一乘谷洶湧殺來的朝倉援軍。在西近江豪族朽木信濃守元綱的協助下，織田大軍沿琵琶湖西岸，經朽木谷城折往西南，終於在三十日順利迴歸京都——這就是歷史上著名的“金崎退兵”。

五月十九日，織田信長僅率從者十人離開京都，翻山越嶺迴歸本城岐阜，途中遭遇刺客，幾乎喪命。此時近江的局勢一片混亂，朝倉、淺井聯軍分道南下，流亡伊賀的六角義賢、義治父子也煽動江南諸郡爆發國人一揆。京都東面急報頻傳，而西面的三好氏也大有混水摸魚，捲土重來之勢。

當年六月，織田信長整備濃尾勢三國大軍，動員了一萬五千人馬，並要求德川家康親統五千三河兵趕來會合，浩浩蕩蕩重新殺入南部近江，以救援本方困守的幾座孤城。叛亂陸續被平定，六月二十一日，信長到達淺井氏本城小谷南方不遠的虎御前山，他命令士兵放火焚燒附近村莊田地，意圖誘出淺井軍主力與自己決戰。淺井長政固守不出，同時派快馬前往一乘谷，要求朝倉氏出兵增援。

織田信長不敢遽攻堅城小谷，於是轉道南下，攻擊要隘橫山城。橫山位於小谷與淺井氏重鎮佐和山城之間，只要攻克橫山，就如同往敵人的心臟部位插入一柄尖刀，淺井勢即便不因此元氣大傷，也無法再輕易南下騷擾京都附近地區了。六月二十三日，織田軍團團包圍了橫山城，次日，越前八千援軍終於趕到了小谷城北方，著名的姊川合戰就此拉開序幕。

秭川發源於伊吹山地，迤邐向西，流過橫山城的北面，最後注入琵琶湖。六月二十七日晨，淺井、朝倉聯軍偽作撤退之勢，隨即半途殺回，於次日凌晨突然向駐紮在龍之鼻地方的織田本陣展開猛烈進攻。織田、德川對淺井、朝倉，雙方在秭川岸邊爆發激戰。織、德聯軍一開始處於劣勢，但織田信長陸續將包圍橫山城的部隊拉到前線，投入戰鬥，終於扭轉了戰局。

當時朝倉八千大軍所面對的德川勢，投入戰鬥的僅有三千人而已，但三河兵素以能耐苦戰聞名，在大將酒井忠次的指揮下，連續數個小時阻遏敵軍，使其不能前進。上午十時以後，淺井、織田兩軍也開始正面交鋒，淺井方大將遠藤直經一馬當先，率八百騎直插信長本陣，猛將、佐和山城主磯野丹後守員昌隨即跟進，織田軍幾乎瀕臨崩潰的邊緣。

然而織田信長在危急關頭保持著清醒的頭腦，他讓剛剛趕到戰場的丹羽長秀等部不必前來加固本陣的防守，反而轉向陣列最西面，攻擊朝倉軍側翼，援護德川家康。於是得到生力增援的德川軍開始反擊，大將榊原康政突破朝倉軍側翼，殺死朝倉氏猛將真柄直隆父子，終於將敵軍趕回姊川北岸。

朝倉軍潰敗後，淺井方不敢再孤軍深入，也被迫緩緩後撤，在淺井長政幾近完美的指揮下，很快就擺脫了追兵，安全撤到秭川以北。此戰雙方損失，一說淺井、朝倉方為五千人，織田、德川方為三千人，一說比例類似，但總數不超過三千。

雖然淺井、朝倉聯軍首先敗退，但織田、德川聯軍也無隙可乘，無法追擊以擴大戰果，因此從戰役層面來說，姊川合戰可謂勝負難決。但從戰略角度來考慮，朝倉、淺井聯軍主力戰後向北退去，暫時不敢再來，織田信長遂得以調動全部兵力攻打橫山城，並最終迫使其開城投降。

織田信長派羽柴秀吉守備橫山城，然後南下攻擊琵琶湖東岸的堅固要塞——佐和山城，守備此城的，正是在姊川合戰中曾給織田軍以沉重打擊的猛將磯野員昌。信長知道要攻克此城，絕非一朝一夕之功，於是命丹羽長秀在城東、市橋長利在城北、水野信元在城南、河尻秀隆在城西，構築鹿砦，重重包圍，做好長期戰鬥的準備，他自己則於七月四日進入京都，並於四日後離京迴歸岐阜城。

●燒討比叡山

元龜元年（1570年）八月二十日，織田信長再度從美濃髮兵，進攻攝津國的野田、福島等城砦，這些城砦都是“三好三人眾”與齋藤龍興在得到本願寺、淺井、朝倉等勢力的暗中支援下修築的。

在攻擊這些城砦的同時，為了威懾本願寺，使其放棄對三好黨的增援，織田信長致信本願寺法主顯如（光佐），要他交納貢錢，作為織田軍的軍費。其實信長並不在乎這一點點軍費，他要的是顯如立刻表態：“支援我，還是與我為敵。”然而顯如上人早有與織田勢一戰的覺悟，他和朝倉氏本有姻親關係，又以中國地區的毛利氏為後援，自以為石山堅城，根本就無人可以撼動，於是毫無轉寰餘地地拒絕了信長的要求。

九月十三日深夜，織田軍首先動手，運用大鐵砲（大口徑火槍）轟擊石山本願寺，顯如上人