此情景，袁世凱南下就職是不行了，我們應該如實向南京報告。”

蔡、宋等人商議，都感覺不能勉強袁世凱南下，不然禍變不測，局勢可能發展得誰也無法控制。蔡元培於是致電給南京的總統孫文及參議院，將北京兵變之後局勢的危殆仔細說了，並說一般輿論認為袁將南行是兵變的主要原因。蔡元培強調速建統一政府為今日最重要之事，其餘各事儘可遷就，以定大局為要，因此建議取消迎袁南下，並將首都定為北京。

南京的孫文早從報上得知北京兵變的的慘狀，今又見蔡元培的電文，既心痛民國的多艱，又哀嘆對於時局的無奈，長嘆道：“孫文不願退讓寸步，但時局如此，卻奈民國何？”

遂回電允許袁世凱在北京就職，但要求新一屆內閣的名單必須徵得參議院的同意，並且待新舊內閣在南京辦妥移交手續後，自己方始辭職。

袁世凱既可以不南下了，對孫文所提的條件自然全部答應。三月八日，在蔡元培的主持下，袁世凱於石大人衚衕迎賓館舉行就職典禮，宣誓就任民國臨時大總統。誓詞曰：“民國建設百端，世凱深願竭其能力，發揚共和之精神，滌盪專制之瑕穢，謹守憲法，依國民之願望，蘄達國家於安全強固之域，俾五大民族同臻樂利，率屢勿諭！俟召集國會，選定第一任大總統，世凱即行解職。謹掬誠悃，誓告同胞。”

蔡元培見袁世凱就職之禮圓滿而成，便欲辭歸南下。袁世凱仰慕蔡元培的道德文章，堅要邀蔡留在北京，出任內閣的教育總長一職，但蔡元培知民國隱患良多，頗有心灰意賴之感，不願身入政界，只想研究學問。袁世凱