一干秀才捕拿歸案。不過因蘇州士紳和百姓反應激烈，金聖嘆等人背景又複雜，蔣國柱擔心南都會有干涉，此案可能會大事化小，小事化無。若那樣的話，他早早將人殺了，未免不妥，於是未敢當即就將人處決，而是等了幾日。

果然，哭廟案傳到南都後，引發南都朝堂軒然大波，百官紛紛上疏，要求皇帝赦免為民請願的秀才們，更有江南出身的官員上書朝廷，直指“清欠催徵”乃惡法，所用之人又皆為酷吏，非但不能為朝廷增加錢糧賦稅，反而激起民變，致使百姓對朝廷離心離德。

一日之內，連上72道奏疏，堪稱國朝始立以來第一。

大儒黃宗曦上書，稱清欠一事古所未聞，實乃當世第一荒唐事，若不早停，必危及大明中興之業。又指吳中秀才聚而哭廟，乃大明養士兩百多年之德政，更是地方監察官府不法之事之習俗，絕非聚眾謀亂，因此將其定為逆案，實是黑白不分，是非不明。

次輔連城壁亦憤而上書，指江南剛剛恢復，正是安民養生之時，朝廷此時不攬人心，反而對士紳百姓行橫行暴斂之事，豈不是自喪人心，將讀書人和百姓逼到滿清那邊去。倘哭廟案坐實，則天下人心便不在明。

連城壁上書的次日，定武帝便下詔命停清欠催旨，更給在鎮江養傷的齊王周士相發去旨意，嚴斥於他。

皇帝動怒，官紳群情洶湧，人人都道周士相必會退讓，可不曾想清欠之事非但沒有罷停，反而越演越烈。

周士相先以安徽軍務緊急為由，督請定武帝派連城壁督師安徽、河南，將其調離南都。後以齊王名義委任降官張長庚、幕下汪士榮等辦清欠衙門，不但分駐各省催徵，更於府、縣設其分機構，該衙門除聯絡地方官府外，更可聯絡當地駐軍。一時之間，清欠二字，聞者變色。江南兩岸，為清欠衙門所逼者，以數萬戶計。

金聖嘆畢竟是自己的親外甥，錢謙益身為江南士林領袖，更為定武朝廷的太傅，眼看齊王因清欠之事和江南士紳儼成敵對關係，自己嫡親外甥又要慘死，百般思量之後親自往鎮江一趟，意圖勸說齊王改弦更轍，罷了清欠惡法，寬恕哭廟一眾秀才，以緩和當下緊張局勢。豈料，錢謙益到時，齊王卻往金山校閱剛剛補充的兩鎮兵馬，雙方未能會面。

無奈，錢謙益只好寫了一封親筆信命人快馬送給齊王，請求齊王看在他的面子上，能夠放過哭廟一事。此信卻是石沉大海，齊王根本沒有回信。錢謙益在鎮江苦等兩日不果，只得憤憤回京。此後，其妻河東君亦從蘇州趕到鎮江欲為金聖嘆求情，這一回齊王態度很明確，稱金聖嘆等人名為哭廟，實為抗糧抗稅，此乃十惡不赦之罪，倘是赦免，則朝廷斷然無法維持。

河東君臨走之時，得齊王手書，上書數字“不納糧，不納稅，便無國無家”

蘇州，蔣國柱眼見錢謙益夫婦和皇帝聖旨都未能讓齊王改變主意，頓知自己不能再耽擱，遂令蘇州知府閻紹慶將金聖嘆等一眾秀才處決。

處決前一日，牢中按例為一眾明日就要上刑場的秀才們送上“斷頭飯”，眾秀才此時方知他們已然沒有活路，人人悔恨，不該為揚名參與哭廟。

當夜，牢中哭聲不絕，有秀才因過於驚恐，竟是便溺失禁。又有為逃過一死，裝瘋賣傻，然一切無用矣。那牢卒對牢中怪狀只是譏笑，渾無憐憫之心，概因省裡剛剛行文，往後府縣吏員、衙役、獄卒等皆由清欠衙門發俸，倘清欠無所得，則此幹人等便無俸。如此，各縣吏員等自是不敢再和士紳大戶勾結，否則無有收入是小，飯碗不保也是小，腦袋落地是為大。如牢中眾秀才煽動大戶百姓不納糧，不納稅，自是斷他們生路。雙方自此為仇寇，理所當然矣。

倒是被定為逆案主犯的金聖嘆不枉“狂生”一稱，他大笑著吃過斷頭飯，便叫來獄卒，對他稱有要事相告。獄卒以為這位金大先生有什麼驚天動地大事相告，又或透露什麼傳世寶物秘密，便歡天喜地的拿來筆墨伺候金聖嘆。

不曾想，金大狂生卻是指著剛吃完的斷頭飯，對獄卒笑稱：“花生米與豆乾同嚼，大有核桃之滋味。得此一技傳矣，死而無憾也！”

獄卒被金聖嘆弄得哭笑不得，見其倒是真不怕死，也由他去，不與他一般計較。

次日行刑，淒涼肅穆，方圓不大的一塊陰森森空地，四周閃著刀光劍影，顯得陰森恐怖。被以“惑亂煽眾”定為逆案之首的金聖嘆等三十一名秀才俱是披枷戴鎖，立於囚車之上。刑場上，劊子手手執寒光閃閃的鬼頭刀，令人毛骨悚然，不寒而慄。

為達到殺雞儆猴的效果，閻紹慶命組