派根來、雜賀、湯穿等紀伊國擅長使用鐵砲的家族，以三千支鐵砲與織田軍對射，一時間硝煙瀰漫，震動天地——長達十一年的石山戰爭就此拉開序幕。

為了救援三好黨和本願寺，淺井、朝倉聯軍於九月十六日大舉南下，殺入坂本口，守備宇佐山城的織田方大將森可成戰死。織田信長聞報大驚，匆忙放棄對野田、福島兩城的包圍，並且脫離與本願寺兵馬的接觸，以柴田勝家、和田惟政殿後，自己退回京都。二十四日，織田軍從京都出發，迎戰淺井、朝倉聯軍，聯軍在比叡山內的蜂峰、青山、局笠山等地佈防，嚴陣以待。

比叡山延歷寺是日本佛教天台宗的總本山，由最澄大師於九世紀初建立，歷史悠久，它的軍事力量雖然不可和本願寺同日而語，宗教神聖地位卻只有更高。知曉淺井、朝倉聯軍在比叡山佈陣的織田信長開出條件，只要延歷寺肯加入本方，就交還前此被近江大名侵奪的山門領（寺廟地產），同時威脅說，若不服從，“包括根本中堂在內的三王二十一社等所有廟宇，我都會一把火將其燒為灰燼”。然而延歷寺輕視信長的行動力，斷然拒絕了這一要求。

織田信長眼看威懾無效，自己此刻四面皆敵，一個搞不好就要全域性糜爛，於是又把足利義昭這尊“泥菩薩”扛了出來，要他下令各方勢力退兵和解。義昭雖然滿心不願，但自己身處信長的掌握中，暫時還不敢明著和對方硬碰。於是十一月二十八日，在足利義昭和公卿二條晴良的調解下，雙方開始和平談判，最終決定停戰退兵，江北三分之二歸屬織田家，三分之一歸屬淺井家，延歷寺仍保有舊領。

這一協議使淺井氏喪失了南方大片領地，隨時可能被近在咫尺的織田軍侵襲騷擾，損害是相當巨大的，但被織田軍切斷了後路、急於奪路回國的朝倉軍基於本身利益考慮，迫使淺井長政退讓妥協。此後淺井氏即陷入了疲於奔命的窘困境地，最終滅亡的預兆，其實在此刻就已經註定了。

次年也即元龜二年（1571年），二月間，佐和山城終於開城降伏。淺井長政匆忙出兵進攻橫山城，卻被羽柴秀吉擊退。當年八月，在朽木元綱的協助下，織田軍攻陷了江南一揆的重要據點志村城，保證了進出比叡山附近的通路。

此時比叡山延歷寺已成甕中之鱉，於是織田信長親率大軍來到山下，要完成他去年許下的諾言，把這座宗教聖山夷為平地。家臣佐久間信盛、武井夕庵等對此表示異議，遭到信長的痛罵。他下令封鎖一切下山通路，然後縱起大火，開始了殘酷的圍殲戰。根本中堂以下山王二十一社全被焚燬，包括僧侶、信徒在內約三四千人，不分男女老幼，均慘遭屠殺。

因為這一暴行實在令人髮指，從此織田信長就被稱為“第六天魔王”（指佛教神話中欲界第六天的魔王，名為他化自在天）、“佛敵”，加上他前此為了獲得來自南蠻的武器、物資，與天主教教士頻繁接觸，遂被目為接受天主教義，要絕滅日本傳統的宗教——佛教。不過根據近年來的考古發掘所得，延歷寺的建築在元龜二年以前就大多譭棄，並且沒發現有多少火燒的痕跡，同時一部分文獻史學的研究者也提出了類似旁證，即焚燒比叡山延歷寺如此大事，在當時公卿們的日記中卻很少提及——此事的真偽是非，恐怕會是永遠的歷史之謎了。

戰國城砦群

戰國時代所謂的“城”，其實並不是真正意義上的城市，而是城堡，反而散佈在城堡外圍的基本無防護的商業區，即所謂城下町，才真正具備了城市的雛形。當然，當時的日本並非沒有真正意義上的城市，諸如堺、平戶等自治都市，以及京都，均可算是城市。

戰國時代，諸侯林立，紛紛構建城堡來保護自己的財產，此外還在軍事要衝或城堡周邊修建砦，砦也就是寨，是小型的城堡。一般情況下，城或砦都由竹木製成圍牆，外掘淺壕，內建樓櫓和士兵居住的長屋，此外還大多蓋有一片核心建築，是城主、城代，或者砦守將的居處和指揮所。

隨著戰爭次數的頻繁、戰爭規模的擴大，以及軍事技術的發展，城堡的規模也日益擴大。到了戰國中後期，產生出許多號稱“難攻不落”的巨型城堡，比如相模的小田原城、安藝的吉田郡山城，以及織田信長建構的安土城、豐臣秀吉建構的大坂城，等等。城堡分山城和平城兩種，山城依山而建，取其地勢險要、易守難攻，而平城則往往建在大平原上，取其交通發達、商賈輻湊。

戰國中後期的著名城堡大多以土壘牆，偶有用到石材的，結構更為複雜，防護力更強。這些城堡並非僅止外圍一道圍牆而已，往往城堡內部也層層隔斷，