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神宗得疏以後，隨即派行人存問，仍賜銀五十兩、大紅紵絲蟒衣一襲、綵緞四表裡，賚去敕諭一道，略言：

卿才優王佐，學擅儒宗，早馳譽於清華，歷試功於盤錯。簡知皇祖，晉院臺司，履忠順以事一人，持廉靖而先百辟。當檢壬之既黜，更治化以維新，懲貪墨而仕路肅清，獎忠直而真才匯進。申明典制，多安邊裕國之籌，默運樞機，有尊主庇民之略。定邦本於危疑之際，宣上德於彌留之中。翼我先皇，嗣基圖而撫方夏，保予衝子，升儲貳以奉宗祧。方倚重於黃扉，遂乞閒於綠野。後先多績，朝廷資其典刑，終始完名，寰宇想其風采。（見前疏）

定邦本兩句，上聯指徐階擁立裕王，下聯指世宗遺詔，說得非常得體。郭樸、高拱認為徐階擅傳遺詔，現在由神宗給他們一個具體的答覆。這道敕諭，大致惟有居正，才能擬得如此真切。

徐階底生日近了，居正吩咐懋修請吏部侍郎許國代擬壽序。序成以後，居正不滿意，在病中掙扎著自己做一篇。他說：

居正嘗謂士君子所為尊主庇民，定經制，安社稷，有自以其身致之者，有不必身親為之，而其道自行於天下，其澤自被於蒼生者。竊以為此兩者，惟吾師兼焉。當嘉靖季年，墨臣柄國，吾師所為矯枉以正，激濁而清者，幸及耳目，其概載在國史，志在摚�穡�鏘鉳T長，尚能道焉，此以身致治者也。比成功而歸老也，則摯其生平所為經綸蓄積者，盡以屬之居正。居正讀書中秘時，既熟吾師教指，茲受成畫，眼行唯謹。萬曆以來，主聖時清，吏治廉勤，民生康阜，紀綱振肅，風俗樸淳，粒陳於度，貫朽於府，煙火萬里，露積相望，嶺海之間，氛廓波恬，漠北驕虜，來享來王，鹹願保塞，永為外臣，一時海內，號稱熙洽。人鹹謂居正能，而不知蓋有所受之也。此不必身親為之者也。故此兩者，惟吾師兼焉。（文集七《少師存齋徐相公八十壽序》）

徐階做壽的時候，讀到這篇壽序，應當慶幸當日認識正確，付託得人吧，但是當他想起這個學生，他知道已經沒有見面的可能了。短短的幾個月，在人生的道途上，劃下不可逾越的界限！

十年三月以後，居正請假在宅票擬。痔根割去了，但是精神還是委頓。長子敬修不在面前，隨侍的只有嗣修、懋修、簡修。允修已回江陵，準備鄉試，靜修還小。居正病勢不算嚴重，但是用藥敷治，不能行動。神宗屢次派太監慰問；一次是司禮太監張鯨，一次是文書官吳忠；賞賜也不斷地頒下，白銀、銀八寶、蟒衣、甜食、乾點心、燒割，一切都有。據說有一次神宗因為居正久病，甚至掉下眼淚，飯都不想吃。居正只有申述病況，再請給假。他說：

緣臣宿患雖徐，而血氣大損，數日以來，脾胃虛弱，不思飲食，四肢無力，寸步難移，須再假二十餘日，息靜休攝，庶可望痊，蓋文書官所親見，非敢託故也。（奏疏十一《恭謝賜問疏》）

從血氣虧損，轉到脾胃衰弱，居正病狀，日漸沉重。神宗正在盼望他從速銷假；居正何嘗不願入閣辦事？可是期望愈急，病勢愈重。矇矓中，居正夢見神宗派遣自己往把女神。女神是誰啊？他連忙派兒子往泰山祀神，一面和山東巡撫說起：

殘恙一向不以痔治，遷延十有餘年，故病日深。近訪得一明醫，仰蒙聖恩，賜假治療，乃得拔去病根。今病雖除，而血氣虧損已甚，脾胃虛弱，不思飲食，四肢無力，寸步難移，按之生理，尚屬艱難。前夢皇上使僕持雙節往祀一女神，蓋欲籲神以祈祐雲。竊思女神之貴者，莫如泰安之仙妃，今遣小兒賚香帛往祀焉。恐執事不知其由，敢敬以聞。（書牘十三《寄山東巡撫楊本庵》。按楊俊民九年三月為山東巡撫，十月去位，繼任者為陸樹德題名誤。）

三、四月的天氣漸漸回暖，陽光照滿北京的郊野，前去泰安的人回來了，但是居正底病勢日見沉重。仙妃底保祐，只是一個幻夢，剩給居正的是重大的負擔和纏綿的病軀。內閣中還有張四維、申時行，但是稍為重要的公事，四維不敢專擬，一切送到居正病榻面前，聽候處分。

六月初一日食，初四以後，彗星在天空出現，蒼白的光芒，象一匹練，由西北直指五車星座。居正本來準備秋間退休，現在決定退休了，疏稱：

臣自思病以來，靜攝調治，日望平復，乃今三月，元氣愈覺虛弱，臥起皆賴人扶，肌體羸疲，僅存皮骨，傍人見之，亦皆為臣悲悼，及今若不早求休退，必然不得生還！且古有災異，則