45年3月以後，有一支英國海軍部隊在美國的統率下在太平洋作戰，因此由一個盟軍機構——聯合參謀長委員會，來對這時事實上是盟國的一支聯軍行使最高指揮權，看來這是合情合理的。其次，雖然蒙巴頓的東南亞司令部是在英國參謀長委員會的統率之下，但是他的參謀人員是兩國的，並且這時仍然是如此，雖然他手下已經幾乎沒有什麼美國部隊了。為了保持平衡和順利合作，要求由一個單一機構——聯合參謀長委員會，來指揮英美兩國對日戰爭的戰區，看來是合情合理的。

英國人急切地希望英美兩國在世界範圍內長期保持軍事上的夥伴關係。他們提議聯合參謀長委員會應成為一個永久性的機構，因為他們顯然看到，英美兩國軍事合作的好處不會因為戰勝日本而消失。同樣，英國參謀長們也極其希望說服其美國同僚不要停止對英國和法國駐德佔領軍的租借援助，儘管歐洲的戰事已經結束。

美國參謀長聯席會議對這些問題不是表示反對，就是遲疑不決。他們無意放鬆對太平洋戰事的獨家控制，且對此直言不諱。他們也遲遲不願同意聯合參謀長委員會的繼續存在。在波茨坦，美國人迴避這一問題，推說討論聯合參謀長委員會今後的去向為時尚早。不過他們確實同意讓委員會繼續活動到簽署和平條約為止。最後，美國參謀長聯席會議還拒絕建議為英國和其他國家佔領軍繼續提供租借物資，這對經濟上已筋疲力盡的英國說來卻是關係重大的。聯合參謀長委員會正是圍繞著租借政策在波茨坦會議上展開了最激烈的辯論。

結果照例是互相讓步。美國參謀長聯席會議保持對太平洋作戰的控制，不受任何束縛，他們的戰略計劃也被採納了。然而美國答應定期同英國參謀長委員會磋商，並在“原則上”接受英國提供四個師的兵力參加對日本主要島嶼本州的登陸進改。英國參謀長委員會同以前一樣仍然保持對東南亞司令部的控制，但是它的範圍擴大到原屬麥克阿瑟的西南太平洋戰區的一部分地方，包括東印度、馬來亞、暹羅和印度支那。菲律賓和阿德米勒爾提群島中馬努斯島上的重要海軍基地，則仍歸美國控制。澳大利亞成了不屬於這兩個戰區的大後方。蒙巴頓奉命於1945年8月15日前接管他的擴大了的戰區。他的下一步行動的總目標業已規定，但是詳細的作戰計劃還有待英國人作出，其他諸如調整在東南亞和西南太平洋的荷蘭、法國、澳大利亞和當地國家的各種軍事和政治目標這件微妙的事情也交由英國人處理。

值得注意的是，在這些軍事考慮中，幾乎完全沒有把中國作為一個積極的因素而估計在內。聯合參謀長委員會的報告確曾對中國說了些空洞的話，在所要推行的政策中包括了給予蔣介石以一切可能的支援，但是美國人終於完全改變了他們的看法，接受了英國人長期持有的觀點：他們不再相信中國人在打敗日本中能起什麼重要作用。即使運送物資沒有困難，時間也太倉促，不可能裝備和訓練一支強大的中國軍隊。在當地和華盛頓的美國指揮官們，對於建立一支現代化的中國軍隊所會遇到的政治上和心理上的障礙看得太清楚了。因此美國人已不再把中國當作一個潛在的大國來對待。中國人現在不是一個盟友，而成為一個問題了。

聯合參謀長委員會不能就租借政策取得一致意見。英國不願意放棄它在德國的佔領軍接受援助的權利，美國參謀長聯席會議則不同意把美國用於對日戰爭的資源如此移作他用。7月24日，當聯合參謀長委員會的成員晉見杜魯門和丘吉爾，提出報告要求最後批准時，這一爭執仍未獲得解決。在那次會上，總統個人對於英國要求繼續給予租借援助表示同情。四天以後，7月28日，總統批准了一項發給美國參謀長聯席會議的指示，同意給予英國人所需要的東西。在對日戰爭結束以前，租借物資將繼續提供給佔領區的部隊使用。

同俄國人的軍事談判比較簡短。在波茨坦只舉行了一次三方會議，由俄國、美國和英國的參謀長們各自陳述他們打算對日本採取的作戰行動。俄國人說，8月下半月他們將能作好準備進攻滿洲日軍。俄國的高階代表安東諾夫將軍說，確切的日期取決於當時正在莫斯科舉行的中國外長和蘇聯政府的談判是否獲得圓滿的結果。

會議結束時，海軍上將李海遞交給安東諾夫將軍一系列關於改善俄美兩國軍事合作的建議。這些建議是：美國人在蘇聯遠東地區建立兩個氣象站，劃定美國和俄國海空軍的活動範圍，在遠東美俄兩國的司令部之間建立直接聯絡，以及對損傷的飛機船隻相互提供海空基地的使用權。美國和俄國軍事當局安排好在7月26日舉行第二次會