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“請皇上寬心，”居正說。“暑天不是敵人猖狂的時候，大致不會有什麼大事。”

居正儘管這樣地寬慰神宗，但是言官們已經驚動了。一位給事中上疏，主張防守京城，浚濠塹，掘戰坑：他恨不得立刻宣佈戒嚴。居正悠悠地回想到隆慶四年李春芳、趙貞吉那一番倉皇失措的情形。他嘆了一口氣，但是同時也吩咐薊鎮戚繼光和宣府巡撫吳兌打聽虛實。不久，繼光底報告來了，據說韃靼諸部“酋長”，久已解散，沒有集合的行動。吳兌更說青把都始終沒有出動，更談不到進兵遼東。居正底估計沒有錯，一切只是虛報。但是北京城裡的空氣，從五月以來，已經緊張了好久。秋天到了，又是準備秋防的時候。居正上《論邊事疏》：

夫兵家之要，必知彼己，審虛實，而後可以待敵，可以取勝。今無端聽一訛傳之言，遽爾倉皇失措，至上動九重之憂，下駭四方之聽，則是彼己虛實，茫然不知，徒借聽於傳聞耳，其與風聲鶴唳、草木皆兵者何異？似此舉措，豈能應敵？且近日虜情狡詐，萬一彼嘗以虛聲恐我，使我驚惶，疲於奔命，久之懈弛不備，然後卒然而至，措手不及，是在彼反得“先聲後實，多方以誤之”之策，而在我顧犯不知彼己，百戰百敗之道，他日邊臣失事，必由於此。故臣等不以虜之不來為喜，而深以邊臣之不知虜情為慮也。兵部以居中排程為職，尤貴審察機宜，沈謀果斷，乃能折衝樽俎，坐而制勝。今一聞奏報，遂爾張皇，事已之後，又寂無一語，徒使君父日焦勞於上，以憂四方，而該部以題復公牘，謂足以了本部之事耳。臣等謂宜特諭該部，詰以虜情虛實之由，使之知警。且秋防在邇，薊、遼之間，近日既為虛聲所動，徵調疲睏，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。（奏疏四《論邊事疏》）

萬曆三年六月命各省巡撫及巡按御史，對於有司賢否，一體薦、劾，不得偏重甲科。這也是整頓吏治的一個表現。明初用人的制度，分為三途；第一是進士，第二是舉人、貢生，第三是吏員。這是所謂“三途並用”。後來因為長官都是進士出身，進土出身的官員，特別蒙到關切，舉人、貢生出身的，已受歧視，更談不到吏員出身了。於是吏員上進無門，自甘暴棄，就是舉貢也決不輕易就職，他們惟一的目標，是考進土，考中了便是甲科出身，日後自有合理的發展，考不中，他們準備三年以後重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故紙堆中。浪費精力，埋沒人材，科舉制遂成為大害。隆慶年間，高拱提議，明初舉人為名臣者甚眾，以後偏重進士，輕視舉人，積弊日甚，請求自今以後，惟論政績，不論出身。這是一個有見地的提議，但是沒有實行。隆慶四年，吏科給事中賈三近上言：“撫、按諸臣遇州、縣長吏，率重甲科而輕鄉舉：同一寬也，在進士則為‘撫字’，在舉人則為‘姑息’；同一嚴也，在進士則為‘精明’，在舉人則為‘苛戾’。是以為舉人者，非華顛豁齒，不就選人，或裹足毀裳，息心仕進。夫鄉舉豈乏才良，宜令勉就是途，因行激勸。（《明史》卷二二七《賈三近傳》）賈三近底奏疏，穆宗也曾批准，但是實際上這個計劃沒有實現。這兩件事，居正都在大學士任內看到，現在自己當國，更積極地要想實現，但是即在居正任內，並沒有顯著的效果，居正身後，當然更談不到。科舉的制度，永遠成為整頓吏治的障礙。

隆慶六年六月以後，內閣只有居正和呂調陽兩人，到現在三年了。萬曆三年八月，居正疏請增加閣員。御批，“卿等推堪是任的來看。”居正推薦吏部左侍郎張四維及馬自強、申時行二人入閣。御批“張四維升禮部尚書兼東閣大學士，著隨元輔等在內閣辦事”，因此四維在內閣中，名為居正底同僚，其實只是居正底屬員。首輔底權力，無形中又提高一層。

張四維字子維，蒲州人，嘉靖三十二年進士。他是楊博底同鄉，王崇古底外甥，和居正也有相當的關係。這是一個有辦法，能忍耐，而且捨得化錢的人，因此在宦途上，得到許多意外的方便。隆慶年間，是一個盛談邊務的時期，四維當然很清楚，以後俺答封貢事起，朝議未定，奔走關說，主張封貢的便是四維，因此深得高拱底器重。高拱準備引進四維入閣，以致引起高拱、殷士儋間的衝突。其後四維也因為言官彈劾，乞假家居。但他和當道要人，還是不斷地連絡。隆慶六年，高拱失敗，這是四維潛伏的時期了，但是因為王崇古底關係，不久他和居正又發生聯絡。四維知道政治中樞，還有馮保和慈聖太后，於是他再連絡馮保和李太后底父親、武清伯李偉。萬曆二年，四維入京，以翰林學土掌詹事府，不久改吏部左