43年12月成立了一個“解放立陶宛最高秘密委員會”，它代表著一切“民主的和戰鬥的”組織，但共產黨是一個值得注意的例外。立陶宛的地下組織在五十多萬立陶宛裔美國人中有牢固的聯絡，波羅的海國家駐美各使館所散發的戰時出版物表明他們與地下運動有密切聯絡。“解放立陶宛最高委員會”不斷地宣稱，它正在為建立一個“遵循大西洋憲章所宣佈的民主原則的”自由獨立的立陶宛而戰鬥。

在1944年2月對納爾瓦發動的那次攻勢之後，波羅的海各國得到了幾個月的相對平靜。紅軍“解放”波羅的海各共和國的下一步行動直到6月22日才發生，當時蘇聯突然在中央白俄羅斯戰區發動了一個多方密切配合的攻勢。德國人遭到了慘重失敗；在九個星期中，他們就失去了整個白俄羅斯、立陶宛的三分之二、近半個拉脫維亞和愛沙尼亞的四分之一。7月中旬以前就已有一支俄國軍隊推進到拉脫維亞東部和愛沙尼亞東南部，同時另一支由巴格拉米揚將軍率領的部隊則向北推進，穿過立陶宛，進入拉脫維亞南部，象一個楔子似的幾乎一直插到了里加灣。到8月26日，戰線從塔爾土向南穿過中部拉脫維亞延伸到了雅各布城附近的德維納河（道格瓦河），在那裡同插入在里加西南的巴格拉米揚的楔形陣地連線起來。不過，巴格拉米揚的部隊在切斷東北面的德軍之前，被德國人的反攻所擊退。北方的愛沙尼亞戰線除納爾瓦被俄國人攻佔外，相對說來比較平靜。

當俄國人向前推進時，德國人拚命向波羅的海各國的當地居民發出呼籲，向他們保證將不惜任何代價保住愛沙尼亞並堅守拉脫維亞和立陶宛的餘下部分。的確有一些德國增援部隊到來，同時，雖然在立陶宛，人們仍然抵制動員，但在愛沙尼亞和拉脫維亞，當地“自治政府”首腦為進一步徵募兵員和民工而發出的呼籲，取得了一定的成功：據斯堪的納維亞人士估計，到8月份，已有十四萬愛沙尼亞人和七萬五千名以上的拉脫維亞人在軍隊裡服役。而且，地下運動的成員也在組織反對俄國人的游擊隊。在仍然是德國佔領的地區，則擠滿了難民。德國人封閉了東普魯士的邊界，不準波羅的海各國人民進去，甚至那些重新定居的德國人未經許可也不能透過。地方當局不得不在可怕的傷寒和斑疹傷寒流行的情況下應付難民問題。8月間，數以千計的波羅的海難民紛紛乘船逃往瑞典，其他一些人則開始長途跋涉，奔向東歐其他地區。

在這次立陶宛夏季戰役期間，立陶宛人和波蘭人之間歷來爭奪的維爾紐斯的問題又一次被提了出來。隨著攻勢的進展，蘇聯報紙明白表示俄國人打算把維爾紐斯交還給立陶宛人，就象他們在1939年幹過的那樣，這一表態使倫敦的波蘭政府大為震怒。斯大林7月13日釋出的文告，宣佈佔領維爾紐斯和“解放立陶宛蘇維埃共和國的首都”，從而結束了人們的猜測。但是立陶宛人對收復維爾紐斯可能感到的任何歡慶情緒，由於維爾紐斯和考那斯附近發現了納粹的一些滅絕集中營而被沖淡。在波羅的海地區，有許多這樣的滅絕集中營，它們曾是希姆萊為滅絕德國佔領下的歐洲猶太人而設立的機構的一部分。

紅軍攻入波羅的海各共和國的一系列攻勢中的第三個行動是在1944年9月19日開始的，當時戈沃羅夫將軍指揮下的部隊對愛沙尼亞和拉脫維亞發動了一次各兵種協同的攻擊。愛沙尼亞的德軍陣地阻擋不住這一排山倒海的攻勢，斯大林在9月22日釋出的文告中宣佈攻克塔林。然而，在這個城市被攻下之前，在攻擊開始後的三天當中，愛沙尼亞的愛國者發動了一次起義；他們奪取了教堂山和政府大廈，升起了愛沙尼亞國旗，宣佈成立以愛國者奧托·季耶弗為總理的愛沙尼亞全國政府。這個“政府”在它發表的正式宣言中命令德國人撤離，同時呼籲俄國人尊重愛沙尼亞的獨立。這一插曲於9月22日該城落入紅軍手中時結束。在9月餘下的幾天裡和10月初，紅軍正在肅清愛沙尼亞境內的殘敵，並攻佔了希烏馬島（達耶島）和薩烈馬島（厄塞爾島）。里加仍在德國人手中。俄軍的高速挺進大大加劇了仍在德國佔領下的波羅的海地區的混亂。德國人撤退時採取了“焦土”政策，德國軍隊現已在向南移動，把極大一批波羅的海國家的難民和牲口趕在軍隊的前頭一起南下，所過之處只剩下一片荒蕪破壞了的農莊村落。

10月8日，蘇軍波羅的海戰役的第四階段開始了。紅軍部隊又發動了攻勢，目標是把德國人從他們在拉脫維亞和立陶宛剩下的陣地上趕走。斯大林在10月13日釋出的文告中終於宣佈攻克里加。在這之後，蘇聯軍隊向波羅的海海岸一帶繼續挺進