至此，從前殺人如麻、嗜血成性的李將軍，一番真心剖白，真令人刮目相看。

不過，這永曆帝確實有人君之威儀。永曆十六年（公元1662年），他最後被吳三桂抓住關進監獄，清軍、漢軍各級官將出於好奇參觀這位爺，都不自覺地“或拜或叩首而退”。吳三桂本人前往，永曆帝問“來人為誰？”吳三桂竟然雙腿打晃，伏地不能起，驚惶得色如死灰，流汗浹背。雖然其中有皇家嫡系、九五之尊的倫威所致，但他的堂皇儀表，大概也真有九五人君的樣子。

為了表示對李成棟的尊寵，永曆帝特敕拜李成棟大將軍、大司馬，並效劉邦拜韓信故事，對他封壇拜將，殊榮無比。

為報知遇信賴之恩，李成棟馬上返回廣州，募兵治軍，準備入江西聲援金聲桓等人，恢復大明江山。

在肇慶時，李成棟對永曆寵臣馬吉翔的燻灼權勢已有所見。他回到廣州，出於耿耿忠心，上疏永曆帝，說：“恩威不出陛下而出旁門，小人濫進，貨賄公行……社稷存亡之大，此非小事，臣不敢不言。”

馬吉翔見此疏，深恨李成棟。不久，李成棟集結兵馬準備北上南雄進入江西抗清。他臨行前，想入肇慶與永曆帝辭別。

馬吉翔聞訊，連忙於宮中造謠，說李成棟想仿效董卓和朱溫，要趁入見時解散皇帝親兵，以他的舊部替代，把皇上當傀儡。

由於李成棟昔日瘋狂屠殺明軍的表現仍歷歷在目，永曆帝不能不疑。他派遣鴻臚卿吳侯去安撫李成棟，告訴他不必面君。

李成棟一片赤誠，對此一無所知，直到他見到在朝中任官的義子李元胤，才知道自己被馬吉翔冤枉的實情。為此，他嘆息說：“我初歸附國家，詣闕面君是正常的禮節。此次出行，誓死嶺北！我只想與皇上辭別，交付公卿大臣後事，不想小人輩洶洶如此，恨吾不能剖心示誠，坐受無君之謗，徒以血肉付嶺表耳！”

行至三水，永曆使臣馳至，仍敕其不得入朝。李成棟望闕大慟，就地拜辭。然後，他從清遠順流而去。臨行之時，他長嘆道：“吾不及更下此峽矣！”

清軍方面，在中原聚集滿、蒙、漢大軍數萬人，一支軍由孔有德、濟爾哈朗指揮，逼向湖廣；另一支軍由譚泰、尚可喜、耿仲明率領，直撲江西南昌。

1649年3月1日（永曆三年），南昌陷落，金聲桓失敗。他殺妻子，焚廄舍，自刎而死。王得仁與清兵巷戰，死於戰場。湖南的明將何騰蛟不久被清軍俘獲，於湘潭就義。

李成棟提兵北上，屢戰屢北。也真是天不祚明，當他為清朝從北往南打殺時，一路勢如破竹。反正以後，由南往北打，他卻連連敗績，十多萬大軍沿路傷亡殆盡。

1649年4月，南昌金、王兩人敗亡後，贛州的清將高進庫再無北顧之憂。於是，他聚集全部精銳部隊，在江西信豐大舉進攻李成棟。

鏖戰一天，李成棟部下大將多死。士卒潰逃，糧食又吃完，處境十分不妙。喪敗之餘，部下將領請李成棟退師，尋找機會再圖重興。

已經十分絕望的李成棟索酒痛飲，投杯於地，大言道：“吾舉千里效忠迎主，天子築壇以大將拜我，今出師無功，何面目見天子耶！”言畢，他竟不帶隨從，控馬持弓渡水，直衝清軍大營。

估計加上飲酒過量，傷心欲絕，李成棟竟於中途摔入水中，遇溺而亡。由此，這位劊子手名將終於結束了他令人費解、充滿殺戮、反反覆覆、又不失波瀾壯闊的一生。

訃聞，南明朝廷震悼，贈太傅、寧夏王，諡忠烈。

值得交待的，還有李成棟養子李元胤。李元胤，字元伯，河南南陽人，原本是儒家子弟。李成棟為盜時掠良家子，就養以為子。自少年時代起，李元胤一直跟隨李成棟出生入死，但他稍讀書，知大義。由於讀過書，他心計密贍，饒有器量。李成棟降清時，李元胤怏怏不樂。日後李成棟反正，李元胤絕對是勸成首功之人。佟養甲被脅迫降南明後，這位漢奸一直鬱鬱寡歡，暗中與清廷聯絡，準備內應反攻明軍。佟養甲的信使為李成棟所獲，恨得李成棟想馬上殺掉這位老上司。李元胤勸李成棟說，一定要先稟永曆帝后再殺佟養甲，不可專殺這麼高階別的降將。李元胤自到佟養甲處，假意告知說朝廷派他屯軍梧州。佟養甲大喜，本來他一直裝病，聽說有命派他外鎮，覺得終盼蛟龍入海之日，忙帶親兵上船，沿河而下。李元胤奉永曆帝手諭，於半路邀擊，遍殺佟養甲及其親丁數百。

李成棟戰死後，永曆帝仍舊信任李元胤。明將楊大甫屯居梧州，常常劫掠行舟，殺戮往來軍使