（居正第四子簡修娶之誥女）但是之誥隆慶三年總督陝西三邊軍務，進南京兵部尚書，資望久已夠了，而且卓然自守，並不附和居正，因此更得一般的推重。

諸人以外，工部尚書朱衡、左都御史葛守禮留任；朱衡在河工方面的成績，和守禮底操守，都是當時物望所歸。明朝的內閣，當然不是現代的內閣，對於閣中同僚和六部首長以及都察院的人選，首輔沒有進退的大權，但是居正對於人選的佈置，確曾費了一番苦心，而且也確曾達到自己底主張。後來他曾經自負地說：

《書》曰：“無侮老成人，皤皤良士，膂力既愆，我尚多有之。”宓子賤治單父，孔子使人覘之，見與老者二十餘人議政，孔子喜曰：“吾知不齊能辦單父矣。”今以幼主當陽，而朝多長者，豈非盛事乎？（書牘六《與南臺長言中貴不幹外政》）

大政方針既經發表，中樞人選也分別確定，居正準備負起國家的重任。從隆慶六年六月起，到神宗萬曆十年六月為止，這整整的十年當中，他逐漸完成他底政治理想。在他掌握政權的期間，除了當前的政治問題以外，他還得應付三個重要的人物：第一，皇貴妃——後來的慈聖皇太后；第二，馮保；第三，神宗。這三個都是他底主人，三個人各有自己底立場，因此在應付方面，不時地發生困難，幸虧居正有他底政治天才，總算安穩度過了，但是畢竟因為沒有應付完全得當，在他身後，發生意外的波折。

皇貴妃是一個有辦法的人。居正還記得穆宗病重，馮保宣讀遺囑的時候，皇妃在帷中的口諭：

江山社稷要緊，先生每要盡忠為國。（參奏疏六《謝皇太后慈諭疏》）

這是一個有決斷的呼聲。神宗即位以後，不久召居正至平臺面諭：

皇后是朕嫡母，皇貴妃是朕生母，尊號上先生可多加幾字。

問題立刻提出了，皇后當然尊為皇太后，但是皇貴妃也要稱皇太后！這個還不要緊，以往還可以對一位皇太后加上尊號，以示分別，但是現在辦不到了。居正疏稱：

仰稽我祖宗舊典，惟天順八年憲宗皇帝尊嫡母為慈懿皇太后，生母皇貴妃為皇太后，則與今日事體，正為相同，但於嫡母特加二宇，而於生母止稱皇太后，則尊尊親親之別也。然今恩德之隆，既為無間，則尊崇之禮，豈宜有殊？且臣居正恭奉面諭，欲兼隆重其禮，各官仰體孝思，亦皆樂為將順。今擬兩宮尊號，於皇太后之上，各加二字，並示尊崇，庶於祖制無愆，而於聖心亦慰。（見奏疏二《看詳禮部議兩宮尊號疏》）

就這樣決定了，皇后陳氏尊稱仁聖皇太后，皇貴妃李氏尊稱慈聖皇太后，一切透露居正遷就事實的心理。居正是一個幹練的政治人才，但是他在政治方面所受的訓練，還是世宗嘉靖年間的訓練，對於皇室，永遠是那樣誠惶誠恐，有時竟不免有些阿諛附和。萬曆元年翰林院產生白燕，居正把它和內閣所開並蒂蓮花一併進獻。神宗隨即下一道手渝：

白燕、蓮花俱進獻聖母，甚是喜悅，卻獨產翰林院中，先開於密勿之地，上天正假此以見先生為社稷祥瑞，花中君子。朕賴先生啟沃，固不敢顛縱，何德之有！（見奏疏三《謝宸翰疏》）

《明史（卷二三五）餘懋學傳》稱居正進《白燕、白蓮頌》。《白蓮頌》不可考，《白燕頌》大致即是《白燕曲》：

白燕飛，兩兩玉交輝，生商傳帝命，送喜傍慈闈。有時紅藥階前過，帶得清香拂繡幃。（詩四《白燕曲》四首之一）

這是一篇貢諛慈聖太后的詩句。詩集中如《恭頌母德詩》：

猗欽我聖母，世德宜重光，扶天致昇平，毓聖纂靈昌，履盛彌勤烙，秉禮日矜莊。內庭政無譁，外家恩有常，明達信如此，馬鄧豈足望？（詩一）

如《皇上祝聖母詩》：

女中頌德稱堯舜，膝下承歡有帝王。（詩四）

文集中如《神母授圖萬年永賴頌》、（文集二）《聖母圖贊》，（文集二）都是同樣的作品。居正受的訓練太久了，他自己無法擺脫這個形態，然而也正憑這種訓練，博得慈聖太后底好感。

馮保是司禮掌印太監，在內廷他只是一個奴才，但是正因為掌握章奏的大權，他也成為居正底主人。馮保底大權，全靠慈聖太后，所以居正更不能不結好太后，藉此減輕馮保底壓迫。李太后要做功德，建涿州二橋，馮保主持，居正便有一篇《敕建涿州二橋碑文》，李太后建承恩寺、海會寺、東嶽廟、慈壽寺、萬壽寺，又是馮保主持，居正又是每一處來一篇碑文。（皆見文集四）他甚至說：

臣以