清朝政府中老的一代死的死，被淘汰的淘汰了，眾望所歸的唯一人物是袁世凱，他取代了李鴻章的地位，從而為未來的北洋軍閥一系奠定基礎。

袁世凱在義和團之變時，不僅成為有名望的督撫，堪與劉坤一、張之洞等齊名。且由於他在北方，各省督撫向北京的奏報都是由他轉遞，加上義和團肇始山東，自袁接任山東巡撫後，山東省境內太平，因此無論中外人士對袁都刮目相看了。

北京陷後，兩宮出奔，在蒙塵途中曾電諭李鴻章，命他火速前往北京與洋人議和。袁亦密電李鴻章說：“海關總稅務司赫德稱，各國並無他意，深盼李相能說慶親王共商議和事。”

如此一來，袁對國家大事，也取得了發言權了。

慈禧和光緒在赴西安途中，追隨左右的全是守舊派大臣，由於這些頑固派的包圍，所以談和時，洋人也心存疑慮，因此袁和李鴻章便密商促成榮祿能儘速前往行在，俾慈禧左右能有一進言之大臣。榮祿在北京失陷時，對於守舊派壟斷朝政，深感灰心，經李、袁的敦促，乃趨赴西安。而慈嬉對榮祿仍極信任，不久榮祿便成為極重要的軍機大臣。自榮祿重被慈禧所寵信，袁的發言權便大為提高。在這期間，他和劉坤一、張之洞、盛宣懷等聯成一氣，而李鴻章在北京，榮祿在西京，因此他的意見可以四通八達，他的地位便日益重要了。

當和議達成，八國聯軍即將撤兵時，京畿重地必須有清兵駐守，以維治安，李鴻章急電請袁派薑桂題率兵先赴河南，以備接替。當時薑桂題正在保護青濰鐵道工程，袁於是即撥防營前往遞補，並飭薑桂題立即出發，待命前往接替八國聯軍。

光緒廿七年（1901年）四月廿九日袁世凱的親生母親劉氏病逝。原來劉氏和袁的嗣母牛氏都是住在河南項城原籍，牛氏去世後，袁乃迎養親生母到住所，隨袁宦遊各地，主持家務。袁丁喪後遂電辭山東巡撫，可是他這時候是各方所矚目的大臣，山東全身司道百官和地方紳士，都紛電西安行在和李鴻章處，請旨奪情。五月一日上諭給袁喪假一百天，袁有哀懇電雲：“五月初一日恭奉諭旨，以世凱丁本生母憂，賞假百日，即在撫署穿孝，假滿後改為署理，照常任事。捧讀之餘，感紉泣血，伏念時勢阽危，至今已極。聯軍尚未盡撤，伏莽益復橫行，臣母病中，時勖臣以損頂摩踵仰酬知遇，並以病軀支離，未得親見迴鑾盛典為詞。迨至彌留之際，口不能言，猶復舉手西指，淚滿衣襟，是臣上報君恩，似未可一意固辭，下承母訓，尤不願再三虛讓。惟是窀穸未安，方寸已亂，設身膺墨，而手惓簿書，非但為千古之罪人，亦恐負一時之清議。傍徨午夜，屢絕粥饘，懇準百日內開缺離署，扶櫬返里，俟葬親事畢，遄返東省，當專任營務，稍盡翊衛巡防之任。倘冬春之交，時局大定，再懇許臣回籍終制，此則烏哺私情，以必得所求而後已也。”五月十一日慈禧溫旨慰留，同時派員代表太后賜祭。

袁的生母劉氏和嗣母牛氏本是妯娌，她們都是舊社會婦女，受的全是舊禮教薰陶，兩妯娌對於這個能幹兒子都很寵愛。袁在山東巡撫任內雖為時只有一兩年，但他已成全國矚目人物，項城袁家的人很多都濟南，而袁也大力整修項城的舊居。劉太夫人一直隨袁在濟南，劉氏物故後，袁一再懇辭山東巡撫以守制三年，這不過是舊中國的禮教習慣，其實袁這時不止是辭卸不得，而且好運還才開始呢！

袁在山東巡撫任內有一件新政，就是在省城濟南設定大學堂。不過這所謂的大學堂，是小學、中學、大學的一貫制，共分四級，第一級稱“蒙養學堂”，挑選幼童自七歲起至14歲止，為時八年，講習經史，並授以簡易天文、地輿、算術。畢業後升入第二級稱“備齋”，講求淺近政治、藝學，兩年畢業。畢業後升入第三級“正齋”，研讀四年，分科為中國經學、中外史學、中外政治學、方言學、商學、工學、礦學、農學、測繪學、醫學共十門。畢業後升入“專齋”，以兩年至四年為期。專齋課程俟正齋畢業後再訂。每年經費預算6萬兩，聘美國人赫士為總教習。這就是最早的山東大學堂，後來雖然未照這計劃進行，可是，袁總算是一個首創者。

中國士大夫階級都有濃厚的重農輕商觀念，袁則認識商業發達，可以富國裕民，所以他在山東農商並重，因此首創商務總局，以道員唐紹儀總司局務。又設籌款總局，整飭土藥、菸酒各項雜稅厘捐。並且派遣道員馬廷亮往日本蒐集日本銀行鑄造銀圓的辦法和章程，以及印刷鈔票的辦法等等。

事實上，這個時候的袁世凱，所有措施都算得上是新政，正因為他是新政，和守舊的頑固