國在敦巴頓橡樹園會議建議中企圖撈取的特權應該減少，以便使他們也受到法律的約束。

為了便於工作，會議分成十二個小組委員會，把敦巴頓橡樹園會議檔案的若干節分派給每一小組委員會去進行修改。小組委員會向四個委員會提出報告，這些委員會再向會議的全體大會提出報告。使總的會議協調一致的任務，在理論上，是交給一個指導委員會和一個較小的執行委員會，然而實際上最重要的工作是由四個發起國和法國（5月4日以後）的首席代表組成的一個非正式的集團去做的。這個集團對會議隨時發生的主要問題私下研討解決，然後向其他國家提出一個各大國共同的看法。其他政府的代表可以向這樣作出的決議提出抗議，但是大國總能拉到足夠的票數。以確保會議接受大國自己一致支援的任何措施。

這種做法實際上（雖然不是形式上）造成的結果是，事先由三大國一致同意（法國和中國簡直無關重要，雖然它們的代表也參加了這些內部協商），成了對敦巴頓橡樹園會議建議作任何改動的必要條件。在這些私下的會談中，英國和美國一般總是扮演中間人的角色，迫使蘇聯代表接受小國提出的、英美代表同意的那些論點。另一方面，俄國人知道他們在有爭論的問題上很少能得到小國的支援，於是利用英美不敢冒使他們退出這個新的國際組織的風險這一點，在受到挑戰時一般總採取不妥協的態度。俄國人從他們需要一個國際組織這一點出發，也想看到會議取得成功，但是，他們牢記國際聯盟的教訓，決心使這個新組織不可能有朝一日變成一個反蘇的同盟。安理會的否決權就是防止這種演變的主要手段。因此，俄國人不斷抵制小國想要縮小否決權的範圍的努力。關於否決權的確切定義的辯論成了會議上最大的一個問題。

舊金山會議於1945年4月25日開幕。同一天，俄國和美國的部隊在易北河會師。關於歐洲勝利的傳說，開始就四處流傳，會議的氣氛象過去盛大的和平會議的氣氛一樣。頭幾天進行了正式的發言和組織會議的工作。不久，障礙就出現了。4月26日，在第一次工作會議上，莫洛托夫反對讓斯退丁紐斯擔任會議主席。接著是三小時的爭淪，大家沒有作出任何決定便休會了。第二天，莫洛托夫接受了英國的一項折衷建議，大意是由每個發起國輪流擔任主席，但是這位俄國外長立刻又掀起了一場新的風暴，要求邀請波蘭臨時政府參加會議。這就輪到斯退丁紐斯來反對了。在第二次長時間的爭論以後，大家同意維持原來的決議，等波蘭臨時政府改組以後再邀請它參加。

莫洛托夫的策略使美國代表和其他國家的代表感到惱火，並使會議落後於原定的計劃。因此，4月30日關於接納阿根廷參加會議的問題提出時，斯退丁紐斯想趕快解決。美國人發現他們正處於一種尷尬的地位，因為羅斯福在雅爾塔曾明確地排除了阿根廷參加會議的資格，而在關於戰爭與和平問題的一次美洲國家會議上（墨西哥城，1945年2日21日…3月8日），斯退丁紐斯又曾同意支援接納阿根廷為聯合國組織的創始會員國。當接納阿根廷的建議提出時，莫洛托夫表示反對，斯退丁紐斯支援這項建議，於是進行了一整天的辯論。莫洛托夫透過一次特別記者招待會把他的立場公之於世，贏得了新聞界的很大同情，但是投票的形勢有利於斯退丁紐斯。為了使會議的工作不致進一步拖延下去，美國人催促對問題立即作出決定。只有三個國家投票贊成莫洛托夫，阿根廷被接納參加會議，同時被接納的有烏克蘭和白俄羅斯。

俄國和美國在這些預備性問題上的公開衝突，預示會議的進行不會十分順利。斯退丁紐斯採取了高壓戰術，利用拉丁美洲票數多的壓力強使會議接納阿根廷，這一做法受到了美國和其他國家中許多自由主義和左派團體的批評。結果是矛盾的，因為俄國人固然在阿根廷問題的表決中遭到慘敗，美國人也遭到了一種道義上的挫折。

在會議的其餘時候，多少由美國操縱的投票力量沒有再用於解決大國之間的爭端。問題只是在幕後決定，並在發起國之間達成某種協議後，才拿到會議上來要求採取正式行動。顯然，採取任何其他辦法就可能有搞得俄國退出會議的危險：象巴拿馬和海地這樣的國家的投票不會使蘇聯必須接受憲章中它所不喜歡的條款。因此，在阿根廷的事件過去以後，俄國實際上對會議的進行情況也享有一種否決權。當大國不能意見一致時，在找到一種俄國、美國和英國代表團都合意的辦法之前，會議就乾脆陷入僵局。

當會議對敦巴頓橡樹園建議的文字進行詳細修改時，代表們忙於對幾千個次要