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織田信忠派使者前往招降仁科盛信，反被砍了腦袋，只得揮師強攻。雙方惡戰到三月二日，織田軍終於攻入高遠城本丸，最後把仁科盛信及其麾下十八將包圍在居館內。當時織田信忠身穿金襴陣羽織（武將披在鎧甲外的短外套），倚著一株梧桐樹指揮戰鬥，正當此時，忽有一名三十多歲的女人，穿著紅色鎧甲，手提薙刀衝殺出來，且戰且呼：“我乃諏訪（指武田方將領諏訪勝右衛門）之妻，誰來與我一戰！”竟然連殺七八人，直衝到信忠身邊，終因身陷重圍，以薙刀自刺己喉而死。

戰況空前慘烈，最後織田方將領森長可親自攀上屋頂，掀起頂板，命令鐵砲朝內發射。仁科盛信自度終不得免，於是切腹，灑出腸子而死，時年僅二十六歲。據說後來盛信投腸之處，血痕久久不能滅盡；而織田信忠所倚的桐樹，猶有刀痕縱橫其上。

織田信忠殺入信濃的同時，德川家康也率兵進入駿河。面對德川氏的大軍，繼妹夫木曾信昌降敵以後，武田勝賴的姐夫穴山梅雪齋信君也在江尻城叛變。此外歸降的大將還有朝比奈駿河守信置、依田源十郎信蕃等許多人。

眾叛親離之下，武田勝賴逃回新府，連夜召開緊急軍事會議。新府肇建，設施不全，當然無法憑以據守，重臣真田昌幸（真田幸隆之子）主張退至上野吾妻郡巖櫃城，老臣小山田信茂則主張守備天險巖殿山城，勝賴採納了後者的建議。

小山田信茂先回巖殿山城準備，武田勝賴放棄新府，經韮崎、甲府，過笹子峠前往巖殿山。他前腳才離開，織田軍隨後就殺到了，放火將新府燒為一片白地，然後一路緊追。三月九日，在笹子峠麓，小山田信茂突然起了反心，奪回人質，並命令士兵用鐵砲攻擊勝賴所部。勝賴只得逃往日川溪谷，部下五百餘人紛紛奔散。三月十一日，在織田方將領瀧川一益的窮追猛打下，勝賴帶著妻子兒女一起在天目山自殺，留下辭世句：“朦朧之月被雲遮蔽。雲逐漸散開，終於月落西山。”其妻小田原氏的辭世句則是：“在晚春中漸次凋零，憂恨駐足於樹梢花端。”

就這樣，曾經縱橫一方，威震天下的名門武田氏，在短短一個月內就滅亡了，最終連西上野的真田昌幸和小幡信貞（於長筱戰死的小幡信重之子）也倒戈投向織田氏。四月二日，織田信長親自來到甲府，論功行賞，將甲斐封於河尻秀隆，信濃的高井、水內、更科、植科四郡封給森長可，上野和信濃佐久、小縣兩郡封給瀧川一益……他還把駿河一國賜予德川家康。

然而織田信忠卻對小山田信茂的背主逆行大感厭惡，命堀尾茂助吉晴將其斬首。織田軍還放火燒燬了供養武田勝賴遺體和窩藏六角氏殘黨的惠林寺，寺中長老快川紹喜自投火中寂滅，留下遺言：“滅卻心頭火自涼。”——這是禪宗經典《碧巖錄》的偈子，此時用來確是應景。

●本能寺之變

織田信長滅亡武田氏，迴歸安土城以後，一方面讓瀧川一益繼任關東管領，要他準備展開對後北條氏的進攻，一方面以三男信孝為主將、丹羽長秀為副將，準備渡海進攻四國的長宗我部氏，同時，他還命令柴田勝家繼續經營北陸、羽柴秀吉繼續攻略中國地區。天下即將底定，其後的戰鬥，似乎用不著信長親自出馬了。

然而到了當年五月，羽柴秀吉攻入備中國，包圍了毛利方名將清水宗治守備的高松城，毛利氏當主毛利輝元親率五萬大軍前來增援，雙方隔城對峙。於是羽柴秀吉寫信給織田信長，認為這是消滅毛利軍主力的大好機會，如能得到“御勢御合力”，則“將西國於當年中悉歸於幕下之事，如在掌中”。

於是織田信長命令明智光秀、細川忠興、池田恆興、中川清秀、高山重友等將整備兵馬，火速趕往中國地區，增援羽柴秀吉。而信長本人則先要上洛覲見天皇，回應朝廷想要任命他為太政大臣或者關白的意願，然後再集合部隊作為後援。五月二十九日，信長隨同小姓（年輕侍衛）百餘人上洛，六月一日晚，暫居四條坊門的本能寺，而其子織田信忠則先一步進京，住在相隔不遠的妙覺寺中。

次日是六月二日，天還沒亮，織田信長就聽到寺外傳來喧譁之聲，他最初還以為是侍衛們吵架，才爬起身來準備斥責，忽聽鐵砲發射之聲，陣陣鳴響，這才感覺不妙。這時候，信長最親信的侍衛森蘭丸入內稟報說：“有人謀叛，是桔梗旗印，象是惟任日向守的部隊！”

惟任日向守就是明智光秀，織田信長曾經上奏朝廷，賜與其九州名門惟任氏，並官拜正六位下日向守。原來明智光秀本在安土城負責接待上