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德國在保護國內實行經濟管制的主要機構，是德國軍備與軍火生產部（透過各個軍備檢查所進行工作）和德國國務部。前者管制軍備生產，並從1944年起兼管消費品的工業生產；後者則是當地最為重要的機構，下面分設若干部門，其中有幾個處理經濟事務並監督自治的經濟管理機構。此外，還有幾個特派代表，管理煤、石油、機動車、機器之類的生產，他們直接向國務部長負責。隸屬於德國行政機構下面的，是捷克的各個自治機構、經濟與勞工部、農林部、財政部和最高物價管理局。所有這些機構不是由德國人主持，就是透過國務部長受到德國的指導和監督。

捷克工業中有許多部門透過軍備與戰時生產部的活動，透過玻璃業和製鞋業的超級卡特爾的組成，受到了德國的管制。德國人還按照本國的方式組成了強制性的社團組織，並且照例由居住在保護國的德國國民擔任領導，從而保證了他們對其他經濟部門的控制。

總督轄區的經濟管制工作幾乎全部由德國人負責。波蘭人只受僱從事技術工作和純屬地方範圍的工作。那裡遵循的政策的主要方針，是由戈林以四年計劃組織領導人的身分擬定的。為了執行這項政策，戈林任命總督漢斯·弗朗克為他的代表。弗朗克於1940年1月在總督轄區內成立了一個四年計劃辦公室，同一般行政機構完全分開。可是，當經濟政策的主要方針確定以後，這個辦公室就撤銷了，它的職權移交給了中央機構內辦理經濟、糧食與農業、林業、財政的各個部門。

監督軍備生產的大權則透過軍備檢查所由德國軍備與戰時生產部執掌，同時還設立了一些辦公室來管理所有主要原料和工業產品的生產和分配工作。波蘭以前的所有商會和同業公會不是解散，就是置於德國管制之下。1941年3月，設立了一個經濟事務總會，作為唯一的媒介，實業界就透過它同德國行政當局合作，來管理和計劃生產並分配商品與勞務。

行政人員從該地區的撤走和德國人認為當地人不可靠的決定，都被作為理由，用以拒絕給予東方佔領區的居民任何形式的自治，並在以前的波羅的海國家內全部以德國人替代當地的官員，只有極少的例外。事實上，東方佔領區是儘可能作為德國經濟的一個組成部分來治理的，結果出現的組織，其型別同德國本上所建立的非常相似。

東方佔領區經濟開發政策的主要方針，是由德國中央政府幾個主要機構，尤其是四年計劃組織、經濟部和施佩爾領導的部，連同從一開始就起了重要作用的德國實業界的社團組織，一起制定的。在東方佔領區，經濟開發工作是由這些中央當局和地方政府共同組織的。至於軍管地區，則由軍事指揮官主持，他們麾下的經濟部門的負責人向武裝部隊最高統帥部的經濟部門提出報告，並從該部門接受命令，最高統帥部的經濟部門又同四年計劃組織和德國的其他非軍事機構保持密切聯絡。1942年，武裝部隊最高統帥部在柏林設立了一個東方經濟事務處，處理東方佔領區內所有軍管地區的經濟事務。在文職人員管轄的地區，經濟政策的實施由德國東方佔領區事務部所屬的東方經濟計劃處負責，該處的處長同時又是經濟部東方佔領區經濟事務司的領導人。由於東方經濟事務司和東方經濟計劃處的工作人員大部分是同一批官員，軍事當局和非軍事當局之間因而建立起了十分密切的合作。

在東方佔領區非軍管地區和軍管地區內，經濟計劃的日常執行工作是交給許多官辦的壟斷公司（東方公司）去辦理的，這些公司把德國的中央機構、德國的社團組織和當地的行政機構的權力結合到了一起。由於把一些在壟斷公司監督下展開工作的德國商行引入了東方佔領區，私營的因素進一步有所增加，因此儘管經濟體系在形式上是由德國政府管理的，德國的大商家卻在當地左右一切。

德國在巴爾幹佔領區內採用的經濟管制方法，同它在波希米亞…摩拉維亞保護國內所用的方法多少有點相似。德軍佔領後不久，當地就成立了一些傀儡政權，但是每一個傀儡政權都受到德國軍事當局的嚴密監督。在希臘，對傀儡政府的監督，理論上是同義大利共同負責的，但是從一開頭，所有主要的決定就都由德國作出。在塞爾維亞，德國一開頭就獨攬管制的大權。1943年義大利停戰以後，原來在義大利控制下的那些巴爾幹地區，也由德國軍事當局予以接管。

巴爾幹各國的農產品和礦產品對於德國戰時經濟極為重要，因此德國人選派了一些經濟專家到該地區去擔任最重要的職務。伊·格·法本公司以前的財政專家赫爾曼·諾伊巴赫爾於