後，少林寺無論從意識形態上還是從武林勢力上都受到沉重的打擊。在少林寺和全真教的械鬥中，少林僧侶常常敗北，並且在中原地區，大量託庇於少林派的佛寺被全真教霸佔為道觀。

但恰恰是這一極度衰落的狀況使得中國歷史上的最大門派在十二世紀以來的若干次政權交替過程中得以置身事外，儲存了大部分的實力。在北方被蒙古人征服後，蒙古朝廷對佛教的日漸尊崇保護了少林寺免受軍隊的洗劫，甚至還一度得到蒙古王公的寵幸，1258年，少林寺心禪堂的高僧福裕曾在蒙哥汗的御前比武大會上挫敗全真教的掌教張志敬，依靠蒙古人的支援收回了被全真教霸佔的大部分權益，讓全真教從此一蹶不振。正是由於少林與蒙古朝廷的暗中勾結，當郭襄在　1262年訪問少林寺時，受到了少林方面極其粗魯的對待。雖然身為漢人武林的一部分，少林寺不願意和南宋武術界斷絕往來，但明哲保身的少林僧侶們無疑在設法和宋朝的勢力拉開距離，以免引起蒙古宮廷的不快。

但不久後，漢傳佛教在蒙古人中的優勢地位就被崇信密宗修煉的藏傳佛教所壓倒。八思巴法王受到的尊崇令少林高僧望塵莫及。在朝廷中爭競無望的少林寺開始回過頭來，重新經營百廢待興的中原武林。持中立態度的方丈天鳴和主張倒向汗八里的無相禪師先後倒臺，支援漢人抵抗運動的無色和尚得以掌握大權。此人曾參與楊過領導下的漢人游擊戰爭，對蒙古軍團進行過大膽的軍事突襲。

在五十年代，一部埋沒多年的高階武術教程《九陽真經》被意外地發現了。這部書的來源十分奇特：與我們西方人對獨立著作的推崇不同，中國人習慣於在註釋中表達自己的思想見解。譬如，朱熹公爵的儒學著作《四書章句集註》就是其中的代表，通篇都是對古老的儒家典籍的註釋。可能在在十一世紀末，一個無名的少林寺僧侶在佛教經典《楞伽經》的一部梵文抄本——該抄本據說是達摩從印度帶來的原版　——中以註解的形式記下了自己的武術理論——此人據說就是曾經調停過北宋時代最大江湖紛爭的神秘人物：“無名老僧”（參看本書的姊妹篇：《劍橋天龍八部史》）。《九陽真經》也偽託達摩的大名而著。正如中世紀歐洲修道院的僧侶早已忘記了希臘文一樣，少林僧侶也早已失去了閱讀梵文的能力。這部偽託的巨著在少林寺的圖書館中收藏多年，而從未被發現。直到十三世紀五十年代，一點陣圖書館管理員覺遠才在整理圖書時發現了這部著作，並學到了其中高深的武術理論。

幾年後，蒙古宮廷的御用武師瀟湘子和尹克西在訪問少林寺的時候將其盜走，但是其中部分內容流傳了下來。覺遠在臨終前曾經講授過這部經典，峨嵋派創始人郭襄和武當派創始人張君寶，以及少林派的無色禪師均獲悉了部分經文內容。不久後，無色在吸收《九陽真經》

的基礎上，創造了“少林九陽功”的高超武術　——少林派得以復興也部分仰仗於此。八十年代，無色禪師成為少林的新一任方丈，並領導少林走向了武林中的領袖地位　——在這個時代的江湖地圖中，再也沒有任何力量能夠與之競爭這一地位。到了十四世紀初，少林寺的名聲再度在武術界中受到昔日的尊敬，如同從未有過衰落一般。但是很快，少林就會為自己找到一個足以並駕齊驅的強敵。

眾所周知，武當的創始人張君寶，本來是少林寺的見習生，作為覺遠的唯一追隨者，他秘密地獲得了《九陽真經》的傳授　——他從這部經典中獲益的程度有多深，始終是一個謎團（參看本章附錄）——從而使自己的格鬥能力遠遠躍居同輩人之上。1262年，他在一次武術交流活動中，意外地令崑崙派武術大師何足道鎩羽而歸，而後者就連少林派中最傑出的武術家也感到畏懼。正如在中國的陳舊官僚體制中常見的那樣，張君寶過分優異的表現引起了少林派尸位素餐的領導層的不安，他們要求稽核張君寶學習武術的資格。而當他們發現張君寶事實上並未參加正式的武術學習之後，立即憤怒地要求懲治這個等級制度的破壞者。張君寶不得不逃出少林，隱藏在神農架的荒山中，以躲避試圖剷除他的少林僧侶。張三丰在神農架中蓬頭垢面的形象成為後世關於神農架野人傳說的來源之一。

為了隱瞞自己的身份，張君寶不久就成為一名正式的道教徒，並改名為張三丰。他一度託庇於早已衰落的全真派門下，並從中學到了一些道家武術理論，以偽裝自己的武術。儘管張三丰宣稱自己發明的武術屬於道教體系，但仍然有無數人懷疑他實際上剽竊了少林寺的許多格鬥技巧。但張三丰精明的頭腦首先表現在商業經營方面，他宣稱自己所