曹操逃出洛陽，回到陳留，盡散家財，組織義兵討伐董卓。當時關東各地豪傑也紛紛起兵，推舉袁紹為盟主，組成討董聯軍。但諸將皆畏懼董卓，逡巡不敢進戰。曹操名微而將寡，見諸將裹足不前，遂率本隊人馬與董卓交戰。由於寡不敵眾，曹軍敗退而歸，雖然打了敗仗，但他正義而勇敢的行為卻贏得了天下人的讚許。其後，曹操又率軍平定青州的黃巾軍，降其三十萬人馬，將老弱淘汰，留其精銳，號為青州兵，並佔據了兗州，成為一個較有實力的軍事集團。

曹操深知，欲在亂世之中大有作為，建功立業，必須廣求人才。他先後吸納了汝南和潁川的名士荀彧、荀攸、郭嘉等人，為他出謀劃策。曹操手下聚集了一大批當時的社會精英人物，在三國之中可以說是首屈一指的。謀士毛玠向他提出了一條非常重要的建議：“奉天子以令不臣，修耕植以畜軍資。”（《三國志·魏書·毛玠傳》。）曹操完全採納了他的建議，並認真實行，成為他勢力發展的轉折點。

所謂“奉天子以令不臣”，就是表面上尊重漢朝皇帝，實際上是假借天子的名義號令天下，取得政治上的主動地位，發展自己的勢力。這可以說是曹操一生政治謀略的基本特點。討董之戰時，董卓挾持漢獻帝並脅迫洛陽幾十萬人口西遷長安。不久，漢獻帝從長安逃回到洛陽。洛陽城已被董卓焚燬，竟無存身之所，君臣零落，十分可憐。這時漢室威靈已替，天子有名無實。其他人都沒有把這個落魄天子放在眼裡，唯獨曹操具有政治家的眼力和謀略，他深知，雖然漢室威靈已替，但在人們的心目中，漢天子畢竟是名正言順的皇帝，是權力的象徵。這是一塊很值得利用的招牌，因此曹操親自前往洛陽，把漢獻帝迎接到許，自封為大將軍。果然，他利用天子號令天下，勢力迅速發展起來。他未費吹灰之力，便取得洛陽以東的大片土地，又假借天子命令，命鍾繇任司隸校尉，持節督關中諸軍，於是關中諸將如馬騰、韓遂等只得俯首聽命，歸附曹操。更重要的是，曹操被任命為大將軍，封武平侯，在政治上取得了“奉天子以令不臣”的地位，居高臨下，奉順討逆，師出有名，好不自在。為了更好地控制漢獻帝，曹操特別注重對漢獻帝左右及其外家戚屬的控制。董承的女兒是獻帝的妃子，董承由於反對遷到許，並率兵拒阻曹操，而為曹操所殺。董承被殺後，曹操又誅殺了董妃。獻帝伏皇后受曹操挾制，懼被廢殺，憂憤交加，寫密信給父親伏完，令密圖曹操。建安十九年（214年），事情洩露，曹操大怒，命人衝入宮中把伏皇后從藏壁中拖出，連同其所生的兩個兒子一起殺掉。然後曹操便與獻帝結為姻親，把他的三個女兒曹憲、曹節、曹華都嫁與獻帝為貴人。不久，曹節被立為皇后，這樣，曹操便以獻帝岳父的身份執掌大權了。

所謂“修耕植以畜軍資”，就是恢復和發展農業，以解決軍隊的糧食供給。漢末以來，天下大亂，戰爭連年，土地荒蕪，餓殍遍地。當時各支軍閥勢力都嚴重缺乏糧餉，因此恢復農業生產成為當務之急。毛玠的建議就是針對這一情況而言的。棗祗把毛玠的建議具體化為屯田的措施，就是用軍事的形式把農民組織起來進行生產。曹操首先在許實行屯田，一年之間，就得谷百萬斛。他把這一制度迅速向其他地區推廣，完全解決了軍隊的糧食問題，為其軍事鬥爭提供了雄厚的物質保障。更重要的是，屯田農民在生產、生活上比較有保障，沒有兵役等其他負擔。同時，廣大流民與土地重新結合，既緩和了社會的動盪，又促進了農業經濟的恢復。與此同時，曹操一方面在其統治區域厲行法治，打擊豪強兼併，極力改變東漢豪強橫行鄉里的社會風氣；另一方面，他還注意改善吏治，選用廉吏，嚴明賞罰。由於他的大力提倡和嚴格要求，故其官吏無不以廉潔自勵。這樣，在他統治時期，湧現出一大批較有作為的地方官吏，很快改變了地方的荒殘景象。他們立學校，廣屯田，興修水利，招撫流亡，為曹操政權的鞏固和發展作出了傑出的貢獻。

隨著曹操勢力的發展，就與河北袁紹成為北方最強大的兩個政治軍事集團。他們之間的勝負直接決定著誰統一黃河流域，因此二人的矛盾逐漸升級。袁紹是河北著名的四世三公的世家大族，佔有冀、青、幽、並四州，是當時最有實力的集團。曹操、袁紹自幼相識，關係很好。董卓之亂，他們共同起兵討董。當時他們曾談及今後如何發展的問題，袁紹說：“吾南據河北，阻燕、代，兼戎狄之眾，南向以爭天下，庶可以濟乎？”曹操說：“吾任天下之智力，以道御之，無所不可。”《三國志·魏書·武帝紀》。可見二人心智的方向早就不同。袁紹崇尚武力和地盤，曹操