各共和國的實際地位有多少改變，莫洛托夫的報告卻也透露了一些重要的情況。他提到了紅軍中的一些“民族兵團”，其中包括立陶宛部隊、拉脫維亞部隊和愛沙尼亞部隊。看來他們是打算用這些部隊作為“各加盟共和國兵團”的核心的。但這些部隊又是紅軍的一部分。莫洛托夫的措施宣佈後沒有幾天，蘇聯報刊上就登載文章，描寫這些波羅的海國家的紅軍部隊的成就，這些部隊就是打算將來組成各該共和國武裝部隊的“骨幹”。2月7日，《泰晤士報》也刊登了一封寄自莫斯科的讀者來信，是由紅軍中的立陶宛部隊和愛沙尼亞部隊的司令員寫的，表示支援波羅的海各國1940年所執行的路線，當時它們都變成了蘇維埃共和國。1940年時波羅的海各國蘇維埃政府的領袖們，在1941年德軍入侵時轉移到了俄國，現在也參加了為蘇軍的重新佔領作思想準備的宣傳攻勢。他們對蘇聯政府在國防和外交方面給予各加盟共和國有限自治的慷慨行動大唱讚歌。

莫洛托夫做上述報告時，列寧格勒前線的紅軍部隊正在納爾瓦地區發動進攻。紅軍於1944年2月2日越過愛沙尼亞邊界，到了2月13日已佔領並肅清了楚德湖東岸和納爾瓦河東岸。

這時愛沙尼亞是一片混亂和驚惶失措。大量難民從蘇聯的前德國佔領區源源不斷地湧到這個國家，加劇了普遍的混亂，同時很多愛沙尼亞人渡海逃往瑞典。難民的流入，給整個波羅的海地區的德國行政當局造成了嚴重問題，因而不得不在東普魯士為收容來自波羅的海國家和波蘭東部的大量難民作準備。

在蘇聯部隊越過邊界之前，為爭取愛沙尼亞人支援而開展的德國宣傳活動就已經活躍起來了。帝國總代表利茨曼1944年1月31日發表演說，強調戰局的嚴重以及萬一俄國人入侵時愛沙尼亞人必將面臨的命運。他對1941年時成千上萬“反蘇分子”被俄國人大量放逐的往事作了詳細的回顧。甚至在此之前一直拒絕同德國人發生任何關係的愛沙尼亞前總理烏盧奧特，現在也發表了演說，說蘇聯的佔領意味著愛沙尼亞人民的毀滅和國家的蕩然無存。1月末，當地“自治政府”首腦馬耶博士宣佈總動員，獲得了熱烈的響應。從2月3日到15日，響應的人數大大超過動員名額。但是，在蘇聯攻勢開始時的一陣衝擊過去之後，俄國人很快就被趕出他們在納爾瓦河西岸的橋頭堡，而德國人的防線則有所加強，德國人對自己有能力頂住沿河一線的俄國人恢復了信心。於是對愛沙尼亞軍隊的需要不那麼迫切了，德國人也就漸漸失去了武裝他們和訓練他們的興趣。1944年4、5月間，在德國報紙上宣佈發現一個大規模的愛沙尼亞地下組織之後，德國人實行了大逮捕，特別是逮捕自由職業界和知識界人士，同時對試圖從海路離開愛沙尼亞的難民則處以嚴厲的懲罰。

立陶宛處於同樣的混亂狀態。上面已經提到過，德國人在這裡花了很大勁所搞的徵兵活動幾乎沒有什麼成效，將近1943年底時，賣國賊頭子庫比利烏納斯將軍獲准建立本地的“自衛部隊”。1944年2月，愛國的立陶宛將軍波維拉斯·普列卡維齊烏斯在別人勸說下同意組織一支立陶宛人的“特別部隊”，表面上是為了防“匪”；但是，在德國人的徵兵嘗試受到那麼大的抵制之後，他招募志願人員的號召卻得到了極為熱烈的響應，因此當這個部隊還在剛開始訓練的時候，就引起了德國人的懷疑。1944年5月13日，德國人突然宣佈一項決定，要把這些地方部隊編入武裝黨衛隊。普列卡維齊烏斯將軍拒絕服從，當即被黨衛隊的欣策將軍逮捕，連同他的參謀長一起被押送去德國。同時德國軍隊包圍了考那斯立陶宛軍事參謀人員的營房，殺害了很多軍官，並解除了其餘人員的武裝。立陶宛部隊和德國軍隊在馬裡安波爾發生了一次衝突，在地方部隊最後被制服時，雙方都遭受了嚴重傷亡。維爾紐斯地區的幾個立陶宛營被解除了武裝，但北方帕涅韋日斯附近的其餘好幾個營則及時得到警報，帶著他們的武器和彈藥逃進了森林。德國人採取這些措施之後，又在知識分子中進行大逮捕，但是他們在立陶宛人中間徵募兵員的嘗試又一次遭到了失敗。

在每一個波羅的海國家中，對抗德國佔領的強大地下運動一直在進行著。在愛沙尼亞，德國人在發現和逮捕地下組織的許多領袖之後，隨即於1944年4、5月間發動了一個反對知識分子和自由職業者階層的運動。6月22日，“愛沙尼亞共和國全國委員會”發出號召，叫大家既抵抗俄國人也抵抗德國人。在拉脫維亞，1943年夏組織了一個“拉脫維亞地下委員會”以配合那個國家內的各項活動。19