馮保複審。葛守禮和馮保當然責無旁貸。希孝是第二名靖難功臣成國公朱能之後，第六代成國公朱希忠之弟。明朝自成祖以後，特別看重靖難功臣，第一名靖難功臣淇國公丘福底後代削除了，所以成國公是當時的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以來，都是特蒙思寵的勳臣，居正提出希孝，正是看重他底資望。但是事情卻把希孝難住了，他和希忠商量。遵照馮保底計劃吧，他們不願意得罪士大夫；遵照良心吧，他們又不願意得罪馮保。希孝認定了事情底困難，他向居正請教，居正教他再和楊博、葛守禮商量。審訊底經過相當複雜，但是這件事情底結果非常簡單。萬曆二年，希孝逝世，居正在他底神道碑記著：

今上踐祚之元年，有賊挾刃至官門，驚蹕。捕得，下東廠治，賊冀緩死，妄言有主者。於是內外錯愕，索賊甚急。然餘心知其誣，乃見上，言斯事重，請令錦衣衛與東廠雜治之。上日，“可。”公既受命，即獨宿外舍，燕居深念，多設方略，密偵之，如是十餘日，乃得其情，趣具獄上，戮止一人，餘無所問。當是時，微公，摚�鴰鑾也徊猓�淥�婊睿�穢詞�僨�艘印＃ㄎ募�摹逗缶�級礁�蠖級街旃�竦辣�罰�

王大臣灌下一杯生漆酒，啞了；他不能誣賴高拱指使，也不能陳述馮保唆供，就這樣胡塗地交給刑部擬罪，得到斬首的處分。王大臣底無辜的血液，洗清高拱底被誣，但是沒有洗去居正底嫌疑。居正在給總理河道萬恭的信中說起：

昨會舍親西石公言：頃者內獄之起，眾情洶洶，獨公以為朝有人焉，無足慮者。此足以見公知我之深也。今士大夫親見僕行事，無一人知及於此者，而公乃在外得之，人之相去，豈不遠哉。（書牘五《答司馬萬兩溪》）

居正對於當時士大夫之不相知，真有些憤意了。他對於高拱。不是不恨，但是他沒有置之死地的意念。他在這一年曾和吳百朋說起：“僕平生所厚士大夫甚多，見背者亦不少，然終不以是而易其好賢之心，即今日內獄之事，可以觀矣。”（同卷《答吳堯山言宏願濟世》）這幾句話，透露他對於高拱的怨恨，但是他沒有意思要殺高拱。居正《雜著》（文集十一）裡，痛責王猛計陷慕容垂的錯誤。他說：“猛蓋自揣才略，不能駕馭垂，故百計欲去之，以為足以弭將來之患，而乃出於陰賊險狠之謀，類小人女子妒寵忌能者之所為，此諸葛孔明輩所不道也”他知道高拱已經倒了，自己有控制底力量，何必得罪清議，更揭示自己底不能容物。居正底自信力，正在逐日加強。

萬曆元年六月，內閣上疏請隨時考成。在居正底一生，這是一件重要的政治事業。居正平時常說遵循祖宗成憲；假如我們要探求居正創制的行為，那便只有他底考成法。全文如次：

臣等竊聞堯之命舜曰，“詢事考言，乃言底可績。”皋陶之論治曰，“率作興事，屢省乃成。”蓋天下之事，不難於立法，而難於法之必行；不難於聽言，而難於言之必效。若詢事而不考其終，興事而不加屢省，上無綜核之明，人懷苟且之念，雖使堯舜為君，禹皋為佐，亦恐難以底績而有成也。臣等竊見近年以來，章奏繁多，各衙門題復，殆無虛日。然敷奏雖勤，而實效蓋鮮。言官議建一法，朝廷日“可”，置郵而傳之四方，則言官之責已矣，不必其法之果便否也。部臣議厘一弊，朝廷曰‘可”，置郵而傳之四方，則部臣之責已矣，不必其弊之果厘否也。某罪當提問矣，或礙於請託之私，概從延緩；某事當議處矣，或牽於可否之說，難於報聞。徵發期會，動經歲月，催督稽驗，取具空文。雖屢奉明旨，不曰“著實舉行”，必曰“該科記著”，顧上之督之者雖諄諄，而下之聽之者恆藐藐。鄙諺曰，“姑口頑而婦耳頑”，今之從政者殆類於此。慾望底績而有成，豈不難哉？臣居正當先帝時，曾上《便宜六事》，內《重詔令》一款，亦嘗亹亹言之，隨該吏部題復，欲各衙門皆立勘合文簿，事下各撫按官，皆明立程限，責令完報，然亦未聞有如期令而以實應者。甚者寢格如初。茲遇皇上躬不世出之資，勵精圖治，百執事亦皆兢兢務修其職業，無敢以玩愒弛廢者；獨所謂考言屢省者，尚未加之意焉，竊恐致理之道，有未盡也。查得《大明會典》內一款，“凡六科每日收到各衙門題奏本狀，奉聖旨者，各具奏目，送司禮監交收；又置文簿，陸續編號，開具本狀，俱送監交收。”又一款，“凡各衙門題奏過本狀，俱附寫文簿，後五日，各衙門具發落日期，赴科登出，過期稽緩者，參奏。”又一款，“凡在外司、府行門，每年將完銷過兩京六科行移勘合，填寫底簿，送各科收貯，以備查考，欽此。”及查見行事例，在六科，則上下半年