，第一個國家非常貧窮，難以提供有效的領導，第二個國家又十分孤立。因此，只有尼西亞，能憑藉它的戰略位置、豐富的資源以及有力的領導，組織希臘人抵抗拉丁人的統治。

憑藉外交手腕和軍事勢力，尼西亞統治者逐步削弱了拉丁帝國的力量，使其最後只剩下君士坦丁堡一座城市。結果，1261年，拉丁皇帝和威尼斯殖民者未進行任何抵抗，便逃離了君士坦丁堡；尼西亞皇帝米海爾·巴列奧略莊嚴地邁入首都，在公眾歡呼聲中，住進帝國皇宮。

拜佔廷帝國最後一個階段的歷史，是從1261年米海爾·巴列奧略收復君士坦丁堡開始，到1453年他的繼承者君士坦丁·巴列奧略同突厥人作戰、在首都城門被殺結束。在這兩個世紀中，恢復的帝國僅由君主坦丁堡和塞薩洛尼基這兩座城市及其周圍小塊不穩定地區和兩個屬地組成。這兩個屬地是伯羅奔尼撤的米斯特拉和小亞細亞北部的特雷比藏德。

這個可憐、殘存的帝國的前景，並不比前拉丁帝國更有希望。在亞洲，它所面臨的是難以對付的突厥人；在歐洲，它被殘留在希臘的諸拉丁小國，被北面的塞爾維亞人和保加利亞人包圍著。除這些外部威脅外，還有內部危機。這時，帝國的經濟已經破產；義大利人對貿易的束縛仍在繼續。因此，14世紀中葉，君主坦丁堡熱那亞居民區的收入是帝國政府關稅收入的七倍。皇帝們被迫使自己的貨幣貶值，被迫將王冠珠寶典當給威尼斯銀行家。不斷增長的捐稅對政治上有權勢的言人通貨無效。為反抗出身高貴的富有貴族，窮人們舉行起義，結果，社會衝突使城市四分五裂。

1342年1349年，被稱為“狂熱派”的革命派領袖們統治了塞薩洛尼基。他們減輕窮人的捐稅，廢除窮人的債務，沒收寺院的土地，分給窮人；他們採取分享民主制，讓市民參加民眾會議，由公眾選舉官吏。他們的政治綱領似乎受義大利共和制城邦的綱領的影響。但垂死的拜佔廷帝國，不能忍受蓬勃發展的西部所自然形成的這一政治和社會改革。在塞爾維亞人和突厥人的援助下，皇帝鎮壓了“狂熱派”，消滅了他們的共和政體。然而，這一事件表明了當時深刻且普遍的衝突，以下這段同時代的敘述清楚地說明了這一點：

起義象可怕、殘酷的時疫席捲全國，衝擊著許多過去曾是溫和、穩健的人。……於是，所有城市都起來反對貴族。……整個帝國處於最為殘酷、最為激烈的鬥爭的痛苦之中。……人民動不動就發動武裝起義，行為兇暴，因為他們憎恨富人。…

除這一社會經濟的脆弱之外，帝國還因宗教糾紛而受到削弱。為了得到西方人的援助，反對日益逼近的土耳其人，皇帝曾分別三次（1274年在里昂聯合王國；1369年在羅馬；1439年在佛羅倫薩）許諾，讓東正教會歸順羅馬教皇。但這些許諾毫無意義，因為西方給予的援助微不足道，而拜佔廷則因民眾激烈反對向可僧的拉丁人作任何讓步而進一步四分五裂。“伊斯蘭教比羅馬教皇更好，這就是人民大眾對第四次十字軍東征的暴行，對義大利商人的剝削的針鋒相對的回答。

認為土耳其人更好的呼聲過去時常聽到，但15世紀中葉情況獨特，當時的土耳其人已能夠接受邀請。如第十四章第六節所述，奧斯曼土耳其人從塞爾柱人手中接管並佔領了殘留在小亞細亞的拜佔廷領土；渡過達達尼爾海峽，進入歐洲，打敗了保加利亞人和塞爾維亞人。到1453年，他們已做好最後進攻被圍困的拜佔廷首都的準備。

這時，君士坦丁堡的人口已減少到50000至70000。所有能護城的力量，包括一小部分西方人在內，總共不過9000人。僅這些人要守住一道道城牆、修復被敵人大炮摧毀的缺口，是遠遠不夠的。而由能幹的蘇丹、穆罕默德二世率領的奧斯曼軍隊，則至少也有80000人。4月2日攻城開始；在皇帝君主坦丁的英勇領導下，守軍屢卻侵略者；但君主坦丁堡終於在5月29日被攻克。城市陷落後，侵略軍縱兵屠掠，連續三日。當時的拜佔經歷史學家杜卡斯在下面這段話中，描寫了拜佔廷帝國1000年曆史的結束：

城市淪陷三天後，他＇　穆罕默德＇同意放船。於是一條條滿載貨物，重得似乎要下沉的船離港出航，駛向各自的省市。這些船裝載些什麼貨物呢？有精美昂貴的布料和紡織品；有金、銀、青銅、黃銅的製品和容器；有不計其數的書籍；還有戰俘，包括教士、俗人、修女和僧侶。所有的船都滿載貨物，所有的軍營帳篷裡都關滿了俘虜，堆滿了數不清的東西和物品。在這些野蠻人中，只見一個人穿著大主教的法衣