不斷地替兒子爭取地位，那麼即是居正不免有一些舐犢之情，我們不妨認為這只是人類社會共有的弱點。

萬曆五年五月，總督兩廣軍務右僉都御史凌雲翼進攻羅旁瑤，對於少數民族，又來一次壓迫。羅旁在德慶底南面，東西數百里，都是瑤山。憲宗成化年間，韓雍經略兩廣的時候，曾經討平一部分，但是後來瑤人不斷起兵，成為兩廣的禍患。殷正茂提督兩廣軍務，又提議討伐羅旁。萬曆三年，正茂去職，雲翼繼任，於是這個責任，落到雲翼身上。萬曆四年，居正去言說：

羅盤、淥水之事，石汀公在任不能處，乃諉難於後人，誠為不恕。然此地不沾王化數十百年，義所當討，在公誠不宜使之跳梁於臥榻之前也。但須審圖而後動，動而必勝，勝而無損，乃為萬全。不然，又不如姑置之之為便也。（書牘八《答兩廣凌洋山計剿羅盤寇》）

雲翼到任以後，從容佈置，廣西總兵李錫，廣東總兵張元勳底軍隊都調齊了，萬曆五年進攻，不久就打一個勝仗，居正再去一信說到：

羅旁之役，聞已獲功萬餘，計所滷獲，又當稱是，即有伏逸，諒亦無多。宜乘此勢，多方招部，開其生路，隨宜處置，務絕後患，則一勞永逸之策也。（書牘九《答兩廣凌洋山》）

這年五月，“大功告成”，雲翼在這次“戰功”裡，俘斬招降四萬二千八百餘人，確實是一個大役。雲翼上疏，主張開闢州、縣，招徐農墾，經過一度遲疑以後，居正接受這個建議。他說：

羅旁之役，初意但恐宿寇初除，根株未盡，姑少遲建設，以俟人心之定，會新司馬（兵部尚書王崇古）亦以此為言，遂從再議。近來彼中人來，皆言此地在四府之中，素稱沃壤，與廣右邊徼不同，且遠近之民，願受廛者眾，不設官建治，何以統之？是以知再議之為迂謬也。佇俟大疏至，即屬銓部選除矣。但聞願附籍者，多系遠縣之民，其中或有來歷不明，流浪無根，或賊黨詭名偽姓，若但務招徠，不加審別，蘭、棘並植，狼、羊同飼，將復為昔日之羅旁矣。竊以四方鄰近之人，亦自有就招者，彼風土既習，板籍有據，環數百里之內，封壤相接，遷徙無難，且彼素被賊患，茹苦日久，今界之以沃土，與之以安樂，亦所以償之也。其中徭賦務從輕省，法令不宜煩苛，使人懷定居，遠邇爭附，數年之後，可盡化為樂國矣。夫戡亂非難，已亂為難，當此重開再闢之時，即宜為長治久安之計，惟高明擇焉。（同卷《答兩廣凌洋山計羅旁善後》）

這是廣東羅定州（本為瀧水縣、萬曆五年升為羅定州、今羅定縣。）底來歷。羅定州新開二縣，東為東安縣，（今雲浮縣）西為西寧縣。（今鬱南縣）從此廣州、高州、肇慶、梧州四府交界的原野，又添了國家的新壤。

萬曆五年五月宮內文書官邱得用口傳聖旨，“慈慶、慈寧兩宮，著該衙門修理見新，只做迎面。”這只是一件不重要的工程，而且是仁聖皇太后、慈聖皇太后底住所，談不到駁回，但是居正認為這是不急之務，立刻拒絕。在神宗尚在沖齡的時侯，實際的政權，在皇太后手裡，然而居正顧不得，他認定大臣有大臣底身分。居正疏稱：

臣等再三商榷，未敢即便傳行。竊惟治國之道，節用為先，耗財之原，工作為大。然亦有不容已者：或居處未寧，規制當備，或歷歲已久，敝壤當新，此事之不容已者也。於不容已者而已之，謂之陋，於其可已而不已，謂之侈，二者皆非也。恭惟慈慶、慈寧，乃兩宮聖母常御之所，若果規制有未備，敝壤所當新，則臣等仰體皇上竭情盡物之孝，不待聖諭之及，已即請旨修建矣。今查慈慶、慈寧，俱以萬曆二年興工，本年告完。當其落成之日，臣等嘗恭偕閱視，伏睹其巍崇隆固之規，彩絢輝煌之狀，竊謂天宮月宇，不是過矣！今未逾三年，壯麗如故，乃欲壞其已成，更加藻飾，是豈規制有未備乎？抑亦敗壞所當新乎？此事之可已者也。況昨該部、該科，屢以工役繁興，用度不給為言，已奉明旨，“以後不急工程，一切停止。”今無端又興此役，是明旨不信於人，而該部、科，必且紛紛執奏，徒彰朝廷之過舉，滋臣下之煩言耳。方今天下民窮財盡，國用屢空，加意撙節，猶恐不足，若浪費無已，後將何以繼之？臣等灼知兩宮聖母，欲皇上祈天永命，積福愛民，亦必不以此為孝也。臣等備員輔導，凡可將順，豈敢抗違，但今事在可已，因此省一分，則百姓受一分之賜，使天下黎民，萬口同聲，祝聖母之萬壽，亦所以成皇上之大孝也。伏望聖慈，俯鑑愚忠，將前項工程，暫行停止，俟數年之後，稍有敝壞，然後重修未晚。臣等幹冒宸嚴，無任悚慄之至。（奏疏五《請停止內工