賴爾在這裡批駁的只是生物界成群創造論，不承認災變說，但卻保留了物種神秘的創造觀點，認為上帝不是一下子，而是用某種不知不覺的方法，一個一個地創造出新的物種，來代替已死絕的物種。賴爾明顯地主張物種不變性，並援引了當時寥寥無幾的古生物學資料來加以證明。他後來在自己的一封信中寫道：“埃特納火山的外殼至少有十萬年了，經過這麼多世代也完全沒有改變其形狀。按拉馬克的定理究竟需要多長時間才能使猩猩變成人呢？”

所以，我們既不贊同扎德的觀點，也不贊同赫胥黎關於賴爾承認物種起源的“自然”方式的觀點。即使他有時也堅決主張過這一點，那也只是在口頭上說說而已；他在精心研究了全部問題和作出某些結論的第二卷中，首先明確地表示反對進化論，反對近期物種起源於早期物種；其次，他運用了已明確表明賴爾認為物種是由創造者為了一定的目的而創造出來的某些術語和說法，表達了自己對物種出現的概念。

《地質學原理》這卷書對於達爾文及其思想的發展是否起了作用呢？當然起了作用。至於達爾文，大概是在旅行的第一年年末或第二年年初，閱讀了這卷書，這一點是無庸置疑的。至於談到他很精心地閱讀了該書一事，若是知道他當時對賴爾有著幾乎是敬佩之至的心情的話，那麼也就不必再有所懷疑了。可是他閱讀了這卷書給他帶來了什麼效果呢？顯然，這卷書向他廣泛展示出物種起源的理論問題。物種變異性的界限，相近物種彼此之間的關係，物種和變種之間差別的實質，現代物種的形態與已絕種的物種形態之間的關係，家養形態和野生形態變化的大小，生存的鬥爭，變化的遺傳性——所有這些問題都已由賴爾提了出來。但不應認為達爾文對賴爾的所有論斷都信以為真。當達爾文蒐集各種各樣的物種時，就在確定各物種之間的界限上產生了實際困難，這種困難大概不止一次地迫使達爾文不能不對賴爾的基本論點的正確性發生懷疑，他發現，好象每一物種的變異都有一定的限度似的。而他在彭塔阿爾塔所進行的考察，已使他產生了可以用血緣關係把現代貧齒類與古生樹懶科聯絡起來的想法。從此，達爾文就把注意力和思考力都用在只有使他才能弄明白的物種起源問題，物種不變性或可變性的那些問題上。

二月二十六日，“貝格爾”號出海了，冒著大風向福克蘭群島駛去。菲茨·羅伊和達爾文來到路易港後，驚異地得知英國為了不讓從布宜諾斯艾利斯來的殖民者佔領這些島嶼，已經把它們佔領了。最近法國人、西班牙人和英國人，都在覬覦這些從前無人居住的島嶼，雖然，島嶼上的全體居民是由幾年前就居住在這裡的一名（！）英國人、二十名西班牙人，一名西班牙女人和兩名女黑人組成，然而英國的旗幟卻已飄揚在島嶼的上空。

一月十二日和十三日，“貝格爾”號曾遇過的颶風在這裡又刮起來了；停泊在這裡的一艘法國捕鯨船，在掙斷了三個錨後而遇難。法國人是乘著舢船逃生的，並搶救出了儲備食品。後來菲茨·羅伊艦長把這隻船上的三名軍官接收到“貝格爾”號上來，以便把他們送到大陸去。

在這個為長在泥炭土壤中的硬草所覆蓋的陰森森的島嶼上，達爾文作了長時期的散步，走遍了全島。島上根本沒有樹。大概他這時正在海岸上進行有趣的觀察，數一數巨大無毛海生蛞蝓屬和白色海牛屬所產的卵子；它們一次就產卵約六十萬粒。雖然產下這麼多的卵，但長大的海牛屬動物還是特別罕見。達爾文雖然專門尋找長大了的海牛屬動物，但只不過找到了七個要使如此稀有的長大了的海牛屬動物儲存下來，得死多少卵子或胚胎呢？也許，他這時正對那些海生苔蘚蟲類群體中的奇異的個體感興趣，因為海生苔蘚蟲類很象一個長著針狀小嘴的鳥頭（它們現在被叫作“鳥頭體”），從卵子中伸出頭來時張著很大的顎，搖搖晃晃；達爾文進行了觀察，並且用細針去觸動它們的小嘴，它們常常緊緊地咬住針尖不放，也就是說小嘴起著苔蘚蟲類群體保護或清洗的作用。

當“貝格爾”號停泊在福克蘭群島時，達爾文收集了為數不多的動物，射獵田鷸，尋找貝化石和進行地質勘測。暴風雨仍在繼續：一艘英國縱帆船被拋到岸上，而比“貝格爾”號晚到幾天的一艘法國考察船被迫下了四個錨，以免遭到同樣的命運。暴風雨把一隻用鎖鏈鎖在“貝格爾”號上的小船颳了下來，後來卻又順利地被拉到岸上，但還是損失了一些索具和船帆。

“海豹捕獵者”也到達了，它是一種適用於捕獵海豹、販賣奴隸和在海上進行動掠的船隻，並把在火地島海岸被一月十三日的大