上書申訴，指言“奸邪盈朝，善人壅塞”。靈帝不能採納。

光和五年（182年），靈帝下詔令三公舉奏州郡官吏無治績而為民蠹害者。三公傾邪，貪戀祿位，不敢得罪宦官，反而乘機受取賄賂，只把邊遠小郡一些清貧守法的地方官糾舉塞責。曹操對此甚為忿恨，上書斥責三公所舉，專迴避貴戚。靈帝稍有感悟，責讓三府，把蒙冤被誣的地方官拜為議郎。此後政教日亂，豪猾益熾，多所陷害。操知不可匡救，遂不復獻言。

靈帝中平元年（184年）春，黃巾起義發生，曹操被任命為騎都尉，在鎮壓潁川黃巾軍的戰爭中，做了皇甫嵩、朱�的幫兇。被提升為濟南國相，國有十幾個縣，長吏多阿附貴戚，贓汙狼藉。以前國相不敢檢舉，曹操到任後，奏免了其中八縣長吏。於是豪強震怖，竄入他郡。另外，操在濟南還禁斷淫祀，堵塞浪費，濟南國在曹操治理下，政治有了一定程度的清明。

曹操在濟南為官時間較久，後來被徵入朝。當時宦官當權，貴戚橫恣，曹操不能違道取容，屢屢幹忤，也恐招致家禍，於是只做了議郎閒官。朝廷曾發表曹操任東郡太守，操不赴任，稱疾返鄉里，在譙縣城外建築住室，春夏讀書，秋冬射獵，以自娛樂，養名待時。

曹操這時在政界已有相當聲望，他雖屏居鄉里，當冀州刺史王芬等圖謀廢靈帝，另立合肥侯時，曾徵求操的意見，操以為廢立大事，不能輕率行動，嚴詞加以反對。芬等終以事洩被殺。

綜觀以上事實，可知在東漢地主統治集團中，曹操還是一個有作為、企圖改善吏治的人，就是對劉氏皇室，他也想維護匡救，只是東漢王朝已經從根腐爛，無可救藥了。

（2）佔領兗州

獻帝初平二年（191年），當酸棗等地的討卓聯軍已經離散的時候，曹操還帶著千餘人的部隊在河內寄居，沒有固定地盤。這時，黑山（今河南浚縣西北太行山區）起義軍於毒、白繞、眭固等部十餘萬人攻入東郡，東郡太守王肱不能抵擋，曹操乃引兵進入東郡，在濮陽打敗了白繞農民軍，袁紹因表操為東郡太守，操以東武陽為郡城（今山東莘縣南）。

獻帝初平三年（192年）春，於毒等農民軍趁曹操引軍去頓丘的時候，進攻東武陽。曹操聞知，並不回軍援救東武陽，而西入山攻農民軍本屯，操手下諸將認為應先還救東武陽，操曰：“使賊聞我西而還，武陽自解也；不還，我能敗其本屯，虜不能拔武陽必矣。”於是繼續西行。

果然，農民軍聽說本屯被攻，立即捨棄東武陽而歸，途中遭到曹操阻擊而致大敗。曹操又在內黃（今河南內黃西北）打敗了於夫羅的軍隊，於是東郡得以確保。

當年夏，青州黃巾號稱百萬，進入兗州，殺死刺史劉岱。濟北相鮑信等迎接曹操領兗州牧。操進兵擊黃巾軍於壽張（今山東東平南）東，黃巾軍奮勇抵抗，操初戰失敗，鮑信戰死。後操屢設詭計，黃巾軍受挫撤退，操追至濟北（今山東長清縣），黃巾軍被迫投降。《三國志》卷1《武帝紀》載：操“受降卒三十餘萬，男女百餘萬口，收其精銳者，號為青州兵”。以上幾句記述，常為史家所引用，故應予以探討。據《後漢書》卷74《袁紹傳》載，建安元年（196年）袁紹給獻帝上書有云：“黃巾十萬，焚燒青、兗”，袁紹這裡所說的黃巾顯然即指以上自青入兗的黃巾，然而人數之差距卻為十萬比百萬，究竟哪個說法接近事實呢？我以為“青州黃巾眾百萬”的數字是太誇大了，由於史料出自官方，對交戰雙方人數，常把多者說得過多，少者說得過少。如《武帝紀》注引《魏書》就把同青州軍作戰的操軍說得過少，說操只“將步騎千餘人”；還說其中舊兵少，新兵不習練；又說黃巾兵皆精悍，如此說來，青州黃巾人數既居於幾百倍的壓倒優勢，且兵又皆精悍，操縱善於用兵，寧能“數開示降路，遂設奇伏，晝夜會戰，戰輒禽獲”。據《三國志》卷11《國淵傳》所說“破賊文書舊以一為十”的慣例，以上“黃巾眾百萬”的數字至少有十倍的誇大。僅從《武帝紀》就不難看到一些令人不敢置信的數字，如載同時俱起兵討伐董卓的袁術及其他三個州六個郡長官，“眾各數萬”。在當時人民死傷離散的戰亂情況下，六個郡國的兵力竟各達數萬之多，是不合情實的。又如“諸書皆雲操在官渡戰役坑殺袁紹士眾八萬或七萬”。裴松之以為“非其實錄”。我們看書，應具體觀察各種情況，不可根據片言只句，盲目相信書中數字。我以為青州黃巾軍的人數應以袁紹所說“十萬”為近是。至於操從青州黃巾中所挑選出來的所謂“精銳”者，在操軍中究起多大作用？我以為也不能