隆慶五年，事態更加嚴重。這年，徐階生日，居正去信，自稱“不敢走介，畏行多露”。又說，“鄙懷種種，亦噤不敢言，臨楮惆悵而已。”（同卷《答上師相徐存齋九》）內閣的大權，完全在高拱手裡，言官們又聽他指揮，一步走錯不得，一句說錯不得，這是隆慶五年居正所處的地位。徐階底地位更壞了。三個兒子同時被逮，田產充公了，兩個兒子也問了充軍的大罪，只留得徐階慢慢地回味會不會得到和嚴嵩一樣的結果。在嚴重的局勢下面，居正還是苦心調護。他不願得罪高拱，但是他要保障徐階；集中留著下列幾封信：

憶公昔在姑蘇，有惠政，士民所仰，故再借憲節以臨之。乃近聞之道路雲，“存翁相公家居，三子皆被重逮”，且雲，“吳中上司揣知中元相公，（高拱）有憾于徐，故為之甘心焉。”此非義所宜出也。夫古人敵惠、敵怨，不及其子。中元公光明正大，宅心平恕，僕素所深諒，即有怨於人，可一言立解。且中元公曾有手書奉公，乃其由中之語，必不藏怒，而過為已甚者也。且存翁以故相終老，未有顯過聞於天下，而使其子皆駢首就逮，脫不幸有傷霧露之疾，至於顛隕，其無乃虧朝廷所以優禮舊臣之意乎！亦非中元公所樂聞也。僕上惜國家體面，下欲為朋友消怨業，知公有道君子也，故敢以聞，惟執事其審圖之。（書牘十四《答松江兵憲蔡春臺諱國熙》按國熙承高拱旨，窮治徐階事，見王世貞《首輔傳》卷六）

松江事，高老先生業已寢之，似不必深究。仲尼不為已甚，報怨亦自有當。牽牛以蹊人之田，而奪之牛。蹊者固有罪矣，而奪之牛，無乃過乎？今全吳亦所以愛鄭也，公有道者，故敢以此言告，幸惟裁之。（同卷《答河南巡撫梁鳴泉》）

往者奉書云云，蓋推元翁之意以告公也。辱回示，業已施行，自難停寢，但望明示寬假，使問官不敢深求，早與歸結，則訟端從此可絕，而存老之體面，元翁之美意，兩得之矣。僕於此亦有微嫌，然而不敢避者，所謂“老婆心切”也，望公亮之。辱教，有欲告我者，此僕之所欲聞也，傾耳以承，幸勿終靳！（同卷《答應天巡撫》）

這三封信，都很閃鑠，尤其是後面的兩函。高拱和徐階結怨，急圖報復，久已成為公開的秘密。所指高拱給蔡國熙的信，大致是解釋仇怨的話，這是表面文章，居正認為“宅心平恕”，“必不藏怒蓄恨”，只是順水難舟，一種無可奈何的辦法。《答梁鳴泉函》，不知是否誤題，梁夢龍（即鳴泉）為居正門下士，函中語氣，似不類。徐階、松江人，高拱、新鄭人，所謂“全吳”“愛鄭”者指此。答應天巡撫函所謂“辱回示業已施行”，正指來函“無可挽回”的表示，至於“有欲告我者”一句，是不是對於居正的一種謠言，正取一種欲說不說的姿勢？現在不管他，但對於居正，還是一種威脅。“是僕之所樂聞也”，是一句掙扎的話。

高拱入閣以後，居正所處的是一個最困難的地位，一步一步都需要最大的審慎。熱中的人不肯輕易放棄政權，但是要想維持政權，便不是一件容易的事。隆慶五年居正還遇到一個問題，然而也居然被他度過了，這是膠萊河的問題。

隆慶四年九月，黃河在邳州決口，從睢寧到宿遷一百八十里河水驟淺，江南來的糧船，一概不能北上。在明代這是一個異常重大的問題。明代的政治中心在北京，但是明代的經濟中心卻在南京。一切的資源出在南方，尤其是四百萬石糧食，全賴南方的接濟。從南方到北方，惟一的生命線是運河，運河發生了問題，南方和北方失去聯絡，整個的國家，立刻受到影響。偏偏運河不是我們所想象到的那一條安全的水道，從瓜洲渡江，要經過邵伯湖、高郵湖、氾光湖、寶應湖、白馬湖，這些地方還好；再上去便是洪澤湖，淮水從安徽來，在清口和黃河交匯，這是最大的難關。再上去，從清口到徐州茶城，黃河就是運河，運河要靠黃河底接濟。水量太大了，南方來的糧船隨時有漂沒底危險；可是水量太小了，糧船便要膠擱半途。國家底前途，完全寄頓在這一條毫無辦法、不可捉摸的水道上面，真是太危險了。因此明代一面重視河道總督和漕運總督底職責，一面仍是不時提出海運底問題。海運是從太倉、嘉定沿東海繞成山角，入天津的一條航線。在現代當然是一條很簡單、很安全的航線，但是十六世紀的中國，航海和造船底技術不比現代，所以一路的危險還是很多。有了危險，便不免要犧牲。犧牲人命，不是一件簡單的事，在明代，連皇帝殺一個罪犯，還要經過法司五次底執奏，何況是平常的官吏！隆慶年間，漕運總督王宗沐運米十二萬石，自淮入海，直抵天津，不能不算很大的成