，北京大本營名義上元首在北京的行營，在職能上與國防部近乎一樣，在職權上卻甚至高於國防部。

因此，北京大本營成立已經影響國防部許多官僚階級的利益，尤其是那些骨子裡依舊不滿吳紹霆的人，總覺得北京大本營就是吳紹霆私有化的小集團，既然現在沒能力對付吳紹霆本人，那從諸如此類的小集團下手又有何不可？不僅能消弱吳紹霆的權力，還能鞏固個人利益，這是一舉兩得的好事。

北京大本營存在的矛盾由來已久，慶元會議事件時就已經有民主人士反對這種私有化的軍事系統，然而隨著慶元會議遭到封殺之後，這種反對聲漸漸被人們淡忘。如今北大門暴動事件與官僚子弟胡作非為，僅僅是北京大本營矛盾的導火線，張漢舉、倪映典二人在其中扮演的不過是催化劑的角色。

隨著對北京大本營猜疑的流言蜚語在國防部各部門之間傳播，這種矛盾漸漸從沉默中復甦過來，越來越多的人開始舊事重提，私底下紛紛議論著北京大本營的種種弊端。當然，議論北京大本營的人大部分都是為了個人利益，也所以不會在乎北京大本營好的一面，反而一直揪住不好的一面大肆抨擊，甚至根本不在乎這些抨擊是否屬實。

在國防部針對北京大本營的風波當中，主要的官僚漸漸轉移到北洋中央系的舊部，比如之前在四川戰爭中戰敗被俘的伍祥楨、吳鳳嶺，以及被架空實權的傅良佐、唐天喜、盧永祥等人，其中還有地方軍閥派系，雲南的李鴻祥、貴州的劉顯世。這�