以為重，而示威於瓦刺，不可從也。自今勸令回巢之言，亦不必太急。彼既喪敗，勢不得歸，然亦必歸。今在西海，不免為貴鎮擾，公且耐煩處之。撫賞費用，已屬本兵議處，諒彼亦自不能久也。（同卷《答甘肅巡撫侯掖川》）

萬曆七年二月，神宗發疹。慈聖太后看著病勢嚴重，下令僧侶開壇，設法度眾。一個四十歲左右的婦女，認為做些功德，可以“保祐”皇上早日痊癒，本來是一件可笑的事。居正隨即疏稱“戒壇奉皇祖之命禁止至今，以當時僧眾數萬，恐生變敗俗也。今豈宜又開此端？聖躬違豫，惟告謝郊廟、社稷，斯名正言順，神人胥悅，何必開戒壇而後為福哉？”（原疏不見《張文忠公全集》，略見《明史紀事本未》卷六十一。）經過這一度駁回以後，戒壇只有停止。三月初，神宗病體大愈，禮部奉旨擇於初九日請皇上視朝。初八日，文書官到內閣，對居正口傳聖旨：

聯明日早朝，切欲與先生一見，奈先生前有旨，不在朝參之列。明日未朝之時，先於平臺召見，說與先生知之。

初九日黎明，居正至文華殿伺候。神宗召見，居正叩頭稱賀道：“恭惟聖躬康豫，福壽無疆，臣犬馬微衷，不勝欣慶。”

神宗說：“朕久未視朝，國家事多，勞先生費心。