暴風雨打碎的船隻上的全體船員運來了。菲茨·羅伊為了進行測量，從一個外貌很象海盜的“海豹捕獵者”船長洛烏那裡，買了一隻縱帆船。四月四日，這隻縱帆船就被派往裡奧內格羅，加入為了測量而留在那裡的一些小船之列。

一天後，“貝格爾”號也往那裡駛去。

不過，“貝格爾”號於十一月十三日到達那裡後，並沒有找到這些小船。“貝格爾”號從迎面來的一艦商船那裡打聽到這些小船繼續往南向聖約瑟灣駛去，它就也往那裡駛去，可是到達聖約瑟灣後，這些小船已經離去。最後艦長放棄了尋找這些小船的嘗試，又往北向里約普拉塔駛去。“貝格爾”號停泊在馬爾多納多。在那裡，達爾文離開船搬到市裡去住。

達爾文在這個僻靜的小城鎮住了兩個多月。他經常遊覽判帕斯草原，這是一些覆蓋著綠草地的草原，放牧著無數群牛羊。只有惡劣的多雨天氣和“貝格爾”號上的同事對他的拜訪，才使他所進行的博物學家的工作中斷。例如，有一次海軍練習生金克在拜訪他時告訴他一個訊息，說菲茨·羅伊未找到的那些小船到底被專門派來的一隻縱帆船在里奧內格羅找到了。儘管這些船有很多處被一月十三日的暴風雨擊破，並且裡面經常進水，但是這些船上的繁重的測量工作卻仍在繼續進行。所以哪位軍官和水兵如有一件幹襯衫或一床幹被褥，就被認為是足夠闊氣的了。

達爾文對馬爾多納多四郊的飛禽走獸和爬行綱瞭解的特別清楚。除了他本人帶來的外，還有該市的孩子們為他服務，而這些小孩子們為了掙得幾個小錢，幾乎每天都給他帶來一些有趣的生物。

他在這裡獵獲了幾隻鹿，並注意到了雄鹿身上發出的一種非常強烈而又持久不散的氣味。這些鹿與我們這裡一貫怕徒步而行的獵人而卻不注意騎馬的人或坐車走近的人的動物和鳥類不同，它們不讓騎馬的人靠近，但卻對步行的人產生好奇，原因是當地高楚居民就是這樣習慣於騎馬來回走動的。達爾文在這裡觀察了少量被嚇破了膽的長著大顎的最大齧齒動物水豚。不過引起他特別注意的卻是在土中亂拱的具有鼴鼠習性的小齧齒動物——吐科鼠，它在地下通道的某處經常斷斷續續地發出哼哼聲，並以他們發出之聲而得名。許多吐科鼠眼全瞎了，大概這是由於瞬膜發炎的結果而引起的。吐科鼠的眼睛比我們南方地下的鼢鼠大，鼢鼠和鼴鼠一樣，但又象吐科鼠一樣以食植物根部為主，比棲身在洞中的兩棲動物盲螈的眼睛大：這兩種動物的眼睛幾乎都是處在發育不全的狀態，並且被一層面板從外面蓋住。看來，吐科鼠雖然眼瞎，但這在它本身的生活方式中，並沒造成任何不便之處。

應該認為，這種動物當時已使達爾文想起拉馬克的思想：器官不使用就要導致衰退和毀滅。後來達爾文在《日記》中描述吐科鼠時說：“如果拉馬克在想出鼢鼠和盲螈兩種動物如何逐漸取得瞎眼的特性的設想時知道了這一事實，那麼拉馬克就會對這一事實非常讚賞……。拉馬克恐怕就會說道，吐科鼠現在正在轉入鼢鼠和盲螈所處的那種狀態”。

達爾文也注意到與椋鳥相似之處的牛背黃鳥，這種鳥和杜鵑一樣，把蛋下到別的鳥巢裡，喜歡停歇在馬和牛背上。他在《考察日記》中指出，在北美洲有另一種牛背鳥屬，它的顏色略有不同而且體形也較小。因此，這裡最有趣的是在同一洲的不同地方卻發現了同一屬的兩種相似的鳥。達爾文還指出，牛（背黃）鳥屬按其身體構造來說遠不同於真正的杜鵑，但卻練出了最強的適應力。達爾文確認，美洲鴕鳥屬的雌鴕鳥自己不孵卵，而是經常把蛋下到同類的其它雌鴕鳥的巢裡，而由雄鴕鳥來孵卵，所以，有時雄鴕鳥就不得不孵由各個雌鴕鳥下在一個巢裡的卵。

達爾文也注意到大批的美洲白兀鷲，這種鳥在南美洲是很普遍的，它們在美洲所起的作用相當於我們的烏鴉、大烏鴉和喜鵲。白兀鷲（正如達爾文後來才得知的那樣，它是犧居在巴塔哥尼亞沙漠的）在拉普拉塔熱帶乾草原裡多得不可勝數，被人們稱之為巴西卡拉鷹，因為巴西卡拉鷹經常和齊孟哥鷹、以及同分布很廣的、體形不大然而膽大又惹人討厭的巴西白兀鷲在一起，成群地聚集在屠宰場和村鎮附近。相反，大兀鷹本來分佈在馬爾多納多以北，看來在拉普拉塔附近出現為時並不太久。美洲兀鷹則分佈在合恩角至北美洲一帶。在這裡，這一類到處都可看到而在歐洲卻根本見不到的各種大量的鳥，當時就已使達爾文注意到，某些巴西白兀鷲在往南移時就逐漸消失，而代之以其它種類的鳥。而分佈在大陸上的那些鳥中的巴西卡拉鷹，以及齊孟哥鷹，在福克蘭群島上卻都看