部署，指定堅強的軍政幹部並結合有關部門組成統一剿匪指揮機構，以便協同動作統一步驟，達到徹底消滅一切反革命武裝的目的，特別是要注意對各地區結合部之山區和湖沼地帶的清剿；野戰軍應以團、營、連為單位，分散到農村進行清剿。指示強調，各地區要廣泛發動群眾，深入宣傳中國共產黨的方針、政策，揭露敵人的欺騙、謠言，每個幹部要正確執行黨的政策，取得廣大群眾的支援，是肅清匪患取得剿匪勝利的關鍵。8月9日，華東軍區下達了秋季剿匪命令。決定在進軍福建和浙江沿海島嶼的同時，抽調第25、第24、第35、第23軍和第20軍各一部，在各地地方武裝配合下，以浙皖邊區和皖北、大別山之立煌（今金寨）地區為重點，爾後視情向浙贛邊、閩浙贛邊地區清剿。其具體部署是：第25軍2個師共7個團，在浙江建德、臨安軍分割槽和皖南宣城、徽州（今屯溪）軍分割槽的協同下，以杭（州）徽（州）公路兩側地區為重點，負責剿滅浙皖邊之宣城、廣德、安吉、餘杭、桐廬、建德、淳安、歙縣、寧國間股匪，爾後視機轉向浙贛邊清剿；第24軍第71師和野戰軍騎兵團統歸皖北軍區指揮，協同鄂豫皖邊區剿匪指揮部，重點清剿立煌地區股匪；蘇南軍區附華東海軍炮艇隊，以剿滅太湖匪特為重點；第20軍抽調部分兵力協助蘇州軍分割槽清剿蘇州至上海鐵路沿線股匪；第23軍抽調部分兵力，協助浙江第1軍分割槽重點清剿嘉興、吳興、海寧、海鹽、平湖和嘉善地區匪特，並派出1個團控制吳興、長興地區，防匪南竄；錢塘江以南、浙閩贛邊及浙江沿海地區的剿匪，以第35軍為主，由浙江軍區統一部署；其他各地土匪由各地方武裝負責清剿。

根據上述部署，從8月27日開始，各剿匪部隊按預定計劃，在各自責任地區對大股匪特展開重點清剿。擔負進剿大別山股匪任務的第24軍部隊，在湖北軍區的統一指揮下，與中南軍區各剿匪部隊密切配合，從9月5日開始到10月，集中兵力對立煌地區進行重點清剿，先後殲滅股匪6724人，其中擊斃128人，俘獲臭名昭著的“鄂豫皖人民自衛軍總司令”王憲，副司令樊迅、袁雁英以下1565人，投降5031人。

擔負浙皖邊地區進剿任務的第25軍部隊，在浙江軍區第4、第9軍分割槽和皖南軍區宣城、徽州軍分割槽的協同下，採取以部分兵力控制要點，主力部隊對股匪老巢，採取“拉網合擊”戰術，全殲主要股匪“皖浙邊區遊擊縱隊”，擊斃“縱隊”司令徐振東，生俘副司令徐建中，並於錢塘江以北地區剿滅股匪洪國順部。據統計，在9、10月的進剿作戰中，浙江地區剿滅股匪萬餘人，蘇南地區剿滅股匪1000餘人，皖南地區殲滅2800餘人，蘇北和山東地區殲滅近400人。繳獲各種小炮53門、擲彈筒和槍榴彈筒47具、重機槍31挺、輕機槍287挺，其他長短槍餘萬支、炮彈5793發、子彈61萬餘發。到1950年1月，華東地區共殲滅匪特萬餘人，除山東、蘇北因解放較早已無大股土匪外，蘇南、皖南、皖北和浙江境內主要大股匪特基本被剿滅或擊散，社會秩序已趨穩定。

1950年初，在大股匪特被剿滅以後，華東解放軍主力轉入解放閩浙沿海島嶼。由於地方政權及武裝初建不久，特別是在剛解放地區，地方工作更是比較薄弱，臺灣國民黨當局趁機向大陸及沿海回派武裝特務155股，3700餘人。在國民黨特務煽動、操縱下，各地土匪利用春旱災荒，乘勢又起，華東股匪迅速發展到700餘股，萬餘人，尤以福建地區最為嚴重，發展到200多股，萬餘人。這些股匪組織爆破隊深入主要交通幹線兩側地區，破壞鐵路、公路、橋樑、工廠、倉庫、機場、碼頭和軍事設施。在寧滬杭地區，交通遭股匪破壞，倉庫被搶劫，地方政府和武裝被襲擊事件增多。這些股匪還利用大刀會等封建迷信組織進行反革命暴亂。僅1至3月間，華東各地被搶走公糧1000萬公斤，發生反革命暴亂210餘起。

針對股匪勢力重新回升和活動猖獗的情況，華東軍區和第三野戰軍於3月決定，除加強沿海地區的警備，阻絕股匪陸、海聯絡外，以閩浙邊和閩浙贛邊地區為清剿重點，對匪情一般的地區，以地方部隊為主開展清剿。同時決定，從主力部隊中抽調一批幹部，加強地方武裝的領導，並抽調一部分連隊作為地方武裝的骨幹；在各省邊界地區成立剿匪治安委員會，統一指揮邊界地區的剿匪作戰。在3至6月間，華東地區又剿滅了福建的“###救國軍第6縱隊”、“中華民族自救國閩北總指揮部”、“漳廈遊擊司令部”，浙江的“國防部第3縱隊”，蘇南的“蘇皖軍區