打敗，急忙回撤到潼關。

年底隆冬時分，清軍源源不斷向潼關外增兵。雙方自十二月二十九日激戰，打了十幾天，互有勝負，在喊殺和血拼中度過了1645年的春節。

1645年正月十二日，守潼關的李自成部將馬世耀獻關投降。轉天，他與七千名農民軍均被集體屠殺。

困愁於西安的李自成聞訊灰心，西北看來是呆不住了，南逃有張獻忠政權在四川堵著，只能再去河南、湖廣。只要能消滅南明政權，自可擁有半壁河山。

臨撤退時，他下令部將田見秀把西安城內所有建築和倉庫燒燬。幸虧這位田將軍還算有人性，只點燃了東門樓和南月城樓，為西安百姓留下了禦寒的房屋與糧食。

李自成撤退途中回望西安城中煙火沖天（兩個城樓著火），以為田見秀完成任務，這才滿意地放心而去。由此可見，這位“起義領袖”，本性是多麼不仁道。

李自成逃離西安，原先西北地區的明朝降將紛紛降清。白廣恩、馬科、鄭嘉棟等前明總兵紛紛成為滿服辮髮的“大清”將領。整個西北，只有榆林的高一功是李自成舊部，堅守不降。

從西安逃離時，李自成手下仍有十三萬之多。依理，如果他急速行軍，搶在清軍之前殺往南京，最起碼可以把東南一帶富庶地區佔為己有。但不知為什麼，李自成走到河南內卻耽誤了不少時間，估計是臨行前士兵們拖家帶口拉金銀，嚴重拖慢了行軍速度。

不久，清軍阿濟格部逼近，農民軍在三月中旬往湖北方向逃竄。清軍邊追邊打，