便怎麼辦！”

民國4年5月，正當日本提出廿一條的時候，陸軍部上了一道請求增加職員薪金的呈文，袁親筆批瞭如下的：“稍有人心，當不出此！”八個大字。由於段不到部辦公，自然對陸軍部公事也不看，有次袁問段某件公事，段說不知道，袁馬上正顏厲色地質問段：“怎麼，剛剛我才看到陸軍部送來的公文，你是總長卻不知道？”廿一條簽署後，袁克定公開向人表示：所以要向日屈服，只是因為中國不能抗日；為何不能抗日？因為陸軍不能作戰，陸軍部務無人負責，因此袁政府不能孤注一擲，冒險去抗日。在這種情況下，段終不得不向袁呈請辭職，並且不俟批准赴西山養痾。袁有意拉擾蔡鍔，準備讓入京不久的蔡鍔接任陸軍總長；後來還是決定仍給北洋的嫡系，於是陸軍總長一職便落在王士珍身上。

段祺瑞的請辭，當然是被迫的，但是他亦一直在病中，所以他請辭後即赴西山養痾，而袁則一再挽留　，只准段請假，一再給予延期，同時派王士珍代理，王因為不肯賣友，所以一再表示不肯就任陸軍總長。

民國4年5月31日袁才派王士珍署理陸軍總長，並發表明令給段祺瑞，給假兩月，頒人參四兩，醫藥費5000元。原令如下：

“前據陸軍總長段祺瑞呈稱：自去冬患病，飲食頓減，夜不成寐，迄至今春，遂致咯血，多方診治，時輕時重。醫言血虧氣鬱，脾弱肺熱，亟當靜養，服藥方能有效，迄今四月有餘，方值國家多故，未敢言病。現大局稍就平定，擬請開去差缺，俾得安心調理，冀獲速痊等情。當傳諭少給假期調養。茲據續請開去各項差缺，俾得安心調養，庶獲就痊等語。查自辛亥改革以來，該總長勳勞卓著，艱險備嘗。民國初建，憂患迭乘，數年經營，多資臂助，因而積勤致血衰氣弱，形容羸削，迭於會議之時面諭該總長酌於一星期抽兩三日赴西山等處清靜地方調養休息，以期氣體復強，而該總長以國事為重，仍不肯稍就暇逸，盡瘁國事，殊堪嘉敬。茲據呈請開缺，情詞肫摯，本大總統為國家愛惜人才，未便聽其過勞，致增病勢，特著給假兩個月，並頒給人參四兩，醫藥費五千元，以資攝衛。該總長務以時局多艱為念，善自珍重，並慎延名醫，詳察病源，多方施治，切望早日就痊，立即銷假。其在假期內如有軍務重要事件，仍著隨時入內會議，以抒嘉謨而裨國計。此令！”

段正式解除陸軍總長職務是這年的8月29日，與這命令同時公佈的，是由王士珍接受段的陸軍總長遺缺。段離職後，袁又指使肅政廳彈劾徐樹錚訂購外軍火浮報40萬元，並於6月26日免去他陸軍次長職　，以田中玉繼任。袁段之間由於段的病假，袁的明令給假種種而惹起滿天風雨，爭傳袁段正式決裂，因為所有跡象都顯現兩人之間有問題，袁越做作，越啟人疑竇。8月3日段發表通電闢謠：

“廿年前大總統在小站練兵時，祺瑞以一武備學生充下級武秩，與大總統素無關係，乃承採及虛聲，立委為炮隊統帶，升任統制，不數年由千總微秩，擢道員、總兵、副都統各職。及大總統東山再起，祺瑞復見任湖廣總督、陸軍總長各職，以大總統知祺瑞之深，信祺瑞之堅，遇祺瑞之厚，殆無可加。是以感恩知己，數十年如一目，分雖部下，情逾骨肉。近數年來，祺瑞因吐血失眠，籲懇息肩，乃包藏禍心之某國報紙，以挑撥離間之詭計，直欲誣祺瑞為忘恩負義之徒，甚至偽造被人行刺之謠，更屬毫無影響，不得不略表心跡以息訛言。”

中國官場向是謠言越闢越真，段所謂行刺及某國報紙，原來是這樣的：陸軍部曾發生茶役偷置炸彈案，日本報紙指為是袁欲謀殺段的政治陰謀。

北洋軍人都認定袁、段分家的導火線是袁克定編練“模範團”觸發的。自袁小站練兵起，他即積極抓緊軍隊，不過自他當總統後，已沒有更多時間全神貫注于軍隊，北洋軍人多是段的學生和部屬　，下級軍官幾乎全是段所培植，因此，段在北洋系中的勢力便漸漸抬頭。加以馮國璋調往南京後，中央全國軍事完全由段統率，在北洋系中馮段可說是勢均力敵，現在段卻超過了馮，馮心中自然很不高興。因此袁克定主張把兵權拿在自己手中，同時另創一支生力軍，馮是從旁極力推動的。

在大元帥統率辦事處未成立時，袁克定便經常和德國的丁克滿少校，法國的白禮蘇中校討論軍事學和訓練新軍的問題。為了成立一支更新的新軍（20年前袁世凱在小站練兵時，即是為了建立新軍；新軍經過20年，已變成了舊軍了），袁克定向袁建議，在統率辦事處下面成立一個模範軍，由大元帥兼模範軍軍長，這個計劃和