十二年（1543年），一艘開往寧波的葡萄牙商船遭遇風暴，漂流到日本九州的種子島——這是日本人第一次見到所謂“南蠻人”，也是鐵砲傳入日本的開端。

“發現”日本以後，葡萄牙等國的商船陸續航來九州，急於增加收入、擴軍備戰的九州大名們大都歡迎對南蠻貿易，逐漸形成了平戶、長崎和府內三大南蠻貿易中心。而隨著商貿往來的頻繁，天主教也終於在天文十八年（1549年）傳入了日本。

最早來到日本的傳教士是西班牙的耶穌會士方濟各？沙勿略，他先在薩摩的鹿兒島上岸，然後主要在九州北部的豐後府內和中國地區的山口傳教，據說也去過堺和京都。從此以後，大批天主教傳教士湧入日本，傳播他們的教義。這些傳教士乃是殖民勢力的探路先鋒，不過他們本身不能和殖民者等同起來，絕大多數傳教士的本意只是“把日本人的靈魂從惡魔手中拯救出來”——已對亂世厭倦了的許多日本人，很容易就接受了這個鼓吹上帝面前人人平等的外來宗教。

甚至很多封建大名也受洗成為天主教徒（當然，他們中很多人只是垂涎南蠻貿易的利潤而已），因為葡萄牙語基督教徒一詞，日本翻譯為漢字“切支丹”（也寫作“吉利支丹”），所以他們也被稱為“切支丹大名”。當時九州地區的切支丹大名是很多的，其中最著名的就是大友宗麟、大村純忠和有馬晴信。宗麟的洗禮名為弗朗西斯�