才彙集他在南方的言論對他起訴。曾被傳訊一次，章稱病抗傳不到，並以日本軍醫所出的診斷書為證，診斷書中註明章為神經衰弱症。

袁仍打算給章一個安插，準備命章負責考文苑，章開出條件要聘請海內外名宿擔任教授，所以要開辦費20餘萬，於是又談不成，因袁不願給章這麼多錢。共和黨人勸章仿照過去東京留學生會館時辦法，開會講學，章欣然接受，開了一個國學會，會址設在化石橋國民黨本部。到會聽講人甚眾，每會都滿座，講學而外，專以罵康有為和陳煥章等為事，如有月餘，章又大不耐煩，岌岌求去。

2年11月，章給負責監視他的陸建章一封信：

“朗齋足下：入都三月，勞君護視。餘本光復前驅，中華民國由我創造，不忍其覆亡，故入都相視耳！邇來觀察所及，天之所壞，不可支也。餘亦倦於從事，又迫歲寒，閒居讀書，宜就溫暖，數日內當往青島，與都人士斷絕往來，望傳語衛兵，勞苦相謝。”

陸建章置之不理，章無奈又給袁一信：

“大總統執事：幽居京都，憲兵相守者三月矣！欲出居奇島，以及初服，而養痾疾，抵書警備副司令陸君，以此喻意，七日以來終無報命，如何隱忍，以匯出疆，雖在異國，不敢謀燕。”

袁也同樣予以不理。黎元洪入京後，他又給黎一信，表明要冒死而行，黎接信後，怕章鬧得太厲害，袁下毒手，乃夜叩袁的臥室求見，值袁已入睡，不獲接見。第二天袁、黎見面，談到此事，黎意請袁仍予位置，使其安心在京，袁說：“考文苑現在不擬辦，如果僅拿這個名義是沒有問題的，每月可給月薪500元。”黎以此復章，章表示必須辦考文苑，否則就要離京。

3年1月3日章決定起程赴津，先約共和黨本部幹事張伯烈、張大昕、吳宗慈送行，張、吳等不好勸阻，乃為章餞行，飯酒掄拳，故意捱磨時間，盡歡而散，再去車站，車已開行。其實如果車未開，章也上不了車，因憲兵已奉了袁的命令，阻章登車也。章趕不上車，大為生氣，乃由車站徑赴東單牌樓之華東飯店下榻，以示決心。四天後——1月7日上午11時，章突然僱了馬車至總統府招待室，持名片找大總統。招待員一看來人，服裝怪異，行動傲慢，再看名片，赫然為“章炳麟”，於是推說總統正在會客，都是事先排定，所以不能接見。章問：總統在會何人？答正接見熊總理。章說：我等好了。等了一大半天，再問總統會何人？答：接見向瑞琨。章勃然大怒，拍著桌子說：“向瑞琨是一個小孩子尚可以接見，何以不會我？於是指名說：我要見張一廏（袁的秘書）。因章前此在京一切多由張一廏接洽。接待員說：張秘書已赴政治會議。章說：“那麼隨便找一位秘書來見我好了。接待員往告秘書們，一個也不願出來見章，最後由值日官出見。這時，章已氣呼呼的，大跳大鬧，值日官一見章，勸他走他不走，請他坐他不坐，只好報告袁。袁乃命派衛兵備一馬車，將章強拉上車，送至總統府附近的教練處“招待”。

據說章炳麟在教練處住了幾天，就被送到龍泉寺“讀書”。外間盛傳章下落不明。

3年6月，章的夫人湯女士致電給袁，原電如下：

“頃接外子電稱：匯款適足償債，我仍忍飢，六日二粥而已，君來好收吾骨。……病中譯閱，慟絕。外子生性孤傲，久蒙總統海涵，留京全屬保全盛意。惟舊僕被擯，通訊又難，深居龍泉，殊乏生趣。伏乞曲賜慰諭，量予自由，俾勉加餐，幸保生命。黎結縭一年，信誓百歲，銜環結草，圖報有日。……”

這時，有一位黃節想看章，託李經羲疏通袁，要求准許其往訪，李經羲和章無一面之緣，但為義所動，乃函懇袁請準黃赴龍泉寺收拾章的稿件。黃到了龍泉寺，見到章一切均好，和章大談本國史，足足談了三個鐘頭，越談越有勁。

袁也不知該如何處置章，最後想把章遞解回籍，發交地方官看管，可是又怕他回家鄉後亂跑亂罵。到了徐世昌做國務卿時，湯國黎又有陳情表給徐世昌：

“外子好談得失，罔知忌諱，語或輕發，心實無他。自古文人積習，好與勢逆，處境愈困，發言愈狂，屈子憂憤，乃作離騷，賈生痛哭，卒以夭折，是可哀也。外子若不幸而遽殞，生命誠若鴻毛，特恐道路傳聞，人人短氣，轉為大總統盛德之累耳！氏欲晉京侍疾，顧氏母年七十，夙嬰癱瘓之疾，動止需人，若棄母北上，何以為子？不行則外子屢病瀕殆，殊難為懷，棄母則不孝，遠夫則不義，氏之進退，實為狼狽。用敢迫切陳詞，惟相國哀而憫之，乞賜外子早日回籍，俾得伏處田間，